-
Метагеномнае секвенирование -NGS
Метагеном - гэта сукупнасць поўнага генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, напрыклад метагеномы навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультывавальных мікраарганізмаў. Метагенамнае секвеніраванне Shotgun з дапамогай NGS дазваляе вывучаць гэтыя заблытаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ва ўзоры навакольнага асяроддзя, забяспечваючы не толькі таксанамічнае прафіляванне, а таксама дэталёвае ўяўленне аб разнастайнасці відаў, дынаміцы колькасці і складаных структурах папуляцыі. Акрамя таксанамічных даследаванняў, метагеноміка стрэльбы таксама прапануе перспектыву функцыянальнай геномікі, дазваляючы даследаваць закадзіраваныя гены і іх меркаваную ролю ў экалагічных працэсах. Нарэшце, усталяванне карэляцыйных сетак паміж генетычнымі элементамі і фактарамі навакольнага асяроддзя спрыяе цэласнаму разуменню складанага ўзаемадзеяння паміж мікробнымі супольнасцямі і іх экалагічным фонам. У заключэнне можна сказаць, што метагеномнае секвенаванне з'яўляецца ключавым інструментам для разгадкі геномных тонкасцяў разнастайных мікробных супольнасцей, асвятляючы шматгранныя адносіны паміж генетыкай і экалогіяй у гэтых складаных экасістэмах.
Платформы: Illumina NovaSeq і DNBSEQ-T7
-
Метагеномнае секвенирование-TGS
Метагеном - гэта сукупнасць генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, напрыклад, метагеномы навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультывавальных мікраарганізмаў. Метагеномнае секвенаванне дазваляе вывучаць гэтыя складаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ў экалагічныя ўзоры, забяспечваючы больш, чым таксанамічнае прафіляванне. Ён таксама прапануе перспектыву функцыянальнай геномікі шляхам вывучэння закадзіраваных генаў і іх меркаванай ролі ў працэсах навакольнага асяроддзя. У той час як традыцыйныя падыходы да стрэльбаў з секвенированием Illumina шырока выкарыстоўваліся ў метагеномных даследаваннях, з'яўленне секвенирования доўгага чытання Nanopore і PacBio змяніла сітуацыю. Тэхналогія Nanopore і PacBio паляпшае далейшы біяінфарматычны аналіз, у прыватнасці зборку метагеномаў, забяспечваючы больш бесперапынныя зборкі. Справаздачы паказваюць, што метагеноміка на аснове Nanopore і PacBio паспяхова стварыла поўныя і закрытыя бактэрыяльныя геномы са складаных мікрабіёмаў (Moss, EL і інш., Nature Biotech, 2020). Інтэграцыя счытвання Nanopore са счытваннем Illumina забяспечвае стратэгічны падыход для выпраўлення памылак, змякчаючы ўласцівую Nanopore нізкую дакладнасць. Гэтая сінэргетычная камбінацыя выкарыстоўвае моцныя бакі кожнай платформы секвенирования, прапаноўваючы надзейнае рашэнне для пераадолення магчымых абмежаванняў і павышэння дакладнасці і надзейнасці метагеномных аналізаў.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia і PacBio Revio
-
Поўнагеномнае бісульфітнае секвенаванне (WGBS)
Бісульфітнае секвеніраванне поўнага геному (WGBS) з'яўляецца залатым стандартам метадалогіі для паглыбленага вывучэння метылявання ДНК, у прыватнасці, пятай пазіцыі ў цытазіне (5-mC), асноўнага рэгулятара экспрэсіі генаў і клеткавай актыўнасці. Прынцып, які ляжыць у аснове WGBS, уключае апрацоўку бісульфітам, якая выклікае пераўтварэнне неметыляваных цытазінаў ва ўрацыл (C ва U), пакідаючы пры гэтым метыляваныя цытазіны нязменнымі. Гэтая тэхніка прапануе аднаасноўнае разрозненне, што дазваляе даследчыкам усебакова даследаваць метылам і выявіць анамальныя схемы метылявання, звязаныя з рознымі захворваннямі, у прыватнасці, ракам. Выкарыстоўваючы WGBS, навукоўцы могуць атрымаць беспрэцэдэнтнае ўяўленне аб ландшафтах метылявання ўсяго геному, забяспечваючы тонкае разуменне эпігенетычных механізмаў, якія ляжаць у аснове розных біялагічных працэсаў і захворванняў.
-
Аналіз храмаціну, даступнага для транспазазы, з секвенаваннем высокай прапускной здольнасці (ATAC-seq)
ATAC-seq - гэта высокапрадукцыйны метад секвенирования, які выкарыстоўваецца для агульнагеномнага аналізу даступнасці храмаціну. Яго выкарыстанне забяспечвае больш глыбокае разуменне складаных механізмаў глабальнага эпігенетычнага кантролю над экспрэсіяй генаў. Метад выкарыстоўвае гіперактыўную транспазазу Tn5 для адначасовага фрагментавання і пазнакі адкрытых абласцей храмаціну шляхам устаўкі адаптараў секвенирования. Наступная ПЦР-ампліфікацыя прыводзіць да стварэння бібліятэкі секвенирования, якая дазваляе комплексна ідэнтыфікаваць адкрытыя ўчасткі храмаціну ў пэўных прасторава-часавых умовах. ATAC-seq забяспечвае цэласнае ўяўленне аб даступных ландшафтах храмаціну, у адрозненне ад метадаў, якія сканцэнтраваны выключна на сайтах звязвання транскрыпцыйных фактараў або пэўных рэгіёнах, мадыфікаваных гістонамі. Шляхам секвенирования гэтых адкрытых абласцей храмаціну ATAC-seq выяўляе вобласці, больш схільныя да актыўных рэгулятарных паслядоўнасцяў і патэнцыйных сайтаў звязвання фактараў транскрыпцыі, прапаноўваючы каштоўную інфармацыю аб дынамічнай мадуляцыі экспрэсіі генаў у геноме.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Гены 16S і 18S рРНК разам з вобласцю ўнутранага транскрыбаванага спейсера (ITS) служаць ключавымі малекулярнымі маркерамі адбіткаў пальцаў дзякуючы спалучэнню высокакансерватыўных і гіперварыябельных абласцей, што робіць іх неацэннымі інструментамі для характарыстыкі пракарыётычных і эукарыятычных арганізмаў. Ампліфікацыя і секвеніраванне гэтых рэгіёнаў прапануе падыход без ізаляцыі для даследавання мікробнага складу і разнастайнасці ў розных экасістэмах. У той час як паслядоўнасць Illumina звычайна накіравана на кароткія гіперварыябельныя вобласці, такія як V3-V4 16S і ITS1, было прадэманстравана, што лепшая таксанамічная анатацыя дасягальная шляхам секвеніравання поўнай даўжыні 16S, 18S і ITS. Гэты комплексны падыход прыводзіць да больш высокіх працэнтаў дакладна класіфікаваных паслядоўнасцей, дасягаючы ўзроўню разрознасці, які распаўсюджваецца на ідэнтыфікацыю відаў. Платформа секвенирования Single-Molecule Real-Time (SMRT) ад PacBio вылучаецца тым, што забяспечвае высокадакладныя працяглыя счытванні (HiFi), якія ахопліваюць ампліконы поўнай даўжыні, канкуруючы з дакладнасцю секвенирования Illumina. Гэтая магчымасць дазваляе даследчыкам атрымаць неперасягненую перавагу — панарамны від на генетычны ландшафт. Пашыраны ахоп значна павышае раздзяляльнасць у анатацыях відаў, асабліва ў бактэрыяльных і грыбковых супольнасцях, дазваляючы глыбей зразумець тонкасці мікробных папуляцый.
-
16S/18S/ITS Ампліконнае секвенаванне-NGS
Секвеніраванне ампліконаў з дапамогай тэхналогіі Illumina, асабліва арыентаванай на генетычныя маркеры 16S, 18S і ITS, з'яўляецца магутным метадам для разгадкі філагеніі, сістэматыкі і колькасці відаў у мікробных супольнасцях. Гэты падыход прадугледжвае секвенирование гіперварыябельных абласцей генетычных маркераў хатняй гаспадаркі. Першапачаткова прадстаўлены як малекулярны адбітак пальцаWoeses і іншу 1977 г. гэты метад зрабіў рэвалюцыю ў прафіляванні мікрабіёмаў, дазволіўшы аналізы без ізаляцыі. Дзякуючы секвенированию 16S (бактэрыі), 18S (грыбы) і ўнутранага транскрыбаванага спейсера (ITS, грыбы) даследчыкі могуць ідэнтыфікаваць не толькі шматлікія віды, але таксама рэдкія і неапазнаныя. Шырока распаўсюджанае ў якасці асноўнага інструмента секвеніраванне ампліконаў стала важным для вызначэння дыферэнцыяльнага мікробнага складу ў розных асяроддзях, у тым ліку ў роце, кішачніку, кале і не толькі.
-
Паўторнае секвеніраванне поўнага геному бактэрый і грыбоў
Праекты паўторнага секвеніравання поўнага генома бактэрый і грыбоў з'яўляюцца ключавымі для развіцця геномікі мікробаў, дазваляючы дапаўняць і параўноўваць геномы мікробаў. Гэта спрыяе распрацоўцы ферментацыі, аптымізацыі прамысловых працэсаў і вывучэнню другасных шляхоў метабалізму. Акрамя таго, паўторнае секвенаванне грыбоў і бактэрый мае вырашальнае значэнне для разумення адаптацыі да навакольнага асяроддзя, аптымізацыі штамаў і выяўлення дынамікі генетычнай эвалюцыі, што мае шырокія наступствы для медыцыны, сельскай гаспадаркі і навукі аб навакольным асяроддзі.
-
PacBio-поўнафарматнае 16S/18S/ITS ампліконнае секвенаванне
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) распрацавана з улікам шматгадовага вопыту ў аналізе праектаў мікробнай разнастайнасці, якая змяшчае стандартызаваны базавы аналіз і персаналізаваны аналіз: базавы аналіз ахоплівае асноўны змест аналізу бягучых мікробных даследаванняў, змест аналізу багаты і поўны, і вынікі аналізу прадстаўляюцца ў выглядзе справаздач аб праекце; Змест персаналізаванага аналізу разнастайны. Можна адбіраць узоры і гнутка ўсталёўваць параметры ў адпаведнасці са справаздачай аб базавым аналізе і мэтай даследавання, каб рэалізаваць індывідуальныя патрабаванні. Аперацыйная сістэма Windows, простая і хуткая.
-
PacBio-поўнаметражны транскрыптом (без спасылкі)
Прымаючы ў якасці ўваходных дадзеных секвеніраванне ізаформ Pacific Biosciences (PacBio), гэта дадатак можа ідэнтыфікаваць поўнаметражныя паслядоўнасці транскрыптаў (без зборкі). Шляхам супастаўлення поўнаметражных паслядоўнасцей з эталонным геномам можна аптымізаваць стэнаграмы з дапамогай вядомых генаў, стэнаграм, кадзіруючых абласцей і г. д. У гэтым выпадку можна дасягнуць больш дакладнай ідэнтыфікацыі структур мРНК, напрыклад, альтэрнатыўнага сплайсінгу і г. д. Сумесны аналіз з дадзенымі секвеніравання транскрыптомаў NGS забяспечвае больш поўную анатацыю і больш дакладную колькасную ацэнку экспрэсіі на ўзроўні стэнаграмы, што ў значнай ступені прыносіць карысць дыферэнцыяльнай экспрэсіі і функцыянальнаму аналізу.
-
Секвеніраванне бісульфітаў са зніжанай рэпрэзентацыяй (RRBS)
Бісульфітнае секвеніраванне з паменшаным прадстаўленнем (RRBS) з'явілася эканамічна эфектыўнай і эфектыўнай альтэрнатывай бісульфітнаму секвеніраванні поўнага геному (WGBS) у даследаваннях метылявання ДНК. У той час як WGBS дае поўнае разуменне шляхам вывучэння ўсяго геному ў адным базавым дазволе, яго высокі кошт можа быць абмежавальным фактарам. RRBS стратэгічна змякчае гэтую праблему шляхам выбарачнага аналізу прадстаўнічай часткі геному. Гэтая метадалогія абапіраецца на ўзбагачэнне абласцей, багатых астраўкамі CpG, шляхам расшчаплення MspI з наступным выбарам памеру фрагментаў 200-500/600 біт/с. Такім чынам, секвенируются толькі вобласці, праксімальныя да CpG-астраўкоў, у той час як тыя, з аддаленымі CpG-астраўкамі, выключаюцца з аналізу. Гэты працэс у спалучэнні з бісульфітным секвенаваннем дазваляе выяўляць метыляванне ДНК з высокім раздзяленнем, а падыход да секвеніравання, PE150, факусуюць менавіта на канцах уставак, а не на сярэдзіне, павялічваючы эфектыўнасць прафілявання метылявання. RRBS - гэта неацэнны інструмент, які забяспечвае эканамічна эфектыўныя даследаванні метылявання ДНК і пашырае веды аб эпігенетычных механізмах.
-
Секвенирование РНК пракарыётаў
Секвенирование РНК дае магчымасць комплекснага прафілявання ўсіх транскрыптаў РНК у клетках пры пэўных умовах. Гэтая перадавая тэхналогія служыць магутным інструментам, адкрываючы складаныя профілі экспрэсіі генаў, генныя структуры і малекулярныя механізмы, звязаныя з рознымі біялагічнымі працэсамі. Секвеніраванне РНК, шырока распаўсюджанае ў фундаментальных даследаваннях, клінічнай дыягностыцы і распрацоўцы лекаў, дазваляе зразумець тонкасці клеткавай дынамікі і генетычнай рэгуляцыі. Наша апрацоўка ўзораў РНК пракарыётаў прыстасавана для транскрыптомаў пракарыётаў, уключаючы дэплецыю рРНК і падрыхтоўку накіраванай бібліятэкі.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвеніраванне метатранскрыптому
Выкарыстоўваючы тэхналогію секвенирования Illumina, служба секвенирования метатранскриптомов BMKGENE раскрывае дынамічную экспрэсію генаў разнастайных мікробаў, ад эўкарыёт да пракарыёт і вірусаў, у прыродных асяроддзях, такіх як глеба, вада, мора, кал і кішачнік. Наш комплексны сэрвіс дае даследчыкам магчымасць паглыбіцца ў поўныя профілі экспрэсіі генаў складаных мікробных супольнасцей. Акрамя таксанамічнага аналізу, наш сэрвіс секвенирования метатранскриптома палягчае вывучэнне функцыянальнага ўзбагачэння, праліваючы святло на гены з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй і іх ролю. Адкрыйце для сябе мноства біялагічных ідэй, арыентуючыся ў складаных ландшафтах экспрэсіі генаў, таксанамічнай разнастайнасці і функцыянальнай дынамікі ў гэтых разнастайных экалагічных нішах.
-
Зборка геному грыбка De novo
BMKGENE прапануе ўніверсальныя рашэнні для геномаў грыбоў, якія задавальняюць разнастайныя патрэбы даследаванняў і жаданую паўнату геному. Выкарыстанне секвеніравання кароткага чытання Illumina дазваляе стварыць чарнавік геному. Секвеніраванне кароткіх і доўгіх чытанняў з выкарыстаннем Nanopore або Pacbio аб'ядноўваецца для атрымання больш вытанчанага геному грыба з больш доўгімі кантыгамі. Больш за тое, інтэграцыя секвенирования Hi-C яшчэ больш пашырае магчымасці, дазваляючы атрымаць поўны геном на ўзроўні храмасом.
