-
Узаемадзеянне храмаціну на аснове Hi-C
Hi-C - гэта метад, прызначаны для фіксацыі геномнай канфігурацыі шляхам спалучэння ўзаемадзеяння на аснове блізкасці і высокапрадукцыйнага секвенирования. Метад заснаваны на сшыванні храмаціну фармальдэгідам з наступным пераварваннем і паўторным лігаваннем такім чынам, што толькі кавалентна звязаныя фрагменты ўтвараюць прадукты лігавання. Шляхам секвенирования гэтых прадуктаў перавязкі можна вывучыць трохмерную арганізацыю геному. Hi-C дазваляе вывучаць размеркаванне частак геному, якія злегка ўпакаваны (адсекі А, эўхраматын) і, хутчэй за ўсё, транскрыпцыйна актыўныя, а таксама рэгіёны, якія ўпакаваны больш шчыльна (адсекі В, гетэрахраматын). Hi-C таксама можа быць выкарыстаны для дакладнага вызначэння тапалагічна звязаных даменаў (TAD), абласцей геному, якія маюць складчатую структуру і, верагодна, маюць падобныя патэрны экспрэсіі, а таксама для ідэнтыфікацыі завес храмаціну, абласцей ДНК, якія злучаны разам вавёркамі і якія часта ўзбагачаны элементамі рэгулявання. Служба секвенирования Hi-C ад BMKGene дае даследчыкам магчымасць даследаваць прасторавыя вымярэнні геномікі, адкрываючы новыя шляхі для разумення рэгуляцыі геному і яе наступстваў для здароўя і хвароб.
-
Імунапрэцыпітацыйнае секвенаванне храмаціну (ChIP-seq)
Імунапрэцыпітацыя храмаціну (CHIP) - гэта метад, які выкарыстоўвае антыцелы для выбарчага ўзбагачэння ДНК-звязваючых бялкоў і іх адпаведных геномных мішэняў. Яго інтэграцыя з NGS дазваляе прафіляваць геномныя мішэні ДНК, звязаныя з мадыфікацыяй гістонаў, фактарамі транскрыпцыі і іншымі ДНК-звязваючымі вавёркамі. Гэты дынамічны падыход дазваляе параўноўваць сайты звязвання ў розных тыпах клетак, тканінах або станах. Сфера прымянення ChIP-Seq ахоплівае ад вывучэння рэгуляцыі транскрыпцыі і шляхоў развіцця да высвятлення механізмаў захворвання, што робіць яго незаменным інструментам для разумення ландшафтаў геномнай рэгуляцыі і прасоўвання тэрапеўтычных ідэй.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Поўнагеномнае бісульфітнае секвенаванне (WGBS)
Бісульфітнае секвеніраванне поўнага геному (WGBS) з'яўляецца залатым стандартам метадалогіі для паглыбленага вывучэння метылявання ДНК, у прыватнасці, пятай пазіцыі ў цытазіне (5-mC), асноўнага рэгулятара экспрэсіі генаў і клеткавай актыўнасці. Прынцып, які ляжыць у аснове WGBS, уключае апрацоўку бісульфітам, якая выклікае пераўтварэнне неметыляваных цытазінаў ва ўрацыл (C ва U), пакідаючы пры гэтым метыляваныя цытазіны нязменнымі. Гэтая тэхніка прапануе аднаасноўнае разрозненне, што дазваляе даследчыкам усебакова даследаваць метылам і выявіць анамальныя схемы метылявання, звязаныя з рознымі захворваннямі, у прыватнасці, ракам. Выкарыстоўваючы WGBS, навукоўцы могуць атрымаць беспрэцэдэнтнае ўяўленне аб ландшафтах метылявання ўсяго геному, забяспечваючы тонкае разуменне эпігенетычных механізмаў, якія ляжаць у аснове розных біялагічных працэсаў і захворванняў.
-
Аналіз храмаціну, даступнага для транспазазы, з секвенаваннем высокай прапускной здольнасці (ATAC-seq)
ATAC-seq - гэта высокапрадукцыйны метад секвенирования, які выкарыстоўваецца для агульнагеномнага аналізу даступнасці храмаціну. Яго выкарыстанне забяспечвае больш глыбокае разуменне складаных механізмаў глабальнага эпігенетычнага кантролю над экспрэсіяй генаў. Метад выкарыстоўвае гіперактыўную транспазазу Tn5 для адначасовага фрагментавання і пазнакі адкрытых абласцей храмаціну шляхам устаўкі адаптараў секвенирования. Наступная ПЦР-ампліфікацыя прыводзіць да стварэння бібліятэкі секвенирования, якая дазваляе комплексна ідэнтыфікаваць адкрытыя ўчасткі храмаціну ў пэўных прасторава-часавых умовах. ATAC-seq забяспечвае цэласнае ўяўленне аб даступных ландшафтах храмаціну, у адрозненне ад метадаў, якія сканцэнтраваны выключна на сайтах звязвання транскрыпцыйных фактараў або пэўных рэгіёнах, мадыфікаваных гістонамі. Шляхам секвенирования гэтых адкрытых абласцей храмаціну ATAC-seq выяўляе вобласці, больш схільныя да актыўных рэгулятарных паслядоўнасцяў і патэнцыйных сайтаў звязвання фактараў транскрыпцыі, прапаноўваючы каштоўную інфармацыю аб дынамічнай мадуляцыі экспрэсіі генаў у геноме.
-
Секвеніраванне бісульфітаў са зніжанай рэпрэзентацыяй (RRBS)
Бісульфітнае секвеніраванне з паменшаным прадстаўленнем (RRBS) з'явілася эканамічна эфектыўнай і эфектыўнай альтэрнатывай бісульфітнаму секвеніраванні поўнага геному (WGBS) у даследаваннях метылявання ДНК. У той час як WGBS дае поўнае разуменне шляхам вывучэння ўсяго геному ў адным базавым дазволе, яго высокі кошт можа быць абмежавальным фактарам. RRBS стратэгічна змякчае гэтую праблему шляхам выбарачнага аналізу прадстаўнічай часткі геному. Гэтая метадалогія абапіраецца на ўзбагачэнне абласцей, багатых астраўкамі CpG, шляхам расшчаплення MspI з наступным выбарам памеру фрагментаў 200-500/600 біт/с. Такім чынам, секвенируются толькі вобласці, праксімальныя да CpG-астраўкоў, у той час як тыя, з аддаленымі CpG-астраўкамі, выключаюцца з аналізу. Гэты працэс у спалучэнні з бісульфітным секвенаваннем дазваляе выяўляць метыляванне ДНК з высокім раздзяленнем, а падыход да секвеніравання, PE150, факусуюць менавіта на канцах уставак, а не на сярэдзіне, павялічваючы эфектыўнасць прафілявання метылявання. RRBS - гэта неацэнны інструмент, які забяспечвае эканамічна эфектыўныя даследаванні метылявання ДНК і пашырае веды аб эпігенетычных механізмах.
