Пастаноўка раслін/жывёл цэлы геном
Асаблівасці абслугоўвання
● Падрыхтоўка да бібліятэкі можа быць стандартнай альбо без ПЦР
● Даступны на 4 платформах паслядоўнасці: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 або Pacbio Revio.
● Біяінфарматычны аналіз, арыентаваны на выяўленне варыянтаў: SNP, Indel, SV і CNV
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопыт і запісы публікацыі: Назапашаны вопыт у паслядоўнасці генома для больш чым 1000 відаў прывёў да больш за 1000 апублікаваных выпадкаў з кумулятыўным каэфіцыентам уздзеяння больш за 5000.
●Комплексны аналіз біяінфарматыкі: Уключэнне варыяцыйнага выкліку і анатацыі функцый.
● Падтрымка пасля продажаў:Наша абавязацельства выходзіць за рамкі завяршэння праекта з 3-месячным перыядам пасля продажу. За гэты час мы прапануем наступныя дзеянні праекта, дапамогу па ліквідацыі непаладак і сесіі па пытаннях і пытаннях для вырашэння любых запытаў, звязаных з вынікамі.
●Комплексная анатацыя: Мы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных, каб функцыянальна анатаваць гены з выяўленымі варыяцыямі і праводзіць адпаведны аналіз узбагачэння, даючы разуменне некалькіх навукова -даследчых праектаў.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Варыянты, якія трэба вызначыць | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендуемая глыбіня |
| SNP і Indel | Illumina Novaseq PE150 альбо MGI T7 | 10x |
| SV і CNV (менш дакладныя) | 30x | |
| SV і CNV (больш дакладна) | Нанапор выпуск P48 | 20x |
| SNPS, Indels, SV і CNV | Pacbio Revio | 10x |
Патрабаванні да ўзору
| Тканіны або здабытыя нуклеінавыя кіслоты | Illumina/MGI | Нанапор | Пакбіё
| ||
| Жывёла віссера | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Цягліца жывёл | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Кроў млекакормячых | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Птушка/рыбная кроў | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Расліна- свежы ліст | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Культываваныя клеткі |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Мяккія тканіны насякомых/індывідуальныя | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Здабыта ДНК
| Канцэнтрацыя: ≥ 1 нг/ мкл Сума: ≥ 30 нг Абмежаваная альбо адсутнасць дэградацыі альбо забруджвання
| Канцэнтрацыя Колькасць
OD260/280
OD260/230
Абмежаваная альбо адсутнасць дэградацыі альбо забруджвання
| ≥ 40 нг/ мкл 4 мкг/клетка патоку/ўзор
1.7-2.2
≥1,5 | Канцэнтрацыя Колькасць
OD260/280
OD260/230
Абмежаваная альбо адсутнасць дэградацыі альбо забруджвання | ≥ 50 нг/ мкл 10 мкг/ячэйкі патоку/ўзор
1.7-2.2
1,8-2,5 |
| Падрыхтоўка бібліятэкі без ПЦР: Канцэнтрацыя ВЫ 40 нг/ мкл Сума 500 нг | |||||
Працоўны паток абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Дастаўка дадзеных
Уключае ў сябе наступны аналіз:
- Сырой кантроль якасці дадзеных
- Статыстыка выраўноўвання да спасылкі на геном
- Ідэнтыфікацыя варыянту: SNP, Indel, SV і CNV
- Функцыянальная анатацыя варыянтаў
Статыстыка выраўноўвання да спасылкі на геном - размеркаванне глыбіні паслядоўнасці
SNP тэлефануе сярод некалькіх узораў
Ідэнтыфікацыя Індэля-статыстыка даўжыні Індэля ў рэгіёне CDS і ў цэлым геном
Размеркаванне варыянту па ўсім геноме - сюжэт Circos
Функцыянальная анатацыя генаў з выяўленымі варыянтамі - анталогія генаў
Chai, Q. et al. (2023) "Глутатион S -трансфераза GHTT19 вызначае пігментацыю пялёсткаў кветак з дапамогай рэгулявання назапашвання антоціаніну ў бавоўны", часопіс Biotechnology Plant, 21 (2), с. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Чэн, Х. і інш. (2023) "Геном дзікага Hevea Brasiliensis на ўзроўні храмасом забяспечвае новыя інструменты для геномнага развядзення і каштоўных локусаў для павышэння ўраджайнасці гумы", часопіс Biotechnology Plant, 21 (5), стар. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Лі, А. і інш. (2021) "Геном вустрыцы эстуарыну дае ўяўленне аб уздзеянні клімату і адаптыўнай пластычнасці", біялогія сувязі 2021 4: 1, 4 (1), с. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) "Аналіз змяненняў геному і метилирования ў кітайскіх карэнных курэй з цягам часу забяспечвае разуменне захавання відаў", біялогіі камунікацый, 5 (1), стар. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
