Пастаноўка генома раслін/жывёл de novo
Дэ НоваПаслядоўнасць ставіцца да пабудовы цэлага генома віду з выкарыстаннем тэхналогій паслядоўнасці пры адсутнасці эталоннага генома. Уводзіны і шырокае прыняцце паслядоўнасці трэцяга пакалення, якія прадстаўляюць больш працяглыя чытанні, значна ўзмацнілі зборку генома за кошт павелічэння перакрыцця паміж чытаннямі. Гэта ўдасканаленне асабліва дарэчна прымеркаванае да складаных геномаў, такіх як тыя, якія праяўляюць высокую гетерозиготность, высокае стаўленне паўтаральных абласцей, поліплоідаў і рэгіёнаў з паўтаральнымі элементамі, ненармальнае змесціва ГК або высокая складанасць, якія звычайна дрэнна сабраны з выкарыстаннем кароткага прачытанай паслядоўнасці адзін.
Наша адзінае рашэнне забяспечвае комплексныя паслугі паслядоўнасці і біяінфарматычны аналіз, якія забяспечваюць якасны геном De Novo. Першапачатковае абследаванне генома з Illumina забяспечвае ацэнкі памеру і складанасці генома, і гэтая інфармацыя выкарыстоўваецца для кіраўніцтва наступным этапам працяглага паслядоўнасці з Pacbio Hifi з наступным, за якім ідзедэ НоваЗбор контыг. Наступнае выкарыстанне зборкі HIC дазваляе замацаваць контыгі да геному, атрымліваючы зборку на ўзроўні храмасом. Нарэшце, геном анатаваны прагназаваннем генаў і паслядоўнасцю экспрэсіраваных генаў, звяртаючыся да транскрыптаў з кароткімі і доўгімі счытваннямі.
Асаблівасці абслугоўвання
● Інтэграцыя некалькіх паслядоўнасцей і біяінфарматычных паслуг у адзінае рашэнне:
Абследаванне генома з Illumina для ацэнкі памеру генома і накіроўвалых наступных этапаў;
Доўгая прачытаная паслядоўнасць длядэ Новазборка контыг;
HI-C паслядоўнасць для замацавання храмасом;
паслядоўнасць мРНК для анатацыі генаў;
Праверка зборкі.
● Служба, прыдатная для пабудовы новых геномаў альбо паляпшэнне існуючых эталонных геномаў для цікавых відаў.
Перавагі абслугоўвання
Распрацоўка платформаў паслядоўнасці і біяінфарматыкі ўдэ НоваЗбор генома
(Amarasinghe Sl et al.,Біялогія геному, 2020)
●Шырокі вопыт і запіс публікацыі: BMKGene назапасіла маштабны вопыт у якасным зборцы генома разнастайных відаў, у тым ліку дыплоідных геномаў і вельмі складаных геномаў поліплоідных і алапаліплоідных відаў. З 2018 года мы ўнеслі свой уклад у300 выданняў з высокім уздзеяннем, і 20+ з іх публікуюцца ў Nature Genetics.
● Рашэнне на адным прыпынку: Наш інтэграваны падыход спалучае ў сабе некалькі тэхналогій паслядоўнасці і біяінфарматычных аналізаў у згуртаваны працоўны працэс, забяспечваючы якасны сабраны геном.
●З улікам вашых патрэбаў: Наш працоўны працэс абслугоўвання наладжваецца, што дазваляе адаптацыі да геномаў з рознымі асаблівасцямі і канкрэтнымі даследаваннямі. Сюды ўваходзяць размяшчальныя гіганцкія геномы, поліплоідныя геномы, вельмі гетерозиготныя геномы і шмат іншага.
●Высокакваліфікаваная біяінфарматыка і лабараторый: З вялікім вопытам як у эксперыментальнай, так і ў біяінфарматыцы, якія ўваходзяць у складаныя зборкі генома, так і ў шэрагу патэнтаў і аўтарскіх правоў.
●Падтрымка пасля продажаў:Наша абавязацельства выходзіць за рамкі завяршэння праекта з 3-месячным перыядам пасля продажу. За гэты час мы прапануем наступныя дзеянні праекта, дапамогу па ліквідацыі непаладак і сесіі па пытаннях і пытаннях для вырашэння любых запытаў, звязаных з вынікамі.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Абследаванне генома | Збор генома | Узровень храмасомы | Анатацыя геному |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi чытае | 100x Hi-C | RNA-Seq Illumina PE150 10 ГБ + (Неабавязкова) Поўная даўжыня РНК-сек-pacbio 40 ГБ альбо Нанапор 12 ГБ |
Патрабаванні да службы
Для абследавання генома, зборкі генома і зборкі HI-C:
| Тканіны або здабытыя нуклеінавыя кіслоты | Абследаванне генома | Збор генома з Pacbio | HI-C зборка |
| Жывёла віссера | 0,5-1 г
| ≥ 3,5 г | ≥2 г |
| Цягліца жывёл | ≥ 5 г | ||
| Кроў млекакормячых | 1,5 мл
| ≥ 5 мл | ≥2 мл |
| Птушка/рыбная кроў | ≥ 0,5 мл | ||
| Расліна- свежы ліст | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Культываваныя клеткі |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Насякомае | 0,5-1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| Здабыта ДНК | Канцэнтрацыя: ≥1 нг/ мкл Сума ≥ 30 нг Абмежаваная альбо адсутнасць дэградацыі альбо забруджвання | Канцэнтрацыя: ≥ 50 нг/ мкл Сума: 10 мкг/ячэйкі патоку/ўзор OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Абмежаваная альбо адсутнасць дэградацыі альбо забруджвання |
-
|
Для анатацыі геному з транскрыптамі:
| Тканіны або здабытыя нуклеінавыя кіслоты | Illumina Transcriptome | Pacbio Transcriptome | Нанапор -стэнаграма |
| Расліна-корань/сцябло/пялёстка | 450 мг | 600 мг | |
| Расліна - ліст/насенне | 300 мг | 300 мг | |
| Расліна - садавіна | 1,2 г | 1,2 г | |
| Сэрца жывёл/кішачнік | 300 мг | 300 мг | |
| Жывёла viscera/мозг | 240 мг | 240 мг | |
| Цягліца жывёл | 450 мг | 450 мг | |
| Косці жывёл/валасы/скура | 1 г | 1 г | |
| Arthropod - насякомае | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 мг | 300 мг | |
| Суцэльная кроў | 1 труба | 1 труба | |
| Здабыта РНК | Канцэнтрацыя: ≥ 20 нг/ мкл Колькасць ≥ 0,3 мкг OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Рын≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Канцэнтрацыя: ≥ 100 нг/ мкл Колькасць ≥ 0,75 мкг OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Рын≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Канцэнтрацыя: ≥ 100 нг/ мкл Колькасць ≥ 0,75 мкг OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Рын≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Рэкамендуемая дастаўка ўзору
Кантэйнер: 2 мл трубкі Цэнтрафугі (бляшаная фальга не рэкамендуецца)
(Для большасці узораў мы рэкамендуем не захаваць у этаноле.)
Узор маркіроўкі: Узоры павінны быць выразна маркіраваны і ідэнтычны прадстаўленай форме інфармацыі пра ўзор.
Адгрузка: сухі лёд: Узоры трэба спакаваць спачатку ў мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.
Працоўны працэс
Працоўны паток абслугоўвання
Эксперымент у галіне дызайну
Дастаўка ўзору
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
Поўны біяінфарматычны аналіз, падзелены на 4 этапы:
1) Абследаванне генома на аснове аналізу K-MER з NGS абвяшчае:
Ацэнка памеру генома
Ацэнка гетерозиготнасці
Ацэнка паўтаральных рэгіёнаў
2) Збор геному з Pacbio Hifi:
Дэ Новасход
Ацэнка зборкі: у тым ліку аналіз BUSCO для паўнаты генома і адлюстравання спіны NGS і Pacbio Hifi чытае
3) збор HI-C:
QC HI-C: Ацэнка сапраўдных узаемадзеянняў HI-C
Збор HI-C: Кластэрызацыя кантактаў у групах, а затым заказ CONTIG у кожнай групе і прысваенне арыентацыі CONTIG
HI-C Ацэнка
4) Анатацыя геному:
Прагназаванне РНК, якая не кадуе
Ідэнтыфікацыя паўтаральных паслядоўнасцей (транспозоны і паўторы тандэма)
Прагназаванне генаў
§Дэ Нова: Алгарытмы Ab initio
§ На падставе гамалогіі
§ На падставе стэнаграмы, з доўгімі і кароткімі чытаннямі: Чытанні ёсцьдэ Новасабраны альбо адлюстраваны ў геноме скразнякоў
§ Анатацыя прагназаваных генаў з некалькімі базамі дадзеных
1) Аналіз генома-k-mer
2) Збор генома
2) Збор генома - Pacbio Hifi чытае адлюстраванне для зборкі праекта
2) Асамблея HI-C-Ацэнка HI-C дзеючых пар узаемадзеяння
3) ацэнка HI-C пасля зборкі
4) Анатацыя генома - інтэграцыя прагназаваных генаў
4) Анатацыя генома - прагназаваная анатацыя генаў
Вывучыце дасягненні, якія садзейнічалі паслугам зборкі генома De Novo BMKGENE праз кураваную калекцыю публікацый:
Li, C. et al. (2021 г.) "Паслядоўнасці генома выяўляюць глабальныя шляхі распаўсюджвання і мяркуюць канвергентныя генетычныя адаптацыі ў эвалюцыі марскіх коней", Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Лі, Ю. і інш. (2023) "Маштабныя храмасомныя змены прыводзяць да змены экспрэсіі на ўзроўні генома, адаптацыі да навакольнага асяроддзя і спецыфікацыі ў геялі (BOS Frontalis) ', малекулярнай біялогіі і эвалюцыі, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) "Геном зборкі і генетычная рассяканне выяўленай засухі ўстойлівай да кукурузы", Прырода Genetics 2023 55: 3, 55 (3), с. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Чжан, Ф. і інш. (2023) "Выяўленне эвалюцыі біясінтэзу Tropane алкалоіднага біясінтэзу шляхам аналізу двух геномаў у сям'і Solanaceae", Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), с. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Складаныя канкрэтныя даследаванні:
Асамблея тэламера да туламера:Фу, А. і інш. (2023) "Збор генома тэламера да тэламера (Momordica Charantia L. var. Serviata ser.) Распрацоўка пладоў, склад і спець генетычныя характарыстыкі", Даследаванне садаводства, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Збор гаплатыпаў:Ху, У. і інш. (2021) "Геном, вызначаны алелем, паказвае біалельную дыферэнцыяцыю падчас эвалюцыі маніёты", малекулярная расліна, 14 (6), стар. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гіганцкі збор генома:Yuan, J. et al. (2022) "Геномная аснова гіга-храмасомы і гіга-генома дрэва Peony Paeonia Ostii ', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), с. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Поліплаідны геном збор:Чжан, Q. і інш. (2022) "Геномныя ўяўленні пра нядаўняе зніжэнне храмасомы аўтапаліплаіднага цукровага трыснёга Saccharum spontaneum", Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), с. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
