Раствор поўнаметражнай мРНК PacBio 2+3
Асаблівасці
● Дызайн даследавання:
Аб'яднаны ўзор, секвенированный з дапамогай PacBio для ідэнтыфікацыі ізаформ транскрыптаў
Асобныя ўзоры (рэплікаты і ўмовы для праверкі) секвенированы з дапамогайNGS для колькаснай ацэнкі экспрэсіі стэнаграмы
● Паслядоўнасць PacBio у рэжыме CCS, генерацыя HiFi чытання
● Секвеніраванне поўнаметражных стэнаграм
● Аналіз не патрабуе эталоннага геному; аднак яго можна выкарыстоўваць
● Біяінфарматычны аналіз уключае не толькі экспрэсію на ўзроўні гена і ізаформы, але таксама аналіз lncRNA, зліцця генаў, поліадэнілавання і структуры гена
Перавагі
● Высокая дакладнасць: HiFi чытае з дакладнасцю >99,9% (Q30), параўнальна з NGS
● Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу: секвенирование ўсіх стэнаграм дазваляе ідэнтыфікаваць і характарызаваць ізаформы.
● Спалучэнне моцных бакоў PacBio і NGS: уключэнне колькаснай ацэнкі экспрэсіі на ўзроўні ізаформы, выяўленне змяненняў, якія могуць быць замаскіраваны пры аналізе экспрэсіі ўсяго гена
● Шырокі вопыт: з паслужным спісам выканання больш за 1100 поўнафарматных праектаў транскрыпта PacBio і апрацоўкі больш за 2300 узораў наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
● Пасляпродажная падтрымка: наша абавязацельства распаўсюджваецца і на 3-месячны пасляпродажны перыяд пасля завяршэння праекта. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
| Бібліятэка CCS, узбагачаная мРНК PolyA | Працяг PacBio II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Полі А ўзбагачаны | Illumina PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеатыдаў
|
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
| Бібліятэка Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥4.0; Для жывёл: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
| Бібліятэка PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Расліны: RIN≥7,5 Жывёлы: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд:Узоры неабходна спакаваць у мяшкі і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Уключае наступны аналіз:
Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)
Аналіз стэнаграмы Fusion
Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
Параўнальны аналіз Universal Single-Copy Orthologi (BUSCO).
Новы аналіз стэнаграмы: прагназаванне кадуючых паслядоўнасцей (CDS) і функцыянальная анатацыя
Аналіз lncRNA: прагназаванне lncRNA і мішэняў
Мікраспадарожнікавая ідэнтыфікацыя (SSR)
Аналіз дыферэнцыяльна выяўленых транскрыптаў (DET).
Аналіз дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG).
Функцыянальная анатацыя DEG і DET
Аналіз BUSCO
Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)
Гены з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй (DEG) і стэнаграмы (аналіз DETs9
Бялок-бялковыя сеткі ўзаемадзеяння DET і DEG
Даследуйце дасягненні, дасягнутыя дзякуючы поўнаметражнаму секвенированию мРНК PacBio 2+3 ад BMKGene, праз падабраную калекцыю публікацый.
Чао, К. і інш. (2019) «Дынаміка развіцця транскрыптому сцябла Populus», Plant Biotechnology Journal, 17 (1), стар. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. і інш. (2022) «Дынамічныя змены ўтрымання аскарбінавай кіслаты падчас развіцця і паспявання пладоў Actinidia latifolia (ураджай садавіны, багаты аскорбатам) і звязаныя з гэтым малекулярныя механізмы», Міжнародны часопіс малекулярных навук, 23 (10), с. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. і інш. (2022) «Эфектыўнае прагназаванне генаў біясінтэтычнага шляху, якія ўдзельнічаюць у біяактыўных поліфіллінах у Paris polyphylla», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стар. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. і інш. (2023) «Камбінаваны аналіз PacBio Iso-Seq і Illumina RNA-Seq транскрыптому Tuta absoluta (Meyrick) і генаў цытахрому P450», Інсекты, 14 (4), с. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Ліцзюнь і інш. (2019) «Агляд складанасці транскрыптому з выкарыстаннем аднамалекулнага аналізу PacBio у рэжыме рэальнага часу ў спалучэнні з секвенированием РНК Illumina для лепшага разумення біясінтэзу рыцыналевай кіслаты ў Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), стар. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
