Эвалюцыя генома, пангеном
Што такое пан-геном?
Назапашаныя сведчанні паказваюць, што разыходжанне паміж рознымі штамамі віду можа быць велізарнай. Адзін геном далёкі ад дастаткова, каб атрымаць усю карціну генетычнай інфармацыі аднаго віду. Мэтай даследавання пана генома з'яўляецца атрыманне больш поўнага геномнага графіка віду і расшыфроўкі ўзаемасувязі паміж прыкметамі і генетычнымі кодамі, праводзячы геном дэ збор шматлікіх штамаў, што дазваляе больш глыбока і больш шырока здабываць варыяцыі.
Тэндэнцыі даследавання пана генома
Малюнак 1 Тэндэнцыі апублікаваных навукова-даследчых работ пана-генома.
УВАГА: На малюнку паказаны вынік прыёму "пан-генома" як ключавога слова для пошуку загалоўкаў артыкулаў, апублікаваных у часопісах Nature, Cell and Science Series
a. Прачытаныя з некалькіх узораў выраўнаваны да эталонных, а нязменныя сабраны ў новыя кантакты. Дадаўшы гэтыя новыя кантакты ў зыходную эталонную паслядоўнасць, можа быць пабудавана спасылка Pangenome. Адразовыя рэгіёны вызначаюцца на аснове адлюстравання ўсіх чытанняў у Пангеноме.
нар. De Novo зборка геномаў некалькіх далучэнняў дазваляе падыходам да выраўноўвання генома для выяўлення здараваных геномных абласцей.
c. Графік пан-генома можа быць пабудаваны з цэлых выраўноўвання генома альбо з дапамогай зборкі графікаў De Novo, які эфектыўна захоўвае варыянтную інфармацыю аб зорачаных рэгіёнах як унікальныя шляхі праз графік.
Як пабудаваць пан-геном?
Малюнак 2 Параўнанне падыходаў1
a. Прачытаныя з некалькіх узораў выраўнаваны да эталонных, а нязменныя сабраны ў новыя кантакты. Дадаўшы гэтыя новыя кантакты ў зыходную эталонную паслядоўнасць, можа быць пабудавана спасылка Pangenome. Адразовыя рэгіёны вызначаюцца на аснове адлюстравання ўсіх чытанняў у Пангеноме.
нар. De Novo зборка геномаў некалькіх далучэнняў дазваляе падыходам да выраўноўвання генома для выяўлення здараваных геномных абласцей.
c. Графік пан-генома можа быць пабудаваны з цэлых выраўноўвання генома альбо з дапамогай зборкі графікаў De Novo, які эфектыўна захоўвае варыянтную інфармацыю аб зорачаных рэгіёнах як унікальныя шляхі праз графік.
Нядаўна апублікаваны пан-геномы
● Згвалтаванне пан-геномаў2
● Панамы з памідораў 3
● рысавая патэльня -геном4
● Слайн-пан-геном5
● Соевая пан-геном 6
● рысавы пана-геном7
● Ячменная пан-геном8
● пшанічная пан-геном9
● Саргам пан-геном10
● Phytoplankton Pan-Genome11
Рэкамендацыя
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Pan-Pan-Genomes-новая спасылка. Нат расліны. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Песня JM, Guan Z, Hu J і інш. Восем якасных геномаў выяўляюць архітэктуру пан-генома і дыферэнцыяцыю экатыпу Brassica napus. Нат расліны. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H і інш. Пананом з памідораў раскрывае новыя гены і рэдкі алель, які рэгулюе фруктовы водар. Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H і інш. Аналіз пана генома падкрэслівае ступень геномнай змены ў культываваным і дзікім рысе [апублікаваная карэкцыя з'яўляецца ў NAT Genet. 2018 жніўня; 50 (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-Z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M і інш. Аналіз пан-генома сланечніка паказвае, што гібрыдызацыя змяніла ўтрыманне генаў і ўстойлівасць да захворванняў. Нат расліны. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Лю Y, Du H, Li P і інш. Пан-геном дзікіх і культурных соі. Клетка. 2020; 182 (1): 162-176.E13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Аналіз пан-генома з 33 генетычна разнастайных прыналежнасць рысу паказвае схаваныя геномныя варыяцыі [апублікаваны ў Інтэрнэце да друку, 2021 г. 25 мая]. Клетка. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G і інш. Пан-геном ячменю паказвае схаваную спадчыну мутацыі. Прырода. 2020; 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C і інш. Шматразовыя геномы пшаніцы выяўляюць глабальную розніцу ў сучасным развядзенні. Прырода. 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J і інш. Шырокая разнастайнасць у пан-геноме культываванага і дзікага сорга [апублікавана ў Інтэрнэце напярэдадні друку, 2021 г. 20 мая]. Нат расліны. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Вентылятар X, Qiu H, Han W і інш. Phytoplankton Pangenome паказвае шырокую пракарыётычную гарызантальную перадачу генаў розных функцый. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Апублікавана 2020 г. 29 красавіка. Doi: 10.1126/sciadv.aba0111
Час паведамлення: студзень-04-2022