Нанапор Поўнаметражны транскрыптом

Секвенирование транскриптома з нанапор - гэта магутны метад секвенирования кДНК поўнай даўжыні, дакладнай ідэнтыфікацыі і колькаснага вызначэння ізаформ транскрыптаў. Канвеер BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline распрацаваны для аналізу даных RNA-Seq, атрыманых на платформе Nanopore, у параўнанні з высакаякасным добра анатаваным эталонным геномам, забяспечваючы якасны і колькасны аналіз як на ўзроўні гена, так і на ўзроўні стэнаграмы. Пасля кантролю якасці атрымліваюцца поўнаметражныя нехимерные (FLNC) паслядоўнасці і кансенсусныя паслядоўнасці супастаўляюцца з эталонным геномам для выдалення лішніх стэнаграм. З гэтага набору транскрыптаў экспрэсія вызначаецца колькасна, а гены і транскрыпты з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй ідэнтыфікуюцца і функцыянальна анатаваны. Канвеер таксама ўключае аналіз альтэрнатыўнага поліадэнілавання (APA), аналіз альтэрнатыўнага сплайсінгу, аналіз простага паўтору паслядоўнасці (SSR), прагназаванне lncRNA і адпаведных мішэняў, прагназаванне кадуючых паслядоўнасцей (CDS), аналіз сямейства генаў, аналіз фактараў транскрыпцыі, прагназаванне новых генаў і функцыянальная анатацыя транскрыптаў.