● Дзве панэлі экзомаў даступныя на аснове ўзбагачэння мэты з дапамогай зондаў: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) і xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Секвеніраванне на Illumina NovaSeq.
● Біяінфармацыйны канвеер, накіраваны на аналіз хвароб або аналіз пухлін.
●Накіравана на вобласць кадавання бялку: шляхам захопу і секвенирования абласцей кадавання бялку hWES выкарыстоўваецца для выяўлення варыянтаў, звязаных са структурай бялку.
●Эканамічна:hWES дае прыкладна 85% мутацый, звязаных з хваробамі чалавека, з 1% геному чалавека.
●Высокая дакладнасць: Дзякуючы высокай глыбіні секвеніравання, hWES палягчае выяўленне як распаўсюджаных варыянтаў, так і рэдкіх варыянтаў з частатой ніжэй за 1%.
●Строгі кантроль якасці: Мы ўкараняем пяць асноўных кантрольных пунктаў на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў і бібліятэкі да секвеніравання і біяінфарматыкі. Такі дбайны маніторынг гарантуе нязменна высокую якасць вынікаў.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз: наш канвеер выходзіць за рамкі ідэнтыфікацыі варыяцый эталоннага геному, паколькі ён уключае пашыраны аналіз, распрацаваны спецыяльна для вырашэння пытанняў даследаванняў, звязаных з генетычнымі аспектамі захворванняў або аналізам пухлін.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца не толькі на завяршэнне праекта з 3-месячным перыядам пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Стратэгія захопу экзонаў | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны выхад даных |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) або xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Гб Для мендэлевых расстройстваў/рэдкіх захворванняў: > 50x Для ўзораў пухлін: ≥ 100x |
Тып выбаркі
| Сума(Qubit®)
| Канцэнтрацыя | Аб'ём
| Чысціня (NanoDrop™) |
Геномная ДНК
| ≥ 50 нг | ≥ 6 НГ/мкл | ≥ 15 мкл | OD260/280=1,8-2,0 без дэградацыі, без забруджвання
|
Біяінфарматычны аналіз узораў hWES-хваробы ўключае:
● КК даных паслядоўнасці
● Выраўноўванне эталоннага геному
● Ідэнтыфікацыя SNP і InDels
● Функцыянальная анатацыя SNP і InDels
Біяінфарматычны аналіз узораў пухлін ўключае:
● КК даных паслядоўнасці
● Выраўноўванне эталоннага геному
● Ідэнтыфікацыя SNP, InDels і саматычных варыяцый
● Ідэнтыфікацыя варыянтаў зародкавай лініі
● Аналіз сігнатур мутацыі
● Ідэнтыфікацыя генаў драйву на аснове мутацый узмацнення функцыі
● Анатацыя мутацыі на ўзроўні лекавай адчувальнасці
● Аналіз гетэрагеннасці – разлік чысціні і плоіднасці
Дадзеныя QC - Статыстыка захопу Exome
Ідэнтыфікацыя варыянту – InDels
Пашыраны аналіз: ідэнтыфікацыя і размеркаванне шкодных SNP/InDels – сюжэт Circos
Аналіз пухлін: ідэнтыфікацыя і размеркаванне саматычных мутацый - сюжэт Circos
Аналіз пухліны: клональные лініі