Збор генома на аснове HI-C
HI-C-гэта метад, прызначаны для захопу канфігурацыі храмасомы шляхам спалучэння ўзаемадзеянняў на аснове праверкі і паслядоўнасці высокай прапускной здольнасці. Лічыцца, што інтэнсіўнасць гэтых узаемадзеянняў негатыўна карэлюе з фізічнай адлегласцю на храмасомах. Такім чынам, дадзеныя HI-C выкарыстоўваюцца для накіравання кластаравання, упарадкавання і арыентацыі сабраных паслядоўнасцей у геноме скразнякоў і замацавання іх на пэўную колькасць храмасом. Гэтая тэхналогія дае магчымасць зборцы генома ўзроўню храмасом пры адсутнасці генетычнай карты на аснове папуляцыі. Кожны геном мае патрэбу ў HI-C.
Асаблівасці абслугоўвання
● Паслядоўнасць на Illumina Novaseq з PE150.
● Служба патрабуе ўзораў тканін, а не здабытых нуклеінавых кіслот, каб перакрыжаваць з фармальдэгідам і захаваць узаемадзеянне ДНК-бялкоў.
● Эксперымент HI-C прадугледжвае абмежаванне і канец аднаўлення ліпкіх канцоў з біятынам з наступнай кругавой прытулкай, якія прыводзяцца ў выніку тупых канцоў пры захаванні ўзаемадзеянняў. Затым ДНК выцягваюць стрэптавідынскімі пацеркамі і вычышчаюць для наступнай падрыхтоўкі бібліятэкі.
Перавагі абслугоўвання
Агляд HI-C
(Ліберман-Айдэн Е і інш.,Навука, 2009)
●Выключэнне неабходнасці ў дадзеных генетычнай папуляцыі:HI-C замяняе важную інфармацыю, неабходную для замацавання Contig.
●Шчыльнасць высокай маркера:што прыводзіць да высокага каэфіцыента замацавання Contig вышэй за 90%.
●Шырокі вопыт і запісы публікацыі:BMKGene мае велізарны досвед працы з больш чым 2000 выпадкамі зборкі генома HI-C ад 1000 розных відаў і розных патэнтаў. Больш за 200 апублікаваных выпадкаў аказваюць назапашаны каэфіцыент уздзеяння больш за 2000 года.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкі:З уласным патэнтам і праграмным забеспячэннем аўтарскіх правоў для эксперыментаў HI-C і аналізу дадзеных, самаразвітае праграмнае забеспячэнне для дадзеных візуалізацыі дазваляе рухацца блок, які рухаецца, змяняецца, адмяняе і перарабляе.
●Падтрымка пасля продажаў:Наша абавязацельства выходзіць за рамкі завяршэння праекта з 3-месячным перыядам пасля продажу. За гэты час мы прапануем наступныя дзеянні праекта, дапамогу па ліквідацыі непаладак і сесіі па пытаннях і пытаннях для вырашэння любых запытаў, звязаных з вынікамі.
●Комплексная анатацыя: Мы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных, каб функцыянальна анатаваць гены з выяўленымі варыяцыямі і праводзіць адпаведны аналіз узбагачэння, даючы разуменне некалькіх навукова -даследчых праектаў.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Падрыхтоўка бібліятэкі | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны выхад дадзеных | Кантроль якасці |
| HI-C Бібліятэка | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Патрабаванні да ўзору
| Тканіна | Абавязковая сума |
| Жывёла віссера | ≥ 2 г |
| Цягліца жывёл | |
| Кроў млекакормячых | ≥ 2 мл |
| Птушка/рыбная кроў | |
| Расліна- свежы ліст | ≥ 3 г |
| Культываваныя клеткі | ≥ 1x107 |
| Насякомае | ≥ 2 г |
Працоўны паток абслугоўвання
Эксперымент у галіне дызайну
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
1) Сырыя дадзеныя QC
2) QC HI-C: Ацэнка сапраўдных узаемадзеянняў HI-C
3) Збор HI-C: Кластэрызацыя контыг у групах з наступным замовай CONTIG у кожнай групе і прысваеннем арыентацыі CONTIG
4) Ацэнка HI-C
QC HI-C-Ацэнка HI-C сапраўдных пар узаемадзеяння
Збор HI-C-Статыстыка
Ацэнка пасля зборкі-цеплавая карма інтэнсіўнасці сігналу паміж бункерамі
Вывучыце дасягненні, якія садзейнічалі паслугам збору HI-C BMKGENE праз кураваную калекцыю публікацый.
Tian, T. et al. (2023) "Геном зборкі і генетычная рассяканне выяўленай засухі ўстойлівай да кукурузы", Прырода Genetics 2023 55: 3, 55 (3), с. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ван, ZL і інш. (2020) "Храмасома маштабуе азіяцкага генома азіяцкай пчолы Cerana", Frontiers in Genetics, 11, с. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Чжан, Ф. і інш. (2023) "Выяўленне эвалюцыі біясінтэзу Tropane алкалоіднага біясінтэзу шляхам аналізу двух геномаў у сям'і Solanaceae", Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), с. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Чжан, X. і інш. (2020 г.) "Геномы баньянскага дрэва і апыляльніка восы даюць уяўленне пра каэвалюцыю Fig-WASP", клетка, 183 (4), стар. 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
