Узаемадзеянне храмаціну на аснове Hi-C
Асаблівасці абслугоўвання
● Секвеніраванне на Illumina NovaSeq з PE150.
● Служба патрабуе, каб узоры тканак, а не экстрагаваныя нуклеінавыя кіслоты, звязваліся фармальдэгідам і захавалі ўзаемадзеянне ДНК-бялок.
● Эксперымент Hi-C прадугледжвае абмежаванне і аднаўленне канцоў ліпкіх кончыкаў біятынам з наступнай акругленнем атрыманых тупых кончыкаў пры захаванні ўзаемадзеяння. Затым ДНК выцягваюць шарыкамі стрэптавідыну і чысцяць для наступнай падрыхтоўкі бібліятэкі.
Перавагі абслугоўвання
●Аптымальны дызайн ферментаў рэстрыкцыі: для забеспячэння высокай эфектыўнасці Hi-C для розных відаў з да 93% сапраўдных пар узаемадзеяння.
●Шырокая экспертыза і публікацыі:BMKGene мае вялікі досвед працы з больш чым 2000 праектамі секвеніравання Hi-C з 800 розных відаў і рознымі патэнтамі. Больш за 100 апублікаваных выпадкаў з назапашвальным імпакт-фактарам больш за 900.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкі:з унутранымі патэнтамі і аўтарскімі правамі на праграмнае забеспячэнне для эксперыментаў Hi-C і аналізу даных, а таксама праграмным забеспячэннем для візуалізацыі дадзеных уласнай распрацоўкі.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца не толькі на завяршэнне праекта з 3-месячным перыядам пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
●Вычарпальная анатацыя: мы выкарыстоўваем некалькі баз даных, каб функцыянальна анатаваць гены з ідэнтыфікаванымі варыяцыямі і правесці адпаведны аналіз узбагачэння, даючы інфармацыю аб шматлікіх даследчых праектах.
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны выхад даных | Разрозненне сігналу Hi-C |
| Бібліятэка Hi-C | Illumina PE150 | Пятля храмаціну: 150x TAD: 50x | Пятля храмаціну: 10 Кб ТАД: 40 Кб |
Патрабаванні да абслугоўвання
| Тып выбаркі | Неабходная сума |
| Жывёльная тканіна | ≥2 г |
| Суцэльная кроў | ≥2 мл |
| Грыбы | ≥1г |
| Расліна- маладая тканіна | 1 г/аліквоту, рэкамендуецца 2-4 аліквоты |
| Культывуюцца клеткі | ≥1x107 |
Уключае ў сябе наступны аналіз:
● КК зыходных даных;
● Адлюстраванне і кантроль якасці бібліятэкі Hi-C: сапраўдныя пары ўзаемадзеяння і паказчыкі распаду ўзаемадзеяння (IDE);
● Агульнагеномнае прафіляванне ўзаемадзеяння: цыс/транс аналіз і карта ўзаемадзеяння Hi-C;
● Аналіз размеркавання адсекаў A/B;
● Ідэнтыфікацыя TADs і завес храмаціну;
● Дыферэнцыяльны аналіз трохмерных структурных элементаў храмаціну сярод узораў і адпаведная функцыянальная анатацыя звязаных генаў.
Прапорцыйнае размеркаванне цыс і транс
Цеплавая карта храмасомных узаемадзеянняў паміж узорамі
Размеркаванне A/B аддзяленняў па ўсім геноме
Паўнагеномнае размеркаванне завес храмаціну
Візуалізацыя TAD
Азнаёмцеся з дасягненнямі даследаванняў, якім спрыяюць службы секвеніравання Hi-C ад BMKGene, праз падабраную калекцыю публікацый.
Мэн Т. і інш. (2021) «Параўнальны інтэграваны мультиомический аналіз вызначае CA2 як новую мішэнь для хордомы»,Нейраанкалогія, 23 (10), стар. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Сюй, Л. і інш. (2021) «3D-дэзарганізацыя і рэарганізацыя геному даюць зразумець патагенез НАЖБП з дапамогай комплекснага Hi-C, Nanopore і секвенирования РНК»,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), стар. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
