Аналіз геномнай асацыяцыі
Рабочы працэс
Перавагі абслугоўвання
●Шырокая экспертыза і запісы публікацый: дзякуючы назапашанаму вопыту ў GWAS, BMKGene завяршыла сотні відавых праектаў у даследаванні папуляцый GWAS, дапамагла даследчыкам апублікаваць больш за 100 артыкулаў, а сукупны імпакт-каэфіцыент дасягнуў 500.
● Комплексны аналіз біяінфарматыкі: Працоўны працэс уключае аналіз асацыяцыі SNP-рысы, прадастаўленне набору генаў-кандыдатаў і іх адпаведнай функцыянальнай анатацыі.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкі і кароткі цыкл аналізу: каманда BMKGene, маючы вялікі вопыт перадавых аналізаў геномікі, забяспечвае комплексны аналіз з хуткім часам выканання.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца не толькі на завяршэнне праекта з 3-месячным перыядам пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Спецыфікацыі паслуг і патрабаванні
| Тып секвенирования | Рэкамендаваны маштаб насельніцтва | Стратэгія паслядоўнасці | Патрабаванні да нуклеатыдаў |
| Секвеніраванне поўнага геному | 200 узораў | 10x | Канцэнтрацыя: ≥ 1 нг/мкл Агульная сума≥ 30нг Абмежаваная дэградацыя або забруджванне або іх адсутнасць |
| Узмоцнены фрагмент канкрэтнага локуса (SLAF) | Глыбіня тэга: 10x Колькасць тэгаў: < 400 Мб: рэкамендуецца WGS < 1 Гб: 100 тыс. тэгаў 1 Гб > 2Gb: 300K тэгаў Максімум 500 тысяч тэгаў | Канцэнтрацыя ≥ 5 нг/мкл Агульная колькасць ≥ 80 нг Нанакапля OD260/280=1,6-2,5 Агарозный гель: няма або абмежаваная дэградацыя або забруджванне
|
Выбар матэрыялу
Розныя гатункі, падвіды, мясцовасці/генныя банкі/змешаныя сем'і/дзікія рэсурсы
Розныя гатункі, падвіды, мясцовасці
Сям'я з зводнымі братамі / сям'я з паўбрацінамі / дзікія рэсурсы
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
- Аналіз геномных асацыяцый: мадэль LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Функцыянальная анатацыя генаў-кандыдатаў
Аналіз асацыяцыі SNP-рыса - Манхэтэнскі графік
Аналіз асацыяцыі SNP-рыса - графік QQ
Даследуйце дасягненні, якія спрыяюць паслугі BMKGene de GWAS, праз падабраную калекцыю публікацый:
Лв, Л. і інш. (2023) «Даследаванне генетычнай асновы талерантнасці да аміяку ў малюска Sinonovacula constricta шляхам агульнагеномнага даследавання асацыяцый»,Аквакультура, 569, с. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Лі, X. і інш. (2022) «Мультыамічны аналіз 398 асобнікаў проса лісінага хваста выявіў геномныя рэгіёны, звязаныя з прыручэннем, прыкметамі метабалітаў і супрацьзапаленчым дзеяннем»,Малекулярны завод, 15 (8), стар. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. і інш. (2022) «Картаванне агульнагеномнай асацыяцыі фенатыпаў Hulless Barely ва ўмовах засухі»,Межы раслінаводства, 13, с. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Чжао, X. і інш. (2021) «GmST1, які кадуе сульфатрансферазу, забяспечвае ўстойлівасць да штамаў віруса мазаікі соі G2 і G3»,Расліна, клетка і навакольнае асяроддзе, 44 (8), стар. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
