De Novo Gungal Genome Assember
BMKGENE прапануе універсальныя рашэнні для грыбковых геномаў, задавальненне для розных даследаванняў і жаданай паўнаты генома. Выкарыстанне кароткага прачытанага паслядоўнасці Illumina дазваляе стварыць геном цягі. Кароткае чытанне і шматгадовая паслядоўнасць з выкарыстаннем нанапор або Pacbio аб'ядноўваюцца для больш вытанчанага грыбковага генома з больш працяглымі контыгамі. Больш за тое, інтэграцыя паслядоўнасці HI-C яшчэ больш павышае магчымасці, што дазваляе дасягнуць поўнага генома на ўзроўні храмасом.
Асаблівасці абслугоўвання
З трыма магчымымі варыянтамі на выбар у залежнасці ад патрэбнай ступені паўнаты генома:
● Праект генома Варыянт: кароткая прачытаная паслядоўнасць з Illumina Novaseq PE150.
● Параметр грыбковага тонкага генома:
Абследаванне генома: Illumina Novaseq PE150.
Збор генома: Pacbio Revio (Hifi чытае) або нанапор Promethion 48.
● Грыбнае геном на ўзроўні храмасом:
Абследаванне генома: Illumina Novaseq PE150.
Збор генома: Pacbio Revio (Hifi чытае) або нанапор Promethion 48.
Contig замацаванне з зборкай HI-C.
Перавагі абслугоўвання
●Даступныя некалькі стратэгій паслядоўнасці: Для розных мэтаў даследавання і патрабаванняў паўнаты генома
●Поўны працоўны працэс біяінфарматыкі:Сюды ўваходзіць збор генома і прагназаванне некалькіх геномных элементаў, функцыянальную анатацыю генаў і замацаванне контыг.
●Шырокі вопыт: З больш чым 12 000 мікробных геномаў мы прыносім дзесяцігоддзе вопыту, высокакваліфікаваную каманду аналізу, усёабдымны змест і выдатную падтрымку пасляпродажу.
●Падтрымка пасля продажаў:Наша абавязацельства выходзіць за рамкі завяршэння праекта з 3-месячным перыядам пасля продажу. За гэты час мы прапануем наступныя дзеянні праекта, дапамогу па ліквідацыі непаладак і сесіі па пытаннях і пытаннях для вырашэння любых запытаў, звязаных з вынікамі.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Абслугоўванне | Стратэгія паслядоўнасці | Кантроль якасці |
| Працягласць генома | Illumina pe150 100x | Q30≥85% |
| Выдатны геном | Абследаванне генома: Illumina PE150 50 х Збор: Pacbio Hifi 30x або Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio адналеткавы） contig n50 ≥2mb （ont inlicellular） contig n50 ≥500kb （іншыя） |
| Геном на ўзроўні храмасом | Абследаванне генома: Illumina PE150 50 х Збор: Pacbio Hifi 30x або Nanopore 100x HI-C зборка 100x | Каэфіцыент замацавання Contig> 90%
|
Патрабаванні да службы
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Пакбіё | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Нанапор | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Ілюмінатар | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Ачысціны грыб: ≥3,5x1010 клеткі
Макра грыб: ≥10 г
Працоўны паток абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
Уключае ў сябе наступны аналіз:
Абследаванне генома:
- Паслядоўнасць кантролю якасці дадзеных
- Ацэнка генома: памер, гетерозиготность, паўтараюцца элементы
Збор дробнага генома:
- Паслядоўнасць кантролю якасці дадзеных
- Дэ НоваСход
- Аналіз кампанентаў геному: прагназаванне кампакт -дыскаў і некалькі геномных элементаў
- Функцыянальная анатацыя з некалькімі агульнымі базамі дадзеных (GO, KEGG і г.д.) і ўдасканаленымі базамі дадзеных (карта, VFDB і г.д.)
HI-C зборка:
- HI-C Бібліятэчная ацэнка.
- Contigs замацоўвае кластарызацыю, заказ і арыентаванне
- Ацэнка зборкі HI-C: на аснове эталоннай генома і цеплавой карты
Абследаванне генома: размеркаванне K-MER
Збор генома: гамалагічная анатацыя генаў (база дадзеных NR)
Збор генома: функцыянальная анатацыя генаў (GO)
Вывучыце дасягненні, якія садзейнічалі паслугам збору грыбковых геномаў BMKGENE праз кураваную калекцыю публікацый.
Хао, Дж. І інш. (2023) "Убудаванае омічнае прафіляванне лячэбнага грыба inonotus ouldiquus у пагружаных умовах",Геномія BMC, 24 (1), стар. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-Z/лічбы/3.
Лу, Л. і інш. (2023) "паслядоўнасць генома выяўляе эвалюцыю і патагенныя механізмы патагеннай патагеннай патагеннай вачэй пшанічнай вострыЧасопіс пасеваў, 11 (2), стар. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Чжан, Х. і інш. .Раслінная хвароба, 107 (3), стар. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Чжан, С.С. і інш. (2023) "Генетычныя і малекулярныя дадзеныя пра тэтрапалярную сістэму спарвання ў ядомых грыбах Грыфола Фрондаса",Часопіс грыбоў, 9 (10), с. 959. Doi: 10.3390/jof9100959/s1.
