Нанапоры для секвенирования мРНК поўнай даўжыні
Асаблівасці
● Захоп полі-А мРНК з наступным сінтэзам кДНК і падрыхтоўкай бібліятэкі
● Секвеніраванне поўнаметражных стэнаграм
● Біяінфарматычны аналіз, заснаваны на супастаўленні з эталонным геномам
● Біяінфарматычны аналіз уключае не толькі экспрэсію на ўзроўні гена і ізаформы, але таксама аналіз lncRNA, зліцця генаў, поліадэнілавання і структуры гена
Перавагі абслугоўвання
●Колькасная ацэнка экспрэсіі на ўзроўні ізаформы: уключэнне дэталёвага і дакладнага аналізу экспрэсіі, выяўленне змяненняў, якія могуць быць замаскіраваны пры аналізе ўсёй экспрэсіі гена
●Зніжэнне патрабаванняў да дадзеных:У параўнанні з секвенированием наступнага пакалення (NGS), секвенирование Nanopore прад'яўляе больш нізкія патрабаванні да даных, што дазваляе атрымаць эквівалентныя ўзроўні насычэння колькаснай экспрэсіі генаў з меншымі дадзенымі.
●Больш высокая дакладнасць колькаснага вызначэння экспрэсіі: як на генным, так і на ізаформным узроўні
●Ідэнтыфікацыя дадатковай транскрыптамічнай інфармацыі: альтэрнатыўнае полиаденилирование, зліццё генаў і lcnRNA і іх гены-мішэні
●Шырокі вопыт: Наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект, завяршыўшы больш за 850 праектаў поўнаметражных транскрыптаў Nanopore і апрацаваўшы больш за 8000 узораў.
●Пасляпродажная падтрымка: наша абавязацельства распаўсюджваецца і на 3-месячны пасляпродажны перыяд пасля завяршэння праекта. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
| Полі А ўзбагачаны | Illumina PE150 | 6/12 Гб | Сярэдні бал якасці: Q10 |
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥7,0; Для жывёл: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Лісце або насенне: 300 мг
Садавіна: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 300 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Косці, валасы або скура: 1г
● Членістаногія:
Казуркі: 6г
Ракападобныя: 300 мг
● Суцэльная кроў: 1 цюбік
● Вочкі: 106 вочак
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Нуклеатыды:
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Працэдура абслугоўвання
Тканіна:
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
● Апрацоўка неапрацаваных дадзеных
● Ідэнтыфікацыя стэнаграмы
● Альтэрнатыўнае зрошчванне
● Колькасная ацэнка экспрэсіі на ўзроўні гена і ўзроўню ізаформы
● Дыферэнцыяльны аналіз выразаў
● Анатацыя і ўзбагачэнне функцый (DEG і DET)
Аналіз альтэрнатыўнага сплайсінгу
Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)
Прадказанне lncRNA
Анатацыя новых генаў
Кластарызацыя DET
Пратэін-бялковыя сеткі ў DEG
Дасьледуйце дасягненні, дасягнутыя паслугамі секвенирования поўнаметражных мРНК Nanopore кампаніі BMKGene праз падабраную калекцыю публікацый.
Gong, B. і інш. (2023) «Эпігенетычная і транскрыпцыйная актывацыя сакраторнай кіназы FAM20C як анкагена ў гліёме», Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ён, З. і інш. (2023) «Поўнаметражнае секвеніраванне транскрыптамаў лімфацытаў, якія рэагуюць на IFN-γ, выяўляе імунны адказ з скажэннем Th1 у камбалы (Paralichthys olivaceus)», Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ма, Ю. і інш. (2023) «Параўнальны аналіз метадаў секвенирования РНК PacBio і ONT для ідэнтыфікацыі яду Nemopilema Nomurai», Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ю, Д. і інш. (2023) «Аналіз Nano-seq паказвае розныя функцыянальныя тэндэнцыі паміж экзасомамі і мікравезікуламі, атрыманымі з hUMSC», Stem Cell Research and Therapy, 14(1), стар. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/ТАБЛІЦЫ/6.
