Эвалюцыйная генетыка
Перавагі абслугоўвання
Такагі і інш.,Раслінны часопіс, 2013
●Комплексны біяінфармацыйны аналіз:магчымасць ацэнкі генетычнай разнастайнасці, якая адлюстроўвае эвалюцыйны патэнцыял відаў, і выяўленне надзейнай філагенетычнай сувязі паміж відамі з мінімізаваным уплывам канвергентнай эвалюцыі і паралельнай эвалюцыі
●Дадатковы індывідуальны аналіз: напрыклад, ацэнка часу дывергенцыі і хуткасці на аснове варыяцый на ўзроўні нуклеатыдаў і амінакіслот.
●Шырокая экспертыза і запісы публікацый: BMKGene назапасіла велізарны вопыт у праектах папуляцыйнай і эвалюцыйнай генетыкі на працягу больш чым 15 гадоў, якія ахопліваюць тысячы відаў і г.д., і ўнесла свой уклад у больш чым 1000 праектаў высокага ўзроўню, апублікаваных у Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal і г.д.
● Высокакваліфікаваная каманда па біяінфарматыцы і кароткі цыкл аналізу: каманда BMKGene, маючы вялікі вопыт перадавых аналізаў геномікі, забяспечвае комплексны аналіз з хуткім часам выканання.
● Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца не толькі на завяршэнне праекта з 3-месячным перыядам пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Спецыфікацыі паслуг і патрабаванні
| Тып секвенирования | Рэкамендаваны маштаб насельніцтва | Стратэгія паслядоўнасці | Патрабаванні да нуклеатыдаў |
| Секвеніраванне поўнага геному | ≥ 30 асобін, з ≥ 10 асобін з кожнай падгрупы
| 10x | Канцэнтрацыя: ≥ 1 нг/мкл Агульная сума≥ 30нг Абмежаваная дэградацыя або забруджванне або іх адсутнасць |
| Узмоцнены фрагмент канкрэтнага локуса (SLAF) | Глыбіня тэга: 10x Колькасць тэгаў: <400 Мб: рэкамендуецца WGS <1Gb: 100K тэгаў 1 Гб >2Gb: 300K тэгаў Максімум 500 тысяч тэгаў | Канцэнтрацыя ≥ 5 нг/мкл Агульная колькасць ≥ 80 нг Нанакапля OD260/280=1,6-2,5 Агарозный гель: няма або абмежаваная дэградацыя або забруджванне
|
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Сэрвіс уключае ў сябе аналіз структуры папуляцыі (філагенетычнае дрэва, PCA, дыяграма стратыфікацыі папуляцыі), разнастайнасці папуляцыі і адбору папуляцыі (парушэнне раўнавагі сувязяў, выбарачны выбар выгадных месцаў). Паслуга таксама можа ўключаць індывідуальны аналіз (напрыклад, час дывергенцыі, паток генаў).
*Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных у BMKGENE
1.Аналіз эвалюцыі змяшчае пабудову філагенетычнага дрэва, структуры насельніцтва і PCA на аснове генетычных варыяцый.
Філагенетычнае дрэва адлюстроўвае таксанамічныя і эвалюцыйныя адносіны паміж відамі з агульным продкам.
PCA накіраваны на візуалізацыю блізкасці паміж субпапуляцыямі.
Структура папуляцыі паказвае наяўнасць генетычна асобнай субпапуляцыі з пункту гледжання частот алеляў.
Чэнь і інш. інш.,PNAS, 2020 год
2.Выбарачная разгортка
Выбарачная разгортка адносіцца да працэсу, з дапамогай якога выбіраецца выгадны сайт і павялічваецца частата звязаных нейтральных сайтаў, а частата не звязаных сайтаў памяншаецца, што прыводзіць да зніжэння рэгіянальных.
Агульнагеномнае выяўленне на выбарачных участках разгорткі апрацоўваецца шляхам разліку папуляцыйнага генетычнага індэкса (π, Fst, D Тадзімы) усіх SNP у слізгальным акне (100 Кб) на пэўным кроку (10 Кб).
Разнастайнасць нуклеатыдаў (π)
Тадзіма Д
Індэкс фіксацыі (Fst)
Ву і інш. інш.,Малекулярны завод, 2018 год
3.Gene Flow
Ву і інш. інш.,Малекулярны завод, 2018 год
4.Дэмаграфічная гісторыя
Чжан і інш. інш.,Экалогія прыроды і эвалюцыя, 2021 год
5.Разыходжанне часу
Чжан і інш. інш.,Экалогія прыроды і эвалюцыя, 2021 год
Даследуйце дасягненні, якія спрыяюць паслугі эвалюцыйнай генетыкі BMKGene, праз падабраную калекцыю публікацый:
Хасаняр, А. К. і інш. (2023) «Адкрыццё малекулярных маркераў SNP і генаў-кандыдатаў, звязаных з устойлівасцю да віруса Sacbrood, у лічынках Apis cerana cerana шляхам рэсеквеніравання поўнага геному»,Міжнародны часопіс малекулярных навук, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. і інш. (2022) «Адкрыццё дзікай, генетычна чыстай кітайскай гіганцкай саламандры стварае новыя магчымасці для захавання»,Заалагічныя даследаванні, 2022, том. 43, выпуск 3, старонкі: 469-480, 43 (3), стар. 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. і інш. (2022) «Філагеаграфічная структура і гісторыя эвалюцыі папуляцыі карэннага Elymus sibiricus L. на Цынхай-Тыбецкім плато»,Межы раслінаводства, 13, с. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. і інш. (2022) «Геномная эвалюцыя лонгана з зборкі геному на ўзроўні храмасом і папуляцыйная геноміка асобнікаў лонгана»,Даследаванні садаводства, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
