Секвеніраванне мРНК эўкарыётаў-NGS
Асаблівасці
● Захоп полі мРНК перад падрыхтоўкай бібліятэкі
● Неабавязковая накіраваная падрыхтоўка бібліятэкі мРНК для атрымання даных секвенирования па ланцугу
● Біяінфарматычны аналіз экспрэсіі генаў і структуры транскрыптаў
Перавагі
●Шырокі вопыт: Наша каманда апрацавала больш за 600 000 узораў у BMKgene, якія ахопліваюць розныя тыпы ўзораў, такія як клетачныя культуры, тканіны і вадкасці арганізма. Мы прыносім багаты вопыт у кожны праект і паспяхова завяршылі больш за 100 000 праектаў mRNA-Seq у розных галінах даследаванняў.
●Строгі кантроль якасці: Мы ўкараняем асноўныя кантрольныя кропкі на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзору і бібліятэкі да секвеніравання і біяінфарматыкі. Гэты дбайны маніторынг гарантуе нязменна высокую якасць вынікаў, гарантуючы, што ваш праект знаходзіцца ў надзейных руках.
●Вычарпальная анатацыя: Мы выкарыстоўваем некалькі баз даных для функцыянальнай анатацыі генаў з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй (DEG) і правядзення адпаведнага аналізу ўзбагачэння. Гэты ўсёабдымны падыход дазваляе зразумець клеткавыя і малекулярныя працэсы, якія ляжаць у аснове адказу транскрыптому, гарантуючы, што вы атрымаеце поўную інфармацыю аб выніках вашага праекта.
●Пасляпродажная падтрымка: Наша прыхільнасць распаўсюджваецца і на 3-месячны перыяд пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
| Полі А ўзбагачаны | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць | |
| Стандартная бібліятэка | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥4.0; Для жывёл: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
| Накіраваная бібліятэка | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥4.0; Для жывёл: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Лісце або насенне: 300 мг
Садавіна: 1,2 г
●жывёла:
Сэрца або кішачнік: 300 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Косці, валасы або скура: 1г
● Членістаногія:
Казуркі: 6г
Ракападобныя: 300 мг
● Суцэльная кроў: 1 цюбік
● Вочкі: 106 вочак
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Настольныя прабіркі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
Эўкарыятычны Рабочы працэс аналізу секвенирования мРНК
Біяінфарматыка
ØКантроль якасці неапрацаваных дадзеных
ØВыраўноўванне эталоннага геному
ØАналіз структуры стэнаграмы
ØКолькаснае выражэнне
ØДыферэнцыяльны аналіз выразаў
ØФункцыя анатацыі і ўзбагачэння
Выраўноўванне эталоннага геному
Насычанасць дадзенымі
Карэляцыя выбарак і ацэнка біялагічных паўтораў
Гены з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй (DEG)
Функцыянальная анатацыя DEG
Функцыянальнае ўзбагачэнне ДЭГ
Дасьледуйце дасягненні, дасягнутыя паслугамі секвенирования мРНК эўкарыётаў NGS ад BMKGene праз падабраную калекцыю публікацый.
Huang, L. і інш. (2023) «Трыклазан і трыклакарбан аслабляюць нюхальную здольнасць залатых рыбак, абмяжоўваючы распазнаванне паху, парушаючы перадачу нюхальных сігналаў і парушаючы апрацоўку нюхальнай інфармацыі», Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Цзя, ЛЖ і інш. (2023) «Aspergillus fumigatus захоплівае р11 чалавека, каб перанакіроўваць фагасомы, якія змяшчаюць грыбы, на недэградацыйны шлях», Cell Host & Microbe, 31 (3), стар. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Джын, К. і інш. (2022) «Фактары транскрыпцыі TCP, якія ўдзельнічаюць у развіцці ўцёкаў бамбука Ма (Dendrocalamus latiflorus Munro)», Frontiers in Plant Science, 13, с. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. і інш. (2022) «Геном Chrysanthemum lavandulifolium і малекулярны механізм, які ляжыць у аснове розных тыпаў капітулумаў», Даследаванні садаводства, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Чжан, Юйцзе і інш. (2023) «Каскадны нанарэактар для ўзмацнення сонодинамической тэрапіі колоректального рака праз сінэргетычнае павелічэнне АФК і блакаванне аўтафагіі», Nano Today, 49, с. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
