Паслядоўнасць ДНК/РНК -Пакбіё секвенсар
Рысы
Два рэжымы паслядоўнасці на Pacbio Sequencer: бесперапыннае доўгае чытанне (CLR) і кругавы кансенсус чытання (CCS)
| Рэжым паслядоўнасці | Памер бібліятэкі | Тэарэтычныя дадзеныяВыхад (на клетку) | Адзінкавая базаАкуратнасць | Прыкладанне |
| Clr | 20 кб, 30 кб і г.д. | 80 ГБ да 130 Гб | Прыблізна. 85% | Дэ Нова, SV Calling, і г.д. |
| CCS | 15-20 кб | 14 да 40 Гб/вочак (працяг II) 70 да 110 ГБ/ячэйкі (Revio) Залежыць ад узораў | Прыблізна. 99% | Дэ Нова, SNP/Indel/SV Calling, iso-seq, |
Параўнанне прадукцыйнасці і асаблівасцей Revio і Sequel II
| Умовы | Сістэма Sequel II | Сістэма Revio | Рост |
| Больш высокая шчыльнасць | 8 мільёнаў ZMWS | 25 мільёнаў ZMWS | 3x |
| Незалежныя этапы | 1 | 4 | 4x |
| Кароткі час прабег | 30 гадзін | 24 гадзіны | 1,25x |
| 30x Hifi Human Genomes / год | 88 | 1300 | 15x у цэлым |
Перавагі абслугоўвання
● За 8 гадоў вопыт на платформе паслядоўнасці Pacbio з тысячамі закрытых праектаў з рознымі відамі.
● Цалкам абсталяваны апошнімі платформамі паслядоўнасці Pacbio, Revio, каб гарантаваць дастатковую прапускную здольнасць паслядоўнасці.
● Больш хуткі час павароту, больш высокая ўраджайнасць дадзеных і больш дакладныя дадзеныя.
● Унесены ў сотні выданняў на базе Pacbio з высокім уздзеяннем.
Патрабаванні да ўзору
| Тып узору | Колькасць | Канцэнтрацыя （QBIT®） | Аб'ём | Чысціня | Іншыя |
| Геномная ДНК | Залежаць ад патрабавання дадзеных | ≥50 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Празрысты пік пры 260 нм ，Няма забруджванняў | Канцэнтрацыю трэба вымераць кубітам і кубітам/нанапорам = 0,8-2,5 |
| Усяго РНК | ≥1,2 мкг | ≥120 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；Няма забруджванняў | Значэнне RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Працоўны працэс абслугоўвання
Падрыхтоўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Дастаўка праекта
1. Уласная ўраджайнасць дадзеных
Дадзеныя, атрыманыя з 63 клетак CCS (з 26 відаў)
| Дадзеныя-PACBIO-CCS-15 KB | Сярэдні | Максімум | Мін | Сярэдні |
| Урада | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426,58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Палімераза N50 | 145 651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Падвяргае N50 | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19,034 | 9 876 | 14 747 |
| Сярэдняя даўжыня-палімераза | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Сярэдняя даўжыня | 15 866 | 21,036 | 11 657 | 16 012 |
| Сярэдняя даўжыня CCS | 14 489 | 19,074 | 8 575 | 14 655 |
Дадзеныя, атрыманыя з 16 клетак CLR (з 76 відаў)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | Сярэдні | Максімум | Мін | Сярэдні |
| Урада | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142.49 |
| Палімераза N50 | 39 456 | 121,191 | 15 389 | 35,231 |
| Падвяргае N50 | 28 490 | 41,012 | 14 430 | 29 063 |
| Сярэдняя даўжыня-палімераза | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21,555 |
| Сярэдняя даўжыня | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2.Data QC - дэманстрацыяСтатыстыка па ўраджайнасці дадзеных
| Узор | CCS чытае NUM | Усяго базы CCS (BP) | CCS чытае N50 (BP) | Сярэдняя даўжыня CCS (BP) | CCS Самы доўгі прачытанне (BP) | падставы базы (BP) | Хуткасць CCS (%) |
| PB_BMKXXX | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15 728 | 15 726 | 36.110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
