Exclusive Agency for Korea

条形банер-03

прадукты

Поўнаметражнае секвенирование мРНК -PacBio

У той час як секвенирование мРНК на аснове NGS з'яўляецца універсальным інструментам для колькаснай ацэнкі экспрэсіі генаў, яго залежнасць ад кароткіх счытванняў абмяжоўвае яго выкарыстанне ў складаных транскрыптамічных аналізах. З іншага боку, секвенирование PacBio (Iso-Seq) выкарыстоўвае тэхналогію доўгага счытвання, што дазваляе секвенировать поўнаметражныя транскрыпты мРНК. Такі падыход спрыяе ўсебаковаму вывучэнню альтэрнатыўнага сплайсінгу, зліцця генаў і поліадэнілавання. Аднак ёсць іншыя варыянты колькаснага вызначэння экспрэсіі генаў з-за вялікай колькасці неабходных даных. Тэхналогія секвенирования PacBio абапіраецца на секвенирование адной малекулы ў рэжыме рэальнага часу (SMRT), што дае відавочную перавагу ў захопе поўнаметражных транскрыптаў мРНК. Гэты інавацыйны падыход прадугледжвае выкарыстанне хваляводаў нулявога рэжыму (ZMW) і мікрафабрыкаваных лунак, якія дазваляюць назіраць у рэжыме рэальнага часу за актыўнасцю ДНК-палімеразы падчас секвенирования. У рамках гэтых ZMW ДНК-палімераза PacBio сінтэзуе дадатковы ланцуг ДНК, ствараючы доўгія счытванні, якія ахопліваюць усе транскрыпты мРНК. Праца PacBio у рэжыме цыклічнага кансенсуснага секвенирования (CCS) павышае дакладнасць за кошт шматразовага секвенирования адной і той жа малекулы. Згенераваныя паказанні HiFi маюць дакладнасць, параўнальную з NGS, што дадаткова спрыяе ўсебаковаму і надзейнаму аналізу складаных транскрыптамічных функцый.

Платформа: PacBio Sequel II; PacBio Revio


  • :
  • Падрабязнасці абслугоўвання

    Біяінфарматыка

    Дэманстрацыйныя вынікі

    Выбраныя публікацыі

    Асаблівасці

    ● Сінтэз кДНК з полі-А мРНК з наступным падрыхтоўкай бібліятэкі

    ● Паслядоўнасць у рэжыме CCS, генерацыя HiFi чытання

    ● Секвеніраванне поўнаметражных стэнаграм

    ● Аналіз не патрабуе эталоннага геному; аднак яго можна выкарыстоўваць

    ● Біяінфарматычны аналіз дазваляе аналізаваць транскрыпты ізаформы lncRNA, зліццё генаў, поліадэнілаванне і структуру гена

    Перавагі абслугоўвання

    2

    Высокая дакладнасць: HiFi чытае з дакладнасцю >99,9% (Q30), параўнальна з NGS

    ● Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу: секвенирование ўсіх стэнаграм дазваляе ідэнтыфікаваць і характарызаваць ізаформы

    Шырокі вопыт: з паслужным спісам выканання больш за 1100 поўнафарматных праектаў транскрыпта PacBio і апрацоўкі больш за 2300 узораў наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.

    Пасляпродажная падтрымка: наша абавязацельства распаўсюджваецца і на 3-месячны пасляпродажны перыяд пасля завяршэння праекта. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.

    Узоры патрабаванняў і пастаўка

    Бібліятэка

    Стратэгія паслядоўнасці

    Рэкамендаваны даныя

    Кантроль якасці

    Бібліятэка CCS, узбагачаная мРНК PolyA

    Працяг PacBio II

    PacBio Revio

    20/40 Гб

    5/10 M CCS

    Q30≥85%

    Узоры патрабаванняў:

    Нуклеатыды:

    ● Расліны:

    Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг

    Лісце або насенне: 300 мг

    Садавіна: 1,2 г

    ● Жывёла:

    Сэрца або кішачнік: 300 мг

    Вантробы або мозг: 240 мг

    Мышцы: 450 мг

    Косці, валасы або скура: 1г

    ● Членістаногія:

    Казуркі: 6г

    Ракападобныя: 300 мг

    ● Суцэльная кроў: 1 цюбік

    ● Ячэйкі: 106 вочак

     

    Канц. (нг/мкл)

    Колькасць (мкг)

    Чысціня

    Сумленнасць

    ≥ 100

    ≥ 1,0

    OD260/280=1,7-2,5

    OD260/230=0,5-2,5

    Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае.

    Для раслін: RIN≥7,5;

    Для жывёл: RIN≥8,0;

    5,0≥ 28S/18S≥1,0;

    абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць

    Рэкамендаваны ўзор дастаўкі

    Кантэйнер: Цэнтрыфужная прабірка на 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)

    Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.

    Адгрузка:

    1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.

    2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.

    Працэдура абслугоўвання

    Узор КК

    Дызайн эксперыменту

    дастаўка ўзораў

    Дастаўка ўзору

    Пілотны эксперымент

    Вылучэнне РНК

    Падрыхтоўка бібліятэкі

    Будаўніцтва бібліятэкі

    Секвеніраванне

    Секвеніраванне

    Аналіз дадзеных

    Аналіз дадзеных

    Паслугі пасля продажу

    Пасляпродажнае абслугоўванне


  • Папярэдняя:
  • далей:

  • —-PacBio-Only-01

    Уключае наступны аналіз:

    ● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных

    ● Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)

    ● Аналіз стэнаграмы Fusion

    ● Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу

    ● Параўнальны аналіз Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).

    ● Новы аналіз стэнаграмы: прагназаванне кадуючых паслядоўнасцей (CDS) і функцыянальная анатацыя

    ● Аналіз lncRNA: прагназаванне lncRNA і мішэняў

    ● Мікраспадарожнікавая ідэнтыфікацыя (SSR)

    Аналіз BUSCO

     

     Фота 26

     

    Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу

    Лік 27

    Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)

     

     Фота 28

     

    Функцыянальная анатацыя раманных стэнаграм

    Фота 29 

    Азнаёмцеся з дасягненнямі, якія спрыяюць паслугі секвеніравання поўнаметражных мРНК Nanopore кампаніі BMKGene, у гэтай публікацыі.

     

    Ма, Ю. і інш. (2023) «Параўнальны аналіз метадаў секвенирования РНК PacBio і ONT для ідэнтыфікацыі яду Nemopilema Nomurai», Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

    Чао, К. і інш. (2019) «Дынаміка развіцця транскрыптому сцябла Populus», Plant Biotechnology Journal, 17 (1), стар. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

    Deng, H. і інш. (2022) «Дынамічныя змены ўтрымання аскарбінавай кіслаты падчас развіцця і паспявання пладоў Actinidia latifolia (ураджай садавіны, багаты аскорбатам) і звязаныя з гэтым малекулярныя механізмы», Міжнародны часопіс малекулярных навук, 23 (10), с. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

    Хуа, X. і інш. (2022) «Эфектыўнае прагназаванне генаў біясінтэтычнага шляху, якія ўдзельнічаюць у біяактыўных поліфіллінах у Paris polyphylla», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стар. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

    Лю, М. і інш. (2023) «Камбінаваны аналіз PacBio Iso-Seq і Illumina RNA-Seq транскрыптому Tuta absoluta (Meyrick) і генаў цытахрому P450», Інсекты, 14 (4), с. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

    Ван, Ліцзюнь і інш. (2019) «Агляд складанасці транскрыптому з выкарыстаннем аднамалекулнага аналізу PacBio у рэжыме рэальнага часу ў спалучэнні з секвенированием РНК Illumina для лепшага разумення біясінтэзу рыцыналевай кіслаты ў Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), стар. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.

    атрымаць цытату

    Напішыце тут сваё паведамленне і адпраўце яго нам

    Адпраўце нам паведамленне: