● Сінтэз кДНК з полі-А мРНК з наступным падрыхтоўкай бібліятэкі
● Паслядоўнасць у рэжыме CCS, генерацыя HiFi чытання
● Секвеніраванне поўнаметражных стэнаграм
● Аналіз не патрабуе эталоннага геному; аднак яго можна выкарыстоўваць
● Біяінфарматычны аналіз дазваляе аналізаваць транскрыпты ізаформы lncRNA, зліццё генаў, поліадэнілаванне і структуру гена
●Высокая дакладнасць: HiFi чытае з дакладнасцю >99,9% (Q30), параўнальна з NGS
● Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу: секвенирование ўсіх стэнаграм дазваляе ідэнтыфікаваць і характарызаваць ізаформы
●Шырокі вопыт: з паслужным спісам выканання больш за 1100 поўнафарматных праектаў транскрыпта PacBio і апрацоўкі больш за 2300 узораў наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
●Пасляпродажная падтрымка: наша абавязацельства распаўсюджваецца і на 3-месячны пасляпродажны перыяд пасля завяршэння праекта. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
Бібліятэка CCS, узбагачаная мРНК PolyA | Працяг PacBio II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Нуклеатыды:
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Лісце або насенне: 300 мг
Садавіна: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 300 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Косці, валасы або скура: 1г
● Членістаногія:
Казуркі: 6г
Ракападобныя: 300 мг
● Суцэльная кроў: 1 цюбік
● Ячэйкі: 106 вочак
Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥7,5; Для жывёл: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
Кантэйнер: Цэнтрыфужная прабірка на 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)
● Аналіз стэнаграмы Fusion
● Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
● Параўнальны аналіз Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
● Новы аналіз стэнаграмы: прагназаванне кадуючых паслядоўнасцей (CDS) і функцыянальная анатацыя
● Аналіз lncRNA: прагназаванне lncRNA і мішэняў
● Мікраспадарожнікавая ідэнтыфікацыя (SSR)
Аналіз BUSCO
Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
Альтэрнатыўны аналіз полиаденилирования (APA)
Функцыянальная анатацыя раманных стэнаграм
Азнаёмцеся з дасягненнямі, якія спрыяюць паслугі секвеніравання поўнаметражных мРНК Nanopore кампаніі BMKGene, у гэтай публікацыі.
Ма, Ю. і інш. (2023) «Параўнальны аналіз метадаў секвенирования РНК PacBio і ONT для ідэнтыфікацыі яду Nemopilema Nomurai», Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Чао, К. і інш. (2019) «Дынаміка развіцця транскрыптому сцябла Populus», Plant Biotechnology Journal, 17 (1), стар. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. і інш. (2022) «Дынамічныя змены ўтрымання аскарбінавай кіслаты падчас развіцця і паспявання пладоў Actinidia latifolia (ураджай садавіны, багаты аскорбатам) і звязаныя з гэтым малекулярныя механізмы», Міжнародны часопіс малекулярных навук, 23 (10), с. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. і інш. (2022) «Эфектыўнае прагназаванне генаў біясінтэтычнага шляху, якія ўдзельнічаюць у біяактыўных поліфіллінах у Paris polyphylla», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стар. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. і інш. (2023) «Камбінаваны аналіз PacBio Iso-Seq і Illumina RNA-Seq транскрыптому Tuta absoluta (Meyrick) і генаў цытахрому P450», Інсекты, 14 (4), с. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Ліцзюнь і інш. (2019) «Агляд складанасці транскрыптому з выкарыстаннем аднамалекулнага аналізу PacBio у рэжыме рэальнага часу ў спалучэнні з секвенированием РНК Illumina для лепшага разумення біясінтэзу рыцыналевай кіслаты ў Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), стар. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.