●Шырокая экспертыза і запісы публікацый: з назапашаным, BMKGene завяршыла больш за 90 праектаў параўнальнай геномікі, з сукупным імпакт-каэфіцыентам дасягнуў 900.
●Комплексны аналіз біяінфарматыкі: пакет аналізаў утрымлівае восем найбольш часта неабходных аналізаў, забяспечваючы добра распрацаваныя лічбы, гатовыя да публікацыі, і дазваляе лёгка інтэрпрэтаваць вынікі
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкі і кароткі цыкл аналізу: з вялікім вопытам у параўнальным геномным аналізе, каманда BMKGene выконвае разнастайныя патрабаванні персаналізаванага аналізу за кароткі час.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца не толькі на завяршэнне праекта з 3-месячным перыядам пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Разліковы час апрацоўкі | Колькасць відаў | Аналізы |
30 працоўных дзён | 6 - 12 | Кластарызацыя сямейства генаў Пашырэнне і скарачэнне сямейства генаў Пабудова філагенетычнага дрэва Ацэнка часу разыходжання (патрабуецца каліброўка Fossil) Час устаўкі LTR (для раслін) Дуплікацыя ўсяго геному (для раслін) Выбарчы ціск Сінтэнічны аналіз |
● Сям'я ген
● Філагенетыка
● Час разыходжання
● Выбарчы ціск
● Сінтэнічны аналіз
Для тканіны
Віды | тканіна | Апытанне | PacBio CCS |
жывёла | Вісцаральная тканіна | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3,5 г |
Цягліцавая тканіна | |||
≥ 5,0 г | |||
≥ 5,0 мл | |||
Кроў млекакормячых | |||
≥ 0,5 мл | |||
Кроў птушкі/рыбы | |||
Расліна | Свежы ліст | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
Пялёстак/сцябло | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
Корань / насенне | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
Клеткі | Культывуецца клетка | - | ≥ 1 х 108 |
Файлы паслядоўнасці геному (.fasta) і файлы анатацый (.gff3) блізкароднасных відаў
*Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных з дапамогай Biomarker Technologies
1. Ацэнка часу ўстаўкі LTR: малюнак паказвае унікальнае бімадальнае размеркаванне часу ўстаўкі LTR-RT у геноме жыта Вайнінг у параўнанні з іншымі відамі. Апошні пік з'явіўся каля 0,5 мільёна гадоў таму.
Лі Гуан і інш.Генетыка прыроды, 2021 год
2. Аналіз філагеніі і сямейства генаў чайота (Sechium edule): пры аналізе чайота і іншых 13 роднасных відаў у сямействе генаў было выяўлена, што чаёт найбольш цесна звязаны са змяіным гарбузом (Trichosanthes anguina). Чаёт, атрыманы са змяінай гарбузы, прыкладна 27-45 млн гадоў назад, і паўнавартаснае дубліраванне геному (WGD) назіралася ў чайота ў 25±4 мільёны гадоў, што з'яўляецца трэцяй падзеяй WGD у кукуібітавых.
Фу А і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
3. Аналіз сінтэзу: некаторыя гены, звязаныя з фітагармонамі ў развіцці пладоў, былі знойдзены ў чайоце, змяіным гарбузе і кабачках. Карэляцыя паміж чайот і кабачком крыху вышэй, чым паміж чайот і змяіным гарбузом.
Фу А і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
4.Аналіз сямейства генаў: узбагачэнне KEGG па пашырэнні і скарачэнні сямейства генаў у геномах G.thurberi і G.davidsonii паказала, што гены, звязаныя з біясінтэзам стэроідаў і брасінастэроідаў, былі пашыраны.
Ян З і інш.,BMC Біялогія, 2021 год
5. Аналіз дублявання ўсяго геному: аналіз размеркавання 4DTV і Ks паказаў падзею дублявання ўсяго геному. Пікі унутрывідавых паказваюць падзеі дубліравання. Пікі міжвідавых падзей відаўтварэння. Аналіз паказаў, што ў параўнанні з астатнімі трыма блізкімі відамі, O. europaea зусім нядаўна перажыў буйнамаштабнае дубляванне генаў.
Рао Г і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
Справа БМК
Ружа без калючак: геномныя веды, звязаныя з адаптацыяй да вільготнасці
Апублікавана: Нацыянальны навуковы агляд, 2021 год
Стратэгія паслядоўнасці:
«У БасіБез шыпоў' (Р.Вічураінанскі) геном:
Прыбл. 93 X PacBio + прыбл. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Асноўныя вынікі
1. Высакаякасны геном R.wichuraiana быў сканструяваны з выкарыстаннем метадаў секвеніравання доўгага чытання, якія даюць зборку ў 530,07 Мб (прыблізны памер геному быў прыблізна 525,9 Мб па дадзеных праточнай цытаметрыі і 525,5 па дадзеных абследавання геному; гетэразіготнасць была каля 1,03%). Ацэначны бал BUSCO склаў 93,9%. У параўнанні са «Старым румянцам» (haploOB), якасць і паўната гэтага геному была пацверджана базавай аднабазовай дакладнасцю і індэксам зборкі LTR (LAI=20,03). Геном R.wichuraiana змяшчае 32 674 гена, якія кадуюць бялок.
2. Мульты-омічны сумесны аналіз, які складаецца з параўнальнай геномікі, транскрыптамікі, QTL-аналізу генетычнай папуляцыі, выявіў важнае відаўтварэнне паміж R. wichuraiana і Rosa chinensis. Акрамя таго, варыяцыі экспрэсіі роднасных генаў у QTL, верагодна, былі звязаны з узорам калючак сцябла.
Параўнальны аналіз геномікі паміж Basye;s Thornless і Rosa chinensis, уключаючы аналіз сінтэніі, кластар сямейства генаў, аналіз пашырэння і скарачэння, выявіў вялікую колькасць варыяцый, звязаных з важнымі прыкметамі руж. Унікальнае пашырэнне сямейства генаў NAC і FAR1/FRS, верагодна, было звязана з устойлівасцю да чорнай плямістасці.
Параўнальны геномны аналіз геномаў BT і haploOB.
Чжун, М., і інш. «Ружа без калючак: геномныя веды, звязаныя з адаптацыяй да вільготнасці»Нацыянальны навуковы агляд, 2021;, nwab092.