BMKMANU S3000_SPATIAL TRANSCRIPTOME
Тэхнічная схема прасторавай стэнаграмы BMKMANU S3000
Рысы
- дазвол: 3,5 мкм
- Дыяметр плямы: 2,5 мкм
- Колькасць плям: прыблізна 4 мільёны
- 3 магчымыя фарматы захопу: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм або 15 мм * 20 мм
- Кожны шарык з штрых -кода загружаецца праймерамі, якія складаюцца з 4 раздзелаў:
• Полі (DT) хвост для грунтавання мРНК і сінтэзу кДНК,
• Унікальны малекулярны ідэнтыфікатар (UMI) для выпраўлення зрушэння ўзмацнення
• Прасторавы штрых -код
• Звязванне паслядоўнасці частковага прачытанага прачытанага 1 праймера
- H&E і флуарэсцэнтнае афарбоўванне раздзелаў
- Магчымасць выкарыстання тэхналогіі сегментацыі клетак: інтэграцыя афарбоўвання H&E, флуарэсцэнтнага афарбоўвання і паслядоўнасці РНК для вызначэння межаў кожнай вочкі і правільна прысвойвае экспрэсію генаў кожнай вочкі. Апрацоўка аналізу прасторавага прафілявання ўніз па плыні на аснове сотавага смецця.
- Магчыма, для дасягнення шматузроўневага аналізу дазволу: гнуткі шматузроўневы аналіз у межах ад 100um да 3,5 мкм для вырашэння разнастайных прыкмет тканін пры аптымальным дазволе.
Перавагі BMKMANU S3000
-Падваенне месцаў захопу да 4 мільёнаў: З палепшаным дазволам 3,5 мкм, што прывяло да больш высокага выяўлення генаў і UMI на клетку. Гэта прыводзіць да паляпшэння кластаравання клетак на аснове транскрыпцыйных профіляў, з больш дробнай дэталлю, якая адпавядае структуры тканін.
- Падклеткавы дазвол:Кожная зона захопу ўтрымлівала> 2 мільёны прасторавых плям з штрых-кодамі дыяметрам 2,5 мкм і прамежкам у 5 мкм паміж кропкавымі цэнтрамі, што дазваляе аналіз прасторавага транскрыпта з падклеткавым дазволам (5 мкм).
-Аналіз шматузроўневага дазволу:Гнуткі шматузроўневы аналіз у межах ад 100 мкМ да 5 мкМ для вырашэння розных прыкмет тканін пры аптымальным дазволе.
-Магчымасць выкарыстання тэхналогіі сегментацыі клетак "Тры ў адным слайдзе":Спалучэнне афарбоўвання флуарэсцэнцыі, афарбоўвання H&E і паслядоўнасці РНК на адным слайдзе, наш алгарытм аналізу "трох у адным" дае магчымасць ідэнтыфікацыі межы клетак для наступнай клеткавай транскрыптыкі.
-Сумяшчальны з некалькімі платформамі паслядоўнасці: як NGS, так і прачытаныя паслядоўнасці.
-Гнуткі дызайн 1-8 актыўных захопаў: Памер зоны захопу гнуткі, магчыма, выкарыстоўваць 3 фарматы (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм і 15 мм * 20 мм)
-Адзін прыпынак: Інтэгруе ўсе этапы вопыту і на аснове навыкаў, уключаючы криосет, афарбоўванне, аптымізацыю тканін, прасторавае штрых-кадаванне, падрыхтоўку бібліятэк, паслядоўнасць і біяінфарматыку.
-Комплексная біяінфарматыка і зручная візуалізацыя вынікаў:Пакет уключае 29 аналізаў і 100+ якасных лічбаў у спалучэнні з выкарыстаннем распрацаванага праграмнага забеспячэння для візуалізацыі і налады расшчаплення клетак і кластаравання.
-Індывідуальны аналіз і візуалізацыю дадзеных: Даступна для розных запытаў на даследаванне
-Высокакваліфікаваная тэхнічная каманда: З досведам больш за 250 тыпаў тканін і 100+ відаў, уключаючы чалавечыя, мышы, млекакормячыя, рыбу і расліны.
-Абнаўленні ў рэжыме рэальнага часу пра ўвесь праект: З поўным кантролем эксперыментальнага прагрэсу.
-Дадатковы сумесны аналіз з аднаклеткавым паслядоўнасцю мРНК
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Патрабаванні да ўзору | Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Узоры крыёвых узораў з кастрычніка (Аптымальны дыяметр: прыблізна. 6 × 6 × 6 мм³) 2 блокі на ўзор 1 для эксперыменту, 1 для рэзервовай копіі | Бібліятэка кДНК S3000 | Illumina PE150 | 160k ПЭ чытаецца на 100υm (250 ГБ) | Rin> 7 |
Для больш падрабязнай інфармацыі аб рэкамендацыях па падрыхтоўцы ўзораў і працоўным працэсам абслугоўвання, калі ласка, пагаворыце зЭксперт BMKGENE
Працоўны паток абслугоўвання
На этапе падрыхтоўкі ўзору праводзіцца першапачатковае выпрабаванне на экстракцыю РНК, каб забяспечыць якасную РНК. На стадыі аптымізацыі тканін раздзелы афарбоўваюцца і візуалізуюцца, а ўмовы пранікальнай для вызвалення мРНК з тканіны аптымізуюцца. Затым аптымізаваны пратакол прымяняецца падчас будаўніцтва бібліятэкі з наступным паслядоўнасцю і аналізам дадзеных.
Поўны працоўны працэс абслугоўвання прадугледжвае абнаўленні ў рэжыме рэальнага часу і пацверджанні кліента для падтрымання спагадлівай цыкла зваротнай сувязі, забяспечваючы плаўнае выкананне праекта.
Дадзеныя, атрыманыя BMKMANU S3000, аналізуюцца з дапамогай праграмнага забеспячэння "BSTMATRIX", якое незалежна распрацавана BMKGENE, ствараючы ўзровень клетак і матрыцу экспрэсіі генаў з шматузроўневым дазволам. Адтуль генеруецца стандартны справаздачу, які ўключае кантроль якасці дадзеных, аналіз унутранага ўзору і аналіз міжгруп.
- Кантроль якасці дадзеных:
- Вывад дадзеных і размеркаванне ацэнкі якасці
- Выяўленне генаў за месца
- Пакрыццё тканін
- Аналіз унутранага ўзору:
- Багацце генаў
- Пляма кластаравання, уключаючы аналіз паніжанага вымярэння
- Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі паміж кластарамі: ідэнтыфікацыя генаў маркераў
- Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне генаў маркераў
- Міжгрупавы аналіз
-паўторнае аб'яднанне плям з абодвух узораў (напрыклад
- Ідэнтыфікацыя генаў маркераў для кожнага кластара
- Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне генаў маркераў
- дыферэнцыяльная экспрэсія таго ж кластара паміж групамі
Акрамя таго, BMKGENE распрацаваны "BSTViewer"-гэта зручны інструмент, які дазваляе карыстачу візуалізаваць экспрэсію генаў і кластаваць на розных дазволах.
BMKGENE прапануе прасторавыя паслугі прафілявання пры дакладным дазволе з адной клеткай (на аснове сотавага смецця або шматузроўневага квадратнага смецця ад 100um да 3,5um).
Прасторавыя дадзеныя прафілявання з раздзелаў тканін на слайдах S3000 выконваюцца добра, як ніжэй.
Вывучэнне тэматычнага даследавання 1: Мозг мышы
Аналіз секцыі мозгу мышы з S3000 прывёў да ідэнтыфікацыі ~ 94 000 клетак, з сярэдняй паслядоўнасцю ~ 2000 генаў на клетку. Палепшанае дазвол 3,5 мкм прывяло да вельмі дэталёвага кластаравання клетак на аснове транскрыпцыйных мадэляў, пры гэтым кластары клетак імітуюць дыферэнцыраваныя структуры мозгу. Гэта лёгка назіраецца шляхам візуалізацыі размеркавання клетак, кластарных у выглядзе алігадэндрацытаў і клетак мікрагліі, якія амаль выключна размешчаны ў шэрым і белым рэчывах адпаведна.
Тэматычнае даследаванне 2: Эмбрыён мышы
Аналіз секцыі эмбрыёна мышы з S3000 прывёў да ідэнтыфікацыі ~ 2200 000 клетак, з сярэдняй паслядоўнасцю ~ 1600 генаў на клетку. Палепшанае дазвол 3,5 мкм прывяло да вельмі дэталёвага кластаравання клетак на аснове транскрыпцыйных малюнкаў, з 12 кластарамі ў вобласці вачэй і 28 кластарамі ў вобласці мозгу.
Аналіз унутранага ўзору Кластэрызацыя клетак:
Ідэнтыфікацыя генаў маркераў і прасторавае размеркаванне:
-Больш высокае падклеткавае дазвол: у параўнанні са слайдам S1000, кожная плошча захопу S3000 утрымлівала> 4 мільёны прасторавых штрых-кодавых плям дыяметрам 2,5 мкм і адлегласцю 3,5 мкм паміж кропкавымі цэнтрамі, што забяспечвае аналіз прасторавага транскрыпта з больш высокім падклеткавым дазволам. (Квадратны смецце: 3,5 мкм).
- Больш высокая эфектыўнасць захопу: у параўнанні са слайдам S1000, Median_umi павялічваецца з 30% да 70%, Median_gene павялічваецца з 30% да 60%
Схема чыпа S1000:
Схема чыпа S3000:
