Прасторавая транскрыпцыя BMKMANU S1000
Тэхнічная схема прасторавага транскрыптому BMKMANU S1000
Асаблівасці
● Раздзяленне: 5 мкМ
● Дыяметр плямы: 2,5 мкМ
● Колькасць месцаў: каля 2 мільёнаў
● 3 магчымыя фарматы вобласці захопу: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм або 15 мм * 20 мм
● Кожная пацерка са штрых-кодам загружана праймерамі, якія складаюцца з 4 частак:
полі (dT) хвост для праймінга мРНК і сінтэзу кДНК
Унікальны малекулярны ідэнтыфікатар (UMI) для карэкцыі зрушэння ампліфікацыі
Прасторавы штрых-код
Паслядоўнасць звязвання праймера секвенирования частковага чытання 1
● H&E і флуарэсцэнтнае афарбоўванне зрэзаў
● Магчымасць выкарыстаннятэхналогія сегментацыі клетак: інтэграцыя афарбоўвання H&E, флуарэсцэнтнага афарбоўвання і секвенирования РНК для вызначэння межаў кожнай клеткі і правільнага прызначэння экспрэсіі генаў кожнай клетцы.
Перавагі БМКМАНУ С1000
●Субклеткавае дазвол: Кожная вобласць захопу ўтрымлівала >2 мільёнаў прасторавых плям са штрых-кодам дыяметрам 2,5 мкм і адлегласцю 5 мкм паміж цэнтрамі плям, што дазваляла прасторавы аналіз транскрыптому з субклеткавым раздзяленнем (5 мкм).
●Шматузроўневы аналіз дазволу:Гнуткі шматузроўневы аналіз у дыяпазоне ад 100 мкм да 5 мкм для вызначэння разнастайных функцый тканіны з аптымальным дазволам.
●Магчымасць выкарыстоўваць тэхналогію сегментацыі клетак «Тры ў адным слайдзе»:Камбінуючы флуарэсцэнтнае афарбоўванне, афарбоўванне H&E і секвеніраванне РНК на адным слайдзе, наш алгарытм аналізу "тры ў адным" дазваляе ідэнтыфікаваць межы клетак для наступнай транскрыптамікі на аснове клетак.
●Сумяшчальнасць з некалькімі платформамі паслядоўнасці: Даступны як NGS, так і паслядоўнасць працяглага чытання.
●Гнуткі дызайн 1-8 актыўнай зоны захопу: Памер вобласці захопу гнуткі, магчымае выкарыстанне 3 фарматаў (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм і 15 мм * 20 мм)
●Адзінае абслугоўванне: Ён аб'ядноўвае ўсе этапы, заснаваныя на вопыце і навыках, у тым ліку крыяразрэзы, афарбоўванне, аптымізацыю тканін, прасторавае штрых-кадаванне, падрыхтоўку бібліятэкі, секвеніраванне і біяінфарматыку.
●Комплексная біяінфарматыка і зручная візуалізацыя вынікаў:Пакет уключае 29 аналізаў і больш за 100 высакаякасных лічбаў у спалучэнні з выкарыстаннем уласна распрацаванага праграмнага забеспячэння для візуалізацыі і наладжвання падзелу клетак і кропкавай кластарызацыі.
●Індывідуальны аналіз і візуалізацыя даных: даступна для розных даследчых запытаў
●Высокакваліфікаваная тэхнічная каманда: з вопытам работы з больш чым 250 тыпамі тканін і 100+ відамі, уключаючы чалавека, мышэй, млекакормячых, рыб і раслін.
●Абнаўленні ўсяго праекта ў рэжыме рэальнага часу: з поўным кантролем ходу эксперыментаў.
●Дадатковы сумесны аналіз з секвенированием мРНК адной клеткі
Спецыфікацыі абслугоўвання
|
Узор Патрабаванні
| Бібліятэка |
Стратэгія паслядоўнасці
| Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
| Крыя-ўзоры, убудаваныя ў OCT, па 3 блокі на ўзор | Бібліятэка кДНК S1000 | Ilumina PE150 (даступныя іншыя платформы) | 100K PE чытае на 100 мкМ (60-150 Гб) | RIN>7 |
Для атрымання больш падрабязнай інфармацыі аб інструкцыях па падрыхтоўцы ўзораў і працоўным працэсе абслугоўвання, калі ласка, не саромейцеся гаварыць з aBMKGENE эксперт
Працэдура абслугоўвання
На этапе падрыхтоўкі ўзору праводзіцца першапачатковае выпрабаванне масавай экстракцыі РНК, каб пераканацца, што можна атрымаць высакаякасную РНК. На этапе аптымізацыі тканіны зрэзы афарбоўваюць і візуалізуюць, а ўмовы пермеабілізацыі для вызвалення мРНК з тканіны аптымізуюць. Затым аптымізаваны пратакол прымяняецца падчас стварэння бібліятэкі з наступным секвенаваннем і аналізам даных.
Поўны працоўны працэс абслугоўвання ўключае ў сябе абнаўленні ў рэжыме рэальнага часу і пацверджанні кліентаў для падтрымання хуткай зваротнай сувязі, забяспечваючы бесперабойнае выкананне праекта.
Дадзеныя, атрыманыя BMKMANU S1000, аналізуюцца з дапамогай праграмнага забеспячэння «BSTMatrix», незалежна распрацаванага BMKGENE, для стварэння матрыцы экспрэсіі генаў. Адтуль ствараецца стандартная справаздача, якая ўключае кантроль якасці даных, аналіз унутранай выбаркі і аналіз паміж групамі.
● Кантроль якасці дадзеных:
Вывад даных і размеркаванне балаў якасці
Выяўленне генаў на месцы
Пакрыццё тканін
● Аналіз унутранага ўзору:
Геннае багацце
Кропкавая кластэрызацыя, уключаючы аналіз паменшаных памераў
Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі паміж кластарамі: ідэнтыфікацыя генаў-маркераў
Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне маркерных генаў
● Міжгрупавы аналіз:
Паўторная камбінацыя плям з абодвух узораў (напрыклад, хворых і кантрольных) і паўторная група
Ідэнтыфікацыя генаў-маркераў для кожнага кластара
Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне маркерных генаў
Дыферэнцыяльнае выяўленне аднаго і таго ж кластара паміж групамі
Акрамя таго, кампанія BMKGENE распрацавала «BSTViewer» з'яўляецца зручным інструментам, які дазваляе карыстальніку візуалізаваць экспрэсію генаў і месца кластарызацыі ў розных дазволах.
BMKGene распрацавала праграмнае забеспячэнне для зручнай візуалізацыі
Кропкавая кластэрызацыя BSTViewer у шматузроўневым дазволе
BSTCellViewer: аўтаматычнае і ручное раздзяленне вочак
Аналіз унутранай выбаркі
Кропкавая кластэрызацыя:
Ідэнтыфікацыя генаў-маркераў і прасторавае размеркаванне:
Міжгрупавы аналіз
Спалучэнне даных з абедзвюх груп і паўторнага кластара:
Гены-маркеры новых кластараў:
Даследуйце прагрэс, які спрыяюць паслугі прасторавай транскрыптамікі BMKGene з дапамогай тэхналогіі BMKManu S1000, у гэтай публікацыі:
Песня, X. і інш. (2023) «Прасторавая транскрыптаміка выяўляе індукаваныя святлом клеткі хларэнхімы, якія ўдзельнічаюць у садзейнічанні рэгенерацыі ўцёкаў у таматавай мазалі»,Працы Нацыянальнай акадэміі навук Злучаных Штатаў Амерыкі, 120(38), с. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Вы, Я. і інш. (2023) «Сістэматычнае параўнанне прасторавых транскрыптамічных метадаў на аснове секвенирования»,bioRxiv, с. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
