● З двума магчымымі варыянтамі на выбар у залежнасці ад жаданай ступені паўнаты геному.
● Варыянт чарнавога геному: секвеніраванне кароткага чытання з дапамогай Illumina NovaSeq PE150.
● Поўны геном 0 прабелаў.
● Секвеніраванне доўгага чытання на Nanopore PromethION 48 або PacBio Revio для зборкі геному.
● Секвеніраванне кароткага чытання на Illumina NovaSeq для праверкі геному і выпраўлення памылак (Nanopore) або для стварэння чарнавога геному.
●Гарантаваны геном з нулявым разрывам: Гэта звязана з інтэграцыяй секвенирования Illumina з секвенированием працяглага чытання (Nanopore або PacBio).
●Поўны працоўны працэс біяінфарматыкі:Гэта ўключае ў сябе зборку геному і прагназаванне некалькіх геномных элементаў, функцыянальную анатацыю гена і візуалізацыю геному, напрыклад, графік Circos.
●Шырокі вопыт: З больш чым 20 000 мікробных геномаў сабраны BMKGENE прыносіць больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную групу аналізаў, поўны кантэнт і выдатную падтрымку пасля продажу.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца не толькі на завяршэнне праекта з 3-месячным перыядам пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
●Даступна некалькі стратэгій паслядоўнасці:Для розных даследчых мэтаў і патрабаванняў паўнаты геному.
Абслугоўванне | Стратэгія паслядоўнасці |
Чарнавік геному | Illumina PE150 100x |
0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (дадаткова) |
Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | |
PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
Нанапор | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
Ілюміна | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактэрыі: ≥3,5x1010 вочак
Уключае ў сябе наступны аналіз:
● Кантроль якасці дадзеных паслядоўнасці
● Зборка геному
● Аналіз кампанентаў геному: Прагназаванне CDS і некалькіх геномных элементаў
● Функцыянальная анатацыя з мноствам агульных баз даных (GO, KEGG і г.д.) і пашыраных баз даных (CARD, VFDB і г.д.)
● Візуалізацыя геному
Мы прапануем геном у лёгкадаступным фармаце Fasta і файл анатацый геному (gff).
Анатацыя гена – GO
Анатацыя гена - вугляводы CAZY
Візуалізацыя геному - сюжэт Circos
Даследуйце дасягненні, якім спрыяюць паслугі па зборцы бактэрыяльнага геному BMKGene праз падабраную калекцыю публікацый.
Дай, В. і інш. (2023) «Адкрыццё Bacteroides uniformis F18-22 як бяспечнай і новай прабіётычнай бактэрыі для лячэння язвавага каліту са здаровай тоўстай кішкі чалавека»,Міжнародны часопіс малекулярных навук, 24(19), с. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Кан, К. і інш. (2021) «Множаўстойлівыя ізаляты Proteus mirabilis з blaOXA-1 і blaNDM-1 з дзікай прыроды ў Кітаі: павялічваецца рызыка для здароўя насельніцтва»,Інтэгратыўная заалогія, 16 (6), стар. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT і інш. (2017) «Поўная паслядоўнасць генома эндафіта Bacillus flexus KLBMP 4941 раскрывае яго механізм стымулявання росту раслін і генетычную аснову солевыстойлівасці»,Біятэхналагічны часопіс, 260, стар. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Ван, X. і інш. (2021) «Плазміды клебсіелы, устойлівыя да множных рэпліконаў, забяспечваюць шырокае распаўсюджванне антымікробных генаў»,Межы ў мікрабіялогіі, 12, с. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.