Секвенсія амплікона (16S/18S/IT)

Секвенсія Amplicon (16S/18S/IT) з Illumina - гэта метад аналізу мікробнай разнастайнасці шляхам выяўлення мікробных профіляў у адпаведнасці з іх паслядоўнасцямі, а затым спроба расшыфраваць багацце і разнастайнасць супольнасці ў кожным узоры і паміж узорамі. Трубаправод BMKCloud Amplicon (NGS) дазваляе аналізаваць 16S, 18S, яго і некалькі функцыянальных генаў. Пачынаецца з абрэзкі чытання, зборкі і ацэнкі якасці ў парным канцы, пасля чаго кластаванне аналагічных чытанняў для стварэння аператыўных таксанамічных адзінак (OTUS), якія выкарыстоўваюцца ў шасці розных раздзелах аналізу. Таксанамічная анатацыя дае інфармацыю пра адноснае багацце і склад кожнага ўзору, у той час як альфа -бэта -разнастайнасць аналізуе адпаведна на разнастайнасць мікробнай разнастайнасці ў межах і паміж узорамі. Дыферэнцыяльны аналіз паміж групамі знаходзіць OTU, які адрозніваецца, выкарыстоўваючы як параметрычныя, так і непараметрычныя тэсты, у той час як карэляцыйны аналіз звязаў гэтыя адрозненні з фактарамі навакольнага асяроддзя. Нарэшце, колькасць функцыянальных генаў прагназуецца на аснове багацця генаў маркера, забяспечваючы разуменне функцый і экалогіі ў кожным узоры.