16S/18S/яго амплікон паслядоўна-pacbio
Асаблівасці абслугоўвання
● Платформа паслядоўнасці: Pacbio Revio
● Рэжым паслядоўнасці: CCS (HIFI чытае)
● Узмацненне мэтавай вобласці з наступнай тандэмнай сувяззю ампліконаў перад падрыхтоўкай бібліятэкі Hifi Smrt Bell
Перавагі абслугоўвання
●Больш высокае таксанамічнае дазвол: TХАН,што дазваляе больш высокія паказчыкі класіфікацыі OTU на ўзроўні відаў.
●Высока дакладны званок: Паслядоўнасць рэжыму Pacbio CCS (Hifi чытае).
●Без ізаляцыі: Хуткая ідэнтыфікацыя мікробнага складу ў узорах навакольнага асяроддзя.
●Шырока прыдатны: Разнастайныя даследаванні мікробнай супольнасці.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз: Апошні пакет Qiime2 (колькаснае разуменне мікробнай экалогіі) з рознымі аналізамі з пункту гледжання базы дадзеных, анатацыі, OTU/ASV.
●Шырокі вопыт: З тысячамі праектаў па паслядоўнасці Amplicon, якія праводзяцца штогод, BMKGENE прыносіць больш за дзесяцігоддзе вопыту, высокакваліфікаваны аналіз, комплексны змест і выдатную падтрымку пасляпродажу.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваныя дадзеныя |
| Амплікон | Pacbio Revio | 30.10.50 K Тэгі (CCS) |
Патрабаванні да ўзору
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Рэкамендуемая дастаўка ўзору
Замарозіце ўзоры ў вадкім азоце на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоце або -80 градусаў да доўгатэрміновага браніравання. Патрабуецца дастаўка ўзору з сухім лёдам.
Працоўны паток абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
Уключае ў сябе наступны аналіз:
● Сырой кантроль якасці дадзеных
● Кластэрызацыя OTU/дэ-шум (ASV)
● Анатацыя OTU
● Аналіз разнастайнасці альфа: некалькі індэксаў, у тым ліку Шэнан, Сімпсан і Айс.
● Аналіз бэта -разнастайнасці
● Міжгрупавы аналіз
● Аналіз карэляцыі: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і кампазіцыяй і разнастайнасцю
● Прагназаванне функцыянальнага гена 16S
Гістаграма таксанамічнага размеркавання
Філагенетычнае дрэва размеркавання супольнасці
Аналіз разнастайнасці альфа: туз
указальнік
Аналіз бэта -разнастайнасці: PCOA
Міжгруповы аналіз: ANOVA
Вывучыце дасягненні, якія садзейнічаюць паслугам паслядоўнасці BMKGENE Amplicon з Pacbio праз куратарскія калекцыі публікацый.
Gao, X. and Wang, H. (2023) "Параўнальны аналіз профіляў і функцый рубцавых бактэрый і функцый падчас адаптацыі да розных феналогіі (шкадуе супраць травяністых) у альпійскай авечак з мерыносам з двума расце этапамі на альпійскім лузе", закісанне, 9 (9 ( 1), с. 16. doi: 10.3390/Fermentation9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) "Захоп мікробнай цёмнай матэрыі ў пустынных глебах з выкарыстаннем метагеномікі на аснове культуромікі і аналізу высокага дазволу", біяфільмы NPJ і мікрабіямы 2023 9: 1, 9 (1), стар. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Му, Л. і інш. (2022) "Уплыў соляў тлустых кіслот на характарыстыкі закісання, разнастайнасць бактэрый і аэробную стабільнасць змешанага сіласу, падрыхтаванага з люцэрна, рысавай саломы і пшанічных вотруб'яў", Journal of The Science of Food and Serverue, 102 (4), с. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Ян, Дж. І інш. (2023) "Узаемадзеянне паміж біямаркерамі акісляльнага стрэсу і мікрабіятай кішачніка ў антыаксідантных эфектах экстракта з Sonchus Brachyotus DC. У кішачным акісляльным стрэсе, выкліканым оксазолонам, у дарослых зебрафіі ", антыаксіданты 2023, вып. 12, старонка 192, 12 (1), с. 192. Doi: 10.3390/antiox12010192.
