16S/18S/ITS Ампліконнае секвенаванне-NGS
Асаблівасці абслугоўвання
● Платформа секвенирования: Illumina NovaSeq.
● Узмацненне кароткіх абласцей 16S, 18S і ITS сярод іншых мішэняў для ўзмацнення.
● Гнуткі выбар амплікону.
● Папярэдні вопыт праектаў з некалькімі мэтамі ўзмацнення.
Перавагі абслугоўвання
●Без ізаляцыі:Хуткая ідэнтыфікацыя мікробнага складу ў пробах навакольнага асяроддзя.
●Высокае дазвол: У нізкім утрыманні кампанентаў у пробах навакольнага асяроддзя.
●Шырокае прымяненне: Разнастайныя даследаванні мікробнага супольнасці.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз: Апошні пакет QIIME2 (колькаснае ўяўленне аб экалогіі мікробаў) з разнастайным аналізам з пункту гледжання базы дадзеных, анатацый, OTU/ASV.
●Шырокі вопыт: Са 150 тысячамі праектаў па секвеніраванні ампліконаў, якія праводзяцца штогод, BMKGENE мае больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную групу аналізаў, поўны кантэнт і выдатную падтрымку пасля продажу.
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя |
| Амплікон | Illumina PE250 | 50/100/300K тэгаў (Чытанне пар) |
Патрабаванні да абслугоўвання
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (нг) | Аб'ём (мкл) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Глеба/глей: 1-2г
● Кішачнае змесціва-жывёлы: 0,5-2г
● Змесціва кішачніка-казуркі: 0,1-0,25г
● Паверхня расліны (узбагачаны асадак): 0,1-0,5 г
● Брадзільны булён, узбагачаны асадкам): 0,1-0,5г
● Фекаліі (буйных жывёл): 0,5-2г
● Фекаліі (мышы): 3-5 гран
● Лёгачны альвеалярны лаважа: фільтравальнай папера
● Мазок з похвы: 5-6 тампонаў
● Мазок са скуры/палавых органаў/сліна/мяккія тканіны паражніны рота/мазок з глоткі/прамая кішка: 2-3 тампона
● Паверхневыя мікраарганізмы: фільтравальная папера
● Вадаём/паветра/біяплёнка: фільтравальная папера
● Эндафіты: 1-2г
● Зубны налёт: 0,5-1г
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
- Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
- Кластэрызацыя OTU/De-Noise (ASV)
- Анатацыя OTU
- Альфа-аналіз разнастайнасці: некалькі індэксаў, у тым ліку Шэнан, Сімпсан і ACE.
- Бэта-аналіз разнастайнасці
- Міжгрупавы аналіз
- Карэляцыйны аналіз: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і складам і разнастайнасцю OUT
- Функцыянальнае прагназаванне гена 16S
Гістаграма таксанамічнага размеркавання
цеплавая карта кластарызацыі таксанамічнай колькасці
Альфа-аналіз разнастайнасці: крывая разрэджвання
бэта-аналіз разнастайнасці: NMDS
Міжгрупавы аналіз: адкрыццё биомаркеров LEFSE
Дасьледуйце дасягненні, якія спрыяюць паслугі секвенирования ампліконаў BMKGene з Illumina праз падабраную калекцыю публікацый.
Dong, C. і інш. (2022) «Зборка, асноўная мікрабіёта і функцыя рызасфернай мікрабіёты глебы і кары ў Eucommia ulmoides», Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Лі, Ю. і інш. (2023) «Трансплантацыя сінтэтычных бактэрыяльных кансорцыумаў для лячэння бактэрыяльнага вагіноза ў мышэй, выкліканага Gardnerella vaginalis», Microbiome, 11 (1), стар. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Ян, Дж., Фу, Ю. і Лю, Х. (2022) «Мікрабіёмы паветранага пылу, сабраныя падчас наземнага закрытага эксперыменту біярэгенератыўнага жыццезабеспячэння «Месяцовы палац 365», Мікрабіёмы навакольнага асяроддзя, 17(1), с. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Інь С. і інш. (2022) «Залежная ад сыравіны колькасць функцыянальных генаў, звязаных з трансфармацыяй азоту, якая кантралюе страты азоту пры кампаставанні», Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
