10x Genomics visium прасторавая стэнаграма
Тэхнічная схема
Рысы
● Дазвол: 100 мкм
● Дыяметр плямы: 55 мкм
● Колькасць плям: 4992
● Плошча захопу: 6,5 х 6,5 мм
● Кожнае пляма штрых -кода загружаецца праймерамі, якія складаюцца з 4 раздзелаў:
- Полі (DT) хвост для грунтавання мРНК і сінтэзу кДНК
- Унікальны малекулярны ідэнтыфікатар (UMI) для карэкцыі зрушэння ўзмацнення
- Прасторавы штрых -код
- Прывязка паслядоўнасці частковага прачытанага прачытанага 1 праймера
● Афарбоўванне раздзелам H&E
Перавагі
●Адзін прыпынак: Інтэгруе ўсе этапы вопыту і на аснове навыкаў, уключаючы криосет, афарбоўванне, аптымізацыю тканін, прасторавае штрых-кадаванне, падрыхтоўку бібліятэк, паслядоўнасць і біяінфарматыку.
● ТЭХНІЧНАЯ ТЭХНІЧНАЯ ГАМАН: З досведам больш за 250 тыпаў тканін і 100+ відаў, уключаючы чалавечыя, мышы, млекакормячыя, рыбу і расліны.
●Абнаўленне ў рэжыме рэальнага часу пра ўвесь праект: З поўным кантролем эксперыментальнага прагрэсу.
●Комплексная стандартная біяінфарматыка:Пакет уключае 29 аналізаў і 100+ якасных лічбаў.
●Індывідуальны аналіз і візуалізацыю дадзеных: Даступна для розных запытаў на даследаванне.
●Дадатковы сумесны аналіз з аднаклеткавым паслядоўнасцю мРНК
Спецыфікацыі
| Патрабаванні да ўзору | Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Узоры крыёвых узораў з кастрычніка (Аптымальны дыяметр: прыблізна 6x6x6 мм³) 2 блокі на ўзор | 10x бібліятэка кДНК Visium | Illumina PE150 | 50k ПЭ чытаецца за месца (60 Гб) | Rin> 7 |
Для больш падрабязнай інфармацыі аб рэкамендацыях па падрыхтоўцы ўзораў і працоўным працэсам абслугоўвання, калі ласка, пагаворыце зЭксперт BMKGENE
Працоўны працэс абслугоўвання
На этапе падрыхтоўкі ўзору праводзіцца першапачатковае выпрабаванне на экстракцыю РНК, каб забяспечыць якасную РНК. На стадыі аптымізацыі тканін раздзелы афарбоўваюцца і візуалізуюцца, а ўмовы пранікальнай для вызвалення мРНК з тканіны аптымізуюцца. Затым аптымізаваны пратакол прымяняецца падчас будаўніцтва бібліятэкі з наступным паслядоўнасцю і аналізам дадзеных.
Поўны працоўны працэс абслугоўвання прадугледжвае абнаўленні ў рэжыме рэальнага часу і пацверджанні кліента для падтрымання спагадлівай цыкла зваротнай сувязі, забяспечваючы плаўнае выкананне праекта.
Уключае ў сябе наступны аналіз:
Кантроль якасці дадзеных:
o Вывад дадзеных і размеркаванне ацэнкі якасці
o Выяўленне генаў за месца
o Пакрыццё тканін
Аналіз унутранага ўзору:
o багацце генаў
o Плята кластаравання, уключаючы аналіз паніжанага вымярэння
o Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі паміж кластарамі: ідэнтыфікацыя генаў маркераў
o Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне генаў маркераў
Міжгрупавы аналіз
o паўторнае камбінацыя плям з абодвух узораў (напрыклад
o Ідэнтыфікацыя генаў маркераў для кожнага кластара
o Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне генаў маркераў
o дыферэнцыяльная экспрэсія аднаго і таго ж кластара паміж групамі
Аналіз унутранага ўзору
Пляма кластаравання
Ідэнтыфікацыя генаў маркераў і прасторавае размеркаванне
Міжгрупавы аналіз
Спалучэнне дадзеных абедзвюх груп і паўторна класці
Гены маркераў новых кластараў
Вывучыце дасягненні, якія садзейнічалі службе прасторавай транскрыптыкі BMKGene ў 10 -разовым Visium у гэтых прадстаўленых публікацыях:
Чэнь, Д. і інш. (2023) "MTHL1, патэнцыяльны гамалог Drosophila з GPCRs адгезіі млекакормячых, удзельнічае ў проціпухлінных рэакцыях на ўвядзеныя анкагенныя клеткі ў мух", ",", ",", ",",Матэрыялы Нацыянальнай акадэміі навук Злучаных Штатаў Амерыкі, 120 (30), с. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чэнь, Ю. і інш. (2023) "Сталь дазваляе акрэсліць высокае дазвол прасторава-часовых транскрыптамічных дадзеных",Брыфінгі ў біяінфарматыцы, 24 (2), стар. 1–10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Лю, С. і інш. (2022) "Прасторава -часовы атлас арганагенезу ў развіцці кветак архідэі",Даследаванне нуклеінавых кіслот, 50 (17), стар. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Ван, Дж. І інш. (2023) "Інтэграцыя прасторавай транскрыптыкі і паслядоўнасці аднануклеуса РНК паказвае патэнцыйныя тэрапеўтычныя стратэгіі лейомиомы маткі", ",Міжнародны часопіс біялагічных навук, 19 (8), стар. 2515–2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
