Bütün genom bisulfit ardıcıllığı (WGBS)
Bütün Genom Bisulfit Sıralaması (WGBS) DNT metilasiyasının dərin tədqiqi üçün qızıl standart metodologiya kimi dayanır, xüsusən gen ifadəsinin və hüceyrə fəaliyyətinin əsas tənzimləyicisi olan sitozin (5-mC) üzrə beşinci mövqedir. WGBS-nin əsas prinsipi bisulfit müalicəsini əhatə edir, metillənməmiş sitozinlərin urasilə (C-dən U) çevrilməsinə səbəb olur, eyni zamanda metilləşdirilmiş sitozinləri dəyişməz qalır. Bu texnika tədqiqatçılara metilomu hərtərəfli araşdırmaq və müxtəlif şərtlərlə, xüsusən də xərçənglə əlaqəli anormal metilasiya nümunələrini aşkar etməyə imkan verən tək əsaslı rezolyusiya təklif edir. WGBS-dən istifadə etməklə, elm adamları müxtəlif bioloji proseslərin və xəstəliklərin əsasını təşkil edən epigenetik mexanizmlər haqqında nüanslı bir anlayış təmin edərək, genom miqyasında metilasiya mənzərələri haqqında misilsiz anlayışlar əldə edə bilərlər.
Xidmət Xüsusiyyətləri
● Referans genomu tələb edir.
● Lambda DNT bisulfit çevrilməsinin effektivliyinə nəzarət etmək üçün əlavə edilir.
● Illumina NovaSeq-də ardıcıllıq.
Xidmət Üstünlükləri
●DNT Metilasiya Tədqiqatı üçün Qızıl Standart: Bu yetkin metilasiya çevrilmə emal texnologiyası yüksək dəqiqliyə və yaxşı təkrarlanma qabiliyyətinə malikdir.
●Geniş əhatə dairəsi və tək əsaslı ayırdetmə:genom səviyyəsində metilasiya sahələrinin aşkarlanması.
●Tam platforma:nümunə emalından, kitabxananın qurulmasından, ardıcıllığından bioinformatika təhlilinə qədər birdəfəlik əla xidmət təqdim edin.
●Geniş Ekspertiza: müxtəlif növlər üzrə uğurla başa çatdırılan WGBS ardıcıllıq layihələri ilə BMKGENE on ildən artıq təcrübə, yüksək ixtisaslı analiz qrupu, hərtərəfli məzmun və əla satış sonrası dəstəyi gətirir.
●Transkriptomik analizə qoşulma imkanı: WGBS-nin RNT-seq kimi digər omics məlumatları ilə inteqrasiya olunmuş təhlilinə imkan verir.
Nümunə spesifikasiyalar
| Kitabxana | Ardıcıllıq Strategiyası | Tövsiyə olunan məlumat çıxışı | Keyfiyyətə nəzarət |
| Bisulfit ilə müalicə olunur | Illumina PE150 | 30x dərinlik | Q30 ≥ 85% Bisulfit çevrilməsi > 99% |
Nümunə tələbləri
| Konsentrasiya (ng/µL) | Ümumi məbləğ (µg) | Əlavə tələblər | |
| Genomik DNT | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Məhdud deqradasiya və ya çirklənmə |
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
DNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Məlumatların çatdırılması
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
● Xam ardıcıllığın keyfiyyətinə nəzarət;
● İstinad genomunun xəritələşdirilməsi;
● 5mC metilləşdirilmiş əsasların aşkarlanması;
● metilasiya paylanmasının təhlili və annotasiya;
● Diferensial Metilləşmiş Regionların Təhlili (DMR);
● DMR ilə əlaqəli genlərin funksional annotasiyası.
5mC metilasiya aşkarlanması: metilləşdirilmiş sahələrin növləri
Metilasyon xəritəsi. 5mC metilasiya genomu üzrə paylanma
Yüksək metilləşdirilmiş bölgələrin annotasiyası
Diferensial metilləşdirilmiş bölgələr: əlaqəli genlər
Diferensial metilləşdirilmiş bölgələr: əlaqəli genlərin annotasiyası (Gen Ontologiyası)
Seçilmiş nəşrlər toplusu vasitəsilə BMKGene-nin bütün genom bisulfit sıralama xidmətləri ilə asanlaşdırılan tədqiqat irəliləyişlərini araşdırın.
Fan, Y. et al. (2020) 'Tam genom bisulfit ardıcıllığından istifadə edərək qoyun skelet əzələsinin inkişafı zamanı DNT metilasiya profillərinin təhlili',BMC Genomics, 21(1), səh. 1-15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. və başqaları. (2022) 'Vinilxloridlə təmasda olan işçilərdə yeni dezoksiribonuklein turşusu metilləşmə pozğunluqları',Toksikologiya və Sənaye Sağlamlığı, 38(7), səh. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Genom metilasiyası, kodlaşdırmayan RNT səviyyələri, mRNA'lar və yetişən pomidor meyvələrində metabolitlər arasındakı əlaqələr',Bitki jurnalı, 103(3), səh. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
