● PE150 ilə Novaseq-da ardıcıllıqla.
● 1000-dən çox nümunənin hovuzuna imkan verən ikiqat barkodla kitabxana hazırlığı.
● Bu texnika, hər bir iş üçün fərqli bioinformatik boru kəmərləri ilə bir istinad genomu ilə və ya olmadan istifadə edilə bilər:
İstinad Genome: SNP və Indel kəşfi
İstinadsız Genome: Nümunə çoxluq və SNP kəşf
● içindəSilicodaƏvvəlcədən dizaynlı mərhələ Birdən çox məhdudiyyət fermenti birləşmələri Genom boyunca SLAF etiketlərinin vahid paylamasını yaratmaq üçün ekranlaşdırılmışdır.
● Əvvəlcədən eksperiment zamanı 9 SAF kitabxanası yaratmaq üçün 3 nümunədə üç ferment birləşməsi sınaqdan keçirilir və bu məlumat layihə üçün optimal məhdudiyyət fermentinin birləşməsini seçmək üçün istifadə olunur.
●Yüksək genetik marker kəşfi: Yüksək ötürücülü ikiqat barkod sisteminin birləşdirilməsi, böyük populyasiyaların eyni vaxtda ardıcıllığına imkan verir və lokus xüsusi gücləndirmə səmərəliliyi artırır, etiket nömrələrinin müxtəlif tədqiqat suallarının müxtəlif tələblərinə cavab verməsini təmin edir.
● Genomdan aşağı asılılıq: İstinad genomu ilə və ya olmadan növlərə tətbiq edilə bilər.
●Çevik sxem dizaynı: Tək ferment, ikiqat ferment, çox ferment həzm və müxtəlif növ fermentlər, müxtəlif tədqiqat məqsədləri və ya növlərə uyğun olmaq üçün seçilə bilər. BuSilicodaƏvvəlcədən dizayn, optimal ferment dizaynını təmin etmək üçün aparılır.
● Enzymatik həzmdə yüksək səmərəlilik: Birinin keçirilməsiSilicodaƏvvəlcədən hazırlıq və bir təcrübə əvvəlcədən bir təcrübə, xromosome (1 slaf etiketi / 4kb) və təkrarlanan ardıcıllıqla (<5%) -i azalmışdır.
●Geniş ekspertizası: Komandamız hər bir layihəyə, hər layihəyə, yüzlərlə növdə 5000-dən çox SLAF-SEQ layihələrinin, o cümlədən bitkilər, məməlilər, quşlar, böcəklər və su orqanizmləri ilə bir track rekordu.
● Öz-özünə inkişaf etmiş bioinformatik iş axını: BMKGene, son çıxışın etibarlılığını və dəqiqliyini təmin etmək üçün SLAF-SEQ üçün inteqrasiya olunmuş bioinformatik bir iş axını hazırladı.
Analiz növü | Tövsiyə olunan əhali miqyası | Ardıcıllıq strategiyası | |
Etiket ardıcıllığının dərinliyi | TAM nömrəsi | ||
Genetik xəritələr | 2 valideyn və> 150 nəsil | Valideynlər: 20x WGS Offsping: 10x | Genom ölçüsü: <400 MB: WGS tövsiyə olunur <1GB: 100k etiketlər 1-2GB :: 200k etiketlər > 2GB: 300K Tags Max 500k etiketi |
Genom Geniş Birliyi Tədqiqatları (Gwas) | ≥200 nümunələr | 10x | |
Genetik təkamül | ≥30 nümunələr, hər alt qrupdan 10 nümunə | 10x |
Konsentrasiyası ≥ 5 ng / μl
Ümumi məbləğ ≥ 80 ng
Nanodrop od260 / 280 = 1.6-2.5
Agarose Geli: Yoxdur və ya məhdud bir deqradasiya və ya çirklənmə
Konteyner: 2 ml sentrifug boru
(Nümunələrin əksəriyyəti üçün etanolda qorumağı məsləhət görürük)
Nümunə etiketlənməsi: Nümunələr dəqiq etiketli və təqdim olunan nümunə məlumat forması ilə eyni olmalıdır.
Göndərmə: Quru buz: nümunələr əvvəlcə çantalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
Genome istinad üçün xəritəçəkmə
İstinad olmadan Genom: Çoxluq
Xromosomlarda SLAF etiketlərinin paylanması:
CHROMOSOMES-də SNP-lərin paylanması:
İl | Jurnal | IF | Başlıq | Proqramlar |
2022 | Təbiət rabitəsi | 17.694 | Giga-xromosomların və ağac pionlarının gənamının genomik əsasları Paeonia Ostii | Slaf-gwas |
2015-ci il | Yeni fitoloq | 7.433 | Evlilik Ayaq izləri Aqronomik bölgələrində genomik bölgələrdə soyuanlar | Slaf-gwas |
2022 | İnkişaf etmiş tədqiqat jurnalı | 12.822 | Gossypium Barbadense Genome geniş süni intoqrasiya G. Hirsutum Pambıq lifinin keyfiyyətinin və məhsulunun eyni vaxtda yaxşılaşdırılması üçün üstün loci aşkar edin əlamət | Slaf-Təkamül Genetikası |
2019-cu il | Molekulyar bitki | 10.81 | Əhali Genomik Təhlili və De Novo Assambleyası Alaq otunun mənşəyini ortaya qoyur Təkamül oyunu kimi düyü | Slaf-Təkamül Genetikası |
2019-cu il | Təbiət Genetikası | 31.616 | Ümumi sazanın genom ardıcıllığı və genetik müxtəlifliyi, Kiprinus carpio | Slaf-bağlantı xəritəsi |
2014-cü il | Təbiət Genetikası | 25.4555 | Əkin edilmiş fıstıq genomu, paxlalı karyotiplər, populyasiya ilə bağlı fikir verir Təkamül və Bitki evlənməsi. | Slaf-bağlantı xəritəsi |
2022 | Bitki biotexnologiya jurnalı | 9.803 | ST1-nin müəyyənləşdirilməsi toxum morfologiyasının hitchhiking ilə əlaqəli bir seçimi aşkar edir və soya evlənməsi zamanı yağ tərkibi | Slaf-markerin inkişafı |
2022 | Beynəlxalq Molekulyar Elmlər Jurnalı | 6.208 | Bir buğda-leysmus mollis 2n (2d) üçün identifikasiya və DNT markerinin inkişafı Disomik xromosom əvəz | Slaf-markerin inkişafı |
İl | Jurnal | IF | Başlıq | Proqramlar |
2023 | Bitki Elmində Sərhədlər | 6.735 | QTL Xəritəçəkmə və Pyrus pyrifoliyasının meyvə yetişməsi zamanı şəkərin məzmununu transcripte analizi | Genetik xəritə |
2022 | Bitki biotexnologiya jurnalı | 8.154 | ST1-nin müəyyənləşdirilməsi Soya Limeyi zamanı toxum morfologiyasının və neft tərkibinin hitchhiking ilə əlaqəli bir seçimi aşkar edir
| Snp çağırır |
2022 | Bitki Elmində Sərhədlər | 6.623 | Genom geniş bir dərnək quraqlıq mühitində tutmayan çətinliklə çətinliklə fenotiplərin xəritələşdirilməsi.
| Güveç |