Subay - nüvə rna ardıcıllığı
Texniki sxem
Nuklei'nin təcrid edilməsi, ikiqat keçidləri olan səkkiz kanal mikrofluidik sistemdən ibarət 10 × Genomics Chromium ™ tərəfindən əldə edilir. Bu sistemdə barkodlar və astar, fermentlər və tək nüvələri olan bir gel muncuq, nanoliter ölçülü yağ damlası, gel boncuk-in-emulsiya (gem) yaradan nüvə. Gem meydana gəldikdən sonra, hər bir incə mobil lizi və barkodların sərbəst buraxılması aparılır. MRNA, standart ardıcıllıqla standart ardıcıllıqla quruluşa tabe olan 10 × barkod və umi ilə CDNA molekullarına çevrilmişdir.
Xüsusiyyət
● Dondurulmuş toxumalardan bir nüvə asmainin hazırlanması
● CDNA sintezinin ardınca gel muncuqlu-emulsiya (gem) meydana gəlməsi
● Bir gemdəki hər bir muncuq 4 hissədən ibarət astarlarla yüklənir:
MRNA asting və CDNA sintezi üçün poly (DT) quyruğu,
Unikal molekulyar identifikator (umi) gücləndirmə qərəzini düzəltmək üçün
10x barkod
Qismən oxu ardıcıllığı 1 ardıcıllıqla astar
Üstünlük
Tək nüvə RNT ardıcıllığı, tək hücrə RNT ardıcıllığının məhdudiyyətlərini sındırır, imkan verir:
● Dondurulmuş nümunələrin istifadəsi və yalnız təzə nümunələrlə məhdudlaşmır
● Təzə hüceyrələrin enzymatik müalicəsi ilə müqayisədə dondurulmuş hüceyrələrin aşağı stressi, daha az stres induksiya edilmiş gen şəklində transcripte məlumatlarında əks olundu
● Qırmızı qan hüceyrələrinin əvvəlcədən çıxarılmasına ehtiyac yoxdur
● Limitsiz hüceyrə diametri
● Toxuma dissosiasiyası zamanı hüceyrə qabığına və ya məhvinə meylli olan kompleks və kövrək toxuma növləri də daxil olmaqla təhlil üçün uyğun nümunələrin böyük serialları
Tək hücrə RNT ardıcıllığı ilə təhlil edilə bilməyən və tək Nuclei RNT ardıcıllığı üçün uyğun olan nümunələr:
| Hüceyrə / toxuma | Səbəb |
| Dondurulmuş toxuma | Təzə və ya uzun qurtaran təşkilatlar əldə etmək olmur |
| Əzələ hüceyrəsi, megakaryosit, yağ ... | Aləti daxil etmək üçün hüceyrə diametri çox böyükdür |
| Qaraciyər ... | Sürmək üçün çox kövrək, tək hüceyrələri ayırd edə bilmir |
| Neyron hüceyrəsi, beyin ... | Daha həssas, stres üçün asandır, ardıcıl nəticələrini dəyişdirəcəkdir |
| Pankreas, tiroid ... | Tək hüceyrə dayandırılması istehsalına təsir edən endogen fermentlərdə zəngindir |
Tək nüvə vs tək hücrə
| Tək nüvə | Birtəbərli |
| Limitsiz hüceyrə diametri | Hüceyrə diametri: 10-40 mkm |
| Material dondurulmuş toxuma ola bilər | Material təzə toxuma olmalıdır |
| Dondurulmuş hüceyrələrin aşağı stressi | Ferment müalicəsi hüceyrə stres reaksiyasına səbəb ola bilər |
| Qırmızı qan hüceyrələrinin çıxarılmaması lazım deyil | Qırmızı qan hüceyrələrinin çıxarılması lazımdır |
| Nüvə bioinformasiyasını ifadə edir | Bütün hüceyrə bioinformasiya ifadə edir |
Xüsusiyyətlər
| Nümunə tələbləri | Kitabxana | Ardıcıllıq strategiyası | Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə nəzarət |
| Heyvan toxuması ≥ 200 mq Bitki toxuması ≥ 400 mq | 10x Genomics SN CDNA Kitabxanası | Illumina pe150 | 100K pe hər kameraya oxuyur (100-200 GB) | 700-1200 Nuclei / μl və mikroskop altında müşahidə olunan nüvə bütövlüyü |
Nümunə hazırlığı rəhbərliyi və xidmət axını haqqında daha ətraflı məlumat üçün, zəhmət olmasa a ilə danışmaqdan çekinmeyinBmkgene mütəxəssisi
Xidmət iş axını
Aşağıdakı analiz daxildir:
● Keyfiyyətə nəzarət: hüceyrələrin sayı, gen aşkarlanması, hüceyrələrin dəqiq müəyyənləşdirilməsi, RNT molekulları və ifadə kəmiyyəti
● Daxili nümunə analizi:
Hüceyrə yığma və çoxluq annotasiyası
Diferensial İfadə Təhlili: Klasterlərdə Degslərin müəyyənləşdirilməsi
Funksional annotasiya və çoxluq dərisinin zənginləşdirilməsi
● Qruplararası analiz:
Məlumatların birləşməsi
Diferensial İfadə Təhlili: Qruplarda Degslərin müəyyənləşdirilməsi
Qrup DEG-lərin funksional annotasiyası və zənginləşdirilməsi
● İnkişaf etmiş analiz:
Hüceyrə dövrü təhlili
Təxribat analizi
Hüceyrə rabitə təhlili (mobil telefon)
Gene Set Zənginləşdirmə Təhlili (GSEA)
Daxili nümunə analizi
Hüceyrə klasterləşdirilməsi:
Diferensial İfadə Təhlili: Çoxluq Degs
Qruplararası analiz
Diferensial İfadə Təhlili: Qrup Degs
Ətraflı analiz:
PseUdotime analizi:
Hüceyrə dövrü analizi:
Bu xüsusiyyətli nəşrlərdə 10x xromi ilə BMKgene'nin tək nüvəsi RNT ardıcıllıq xidmətləri tərəfindən asanlaşdırılan irəliləyişləri araşdırın:
Wang, L. et al. (2021) 'Tək hüceyrəli transkriptomik təhlil, steroid davamlı astma ağırlaşmasında ağciyərin immun mənzərəsini ortaya qoyur',Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının icraatı, 118 (2), s. E2005590118. DOI: 10.1073 / PNAS.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Qəbirlərin xəstəliyi və Hashimoto'nun tiroiditisinin mikroenvironunda immunitetli hüceyrələrdə disrogen gen ifadəsi və anormal metabolik siqnal üçün qlobal tənzimləmə şəbəkəsiİmmunologiyada sərhədlər, 13, s. 879824. Doi: 10.3389 / Fimmu.2022.879824 / Bibtex.
Tian, H. et al. (2023) 'Bir hüceyrə transkript, leykositlərin heterojenliyini və lökositlərin takafatı ilə peyvənd edildikdən sonra takərrədlərin (paralichithys olivaceus) -dəAkvakultura, 566, s. 739238. DOI: 10.1016 / J.AQUACULTURALT.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'Fotodinamik terapiya, mədə xərçəngi olan xəstələrdə inmumune anti-şiş toxunulmazlığı ilə immunitet yoxlama nöqtələrinin inhibitorlarının nəticəsini yaxşılaşdırır',Mədə xərçəngi, 26 (5), s. 798-813. DOI: 10.1007 / S10120-023-01409-X / Metrics.
