Azaldılmış təmsil bisulfit ardıcıllığı (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) DNT metilasiyası tədqiqatında Bütöv Genom Bisulfit Sequencing (WGBS) üçün sərfəli və səmərəli alternativ kimi ortaya çıxdı. WGBS tək əsas rezolyusiyada bütün genomu tədqiq etməklə hərtərəfli məlumat təmin etsə də, onun yüksək qiyməti məhdudlaşdırıcı amil ola bilər. RRBS, genomun təmsilçi hissəsini seçici olaraq təhlil edərək bu problemi strateji olaraq azaldır. Bu metodologiya CpG adaları ilə zəngin rayonların MspI parçalanması ilə zənginləşdirilməsinə və ardınca 200-500/600 bps fraqmentlərin ölçüsünün seçilməsinə əsaslanır. Nəticə etibarilə, yalnız CpG adalarına proksimal olan bölgələr sıralanır, uzaq CpG adaları olanlar isə analizdən çıxarılır. Bu proses bisulfit ardıcıllığı ilə birlikdə DNT metilasiyasının yüksək rezolyusiyada aşkarlanmasına imkan verir və ardıcıllıq yanaşması, PE150, xüsusi olaraq ortada deyil, əlavələrin uclarına diqqət yetirir və metilasiya profilinin yaradılmasının səmərəliliyini artırır. RRBS sərfəli DNT metilasiyası tədqiqatına imkan verən və epigenetik mexanizmlər haqqında bilikləri təkmilləşdirən əvəzolunmaz vasitədir.
Xidmət Xüsusiyyətləri
● Referans genomu tələb edir.
● Lambda DNT bisulfit çevrilməsinin effektivliyinə nəzarət etmək üçün istifadə olunur.
● MspI həzm səmərəliliyinə də nəzarət edilir.
● Bitki nümunələri üçün ikiqat ferment həzmi.
● Illumina NovaSeq-də ardıcıllıq.
Xidmət Üstünlükləri
●WGBS-ə sərfəli və səmərəli alternativ: analizin daha aşağı qiymətə və daha aşağı nümunə tələbləri ilə aparılmasına imkan verir.
●Tam platforma:nümunələrin işlənməsi, kitabxananın qurulması və ardıcıllığından bioinformatika təhlilinə qədər birdəfəlik əla xidmət təqdim edir.
●Geniş Ekspertiza: müxtəlif növlər üzrə uğurla başa çatdırılan RRBS ardıcıllıq layihələri ilə BMKGENE on ildən artıq təcrübə, yüksək ixtisaslı analiz qrupu, hərtərəfli məzmun və əla satış sonrası dəstəyi gətirir.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Kitabxana | Ardıcıllıq Strategiyası | Tövsiyə olunan məlumat çıxışı | Keyfiyyətə nəzarət |
| MspI həzm edilmiş və Bisulfitlə işlənmiş kitabxana | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfit çevrilməsi > 99% MspI kəsmə səmərəliliyi > 95% |
Nümunə tələbləri
| Konsentrasiya (ng/µL) | Ümumi məbləğ (µg) |
| |
| Genomik DNT | ≥ 30 | ≥ 1 | Məhdud deqradasiya və ya çirklənmə |
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
● Xam ardıcıllığın keyfiyyətinə nəzarət;
● İstinad genomunun xəritələşdirilməsi;
● 5mC metilləşdirilmiş əsasların aşkarlanması və motivin identifikasiyası;
● Metilasiya paylanmasının təhlili və nümunənin müqayisəsi;
● Diferensial Metilləşmiş Regionların Təhlili (DMR);
● DMR ilə əlaqəli genlərin funksional annotasiyası.
Keyfiyyətə nəzarət: həzm səmərəliliyi (genom xəritəsində)
Keyfiyyətə nəzarət: bisulfit çevrilməsi (metilasiya məlumatının çıxarılmasında)
Metilasiya xəritəsi: 5mC metilasiya genomu üzrə paylanma
Nümunə müqayisəsi: Əsas Komponent Analizi
Diferensial Metilləşdirilmiş Regionların (DMR) təhlili: istilik xəritəsi
Seçilmiş nəşrlər toplusu vasitəsilə BMKGene-nin bütün genom bisulfit sıralama xidmətləri ilə asanlaşdırılan tədqiqat irəliləyişlərini araşdırın.
Li, Z. və başqaları. (2022) 'CRISPR aktivasiyası və parakrin amillərlə Leydigə bənzər hüceyrələrə yüksək dəqiqliklə yenidən proqramlaşdırma',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Çin monoziqot əkizlərində bədən tərkibinin genom miqyasında DNT metilasiya təhlili',Avropa Klinik Tədqiqat Jurnalı, 53(11), səh. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNT metilasiyası və bel-kalça nisbəti: Çin monoziqot əkizlərində epigenom geniş assosiasiya araşdırması',Endokrinoloji Tədqiqat Jurnalı, 45(12), səh. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
