Prokaryotik RNT ardıcıllığı
Xüsusiyyətlər
● RNT nümunəsinin emalı rRNT-nin tükənməsini, ardınca istiqamətli RNT kitabxanasının hazırlanmasını əhatə edirdi.
● İstinad genomuna uyğunlaşmaya əsaslanan bioinformatik analiz
● Təhlil gen ifadəsini və DEG-ləri, eyni zamanda transkript strukturunu və sRNT analizini də əhatə edir
Xidmət Üstünlükləri
●Ciddi Keyfiyyətə Nəzarət: biz nümunə və kitabxananın hazırlanmasından tutmuş ardıcıllıq və bioinformatikaya qədər bütün mərhələlərdə əsas nəzarət nöqtələrini həyata keçiririk. Bu dəqiq monitorinq ardıcıl yüksək keyfiyyətli nəticələrin çatdırılmasını təmin edir.
●Strand-xüsusi Sequencing Data: RNT kitabxanasının hazırlanması yönlü olduğundan, antisens transkriptlərinin identifikasiyasına imkan verir.
●Prokaryotik Transkriptomlara Uyğunlaşdırılmış Tam Təhlil: bioinformatik boru kəməri yalnız gen ifadəsinin təhlilini deyil, həm də operonların, UTR-lərin və promotorların identifikasiyası daxil olmaqla transkript strukturunun təhlilini əhatə edir. Buraya həmçinin sRNA-ların təhlili, yəni ikinci dərəcəli strukturun və hədəflərin annotasiyası və proqnozlaşdırılması daxildir.
●Satışdan sonra dəstək: öhdəliyimiz 3 aylıq satış sonrası xidmət müddəti ilə layihənin tamamlanmasından kənara çıxır. Bu müddət ərzində biz nəticələrlə bağlı istənilən sualları həll etmək üçün layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması üçün yardım və sual-cavab sessiyaları təklif edirik.
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
| Kitabxana | Ardıcıllıq strategiyası | Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə Nəzarət |
| rRNA tükənmiş istiqamətli kitabxana | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Nümunə tələbləri:
| Kons.(ng/μl) | Məbləğ (μg) | Saflıq | Dürüstlük |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur. | RIN≥6,5 |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Göndərmə:
1. Quru buz: Nümunələr torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
2. RNT-stabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
Bioinformatik Analiz İş Akışı
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● İstinad genomuna uyğunlaşma
● Kitabxana Keyfiyyətinin Qiymətləndirilməsi: RNT fraqmentasiyasının təsadüfiliyi, daxiletmə ölçüsü və ardıcıllıqla doyma
● Proqnozlaşdırılan kodlaşdırma genlərinin funksional annotasiyası
● İfadə Analizi: korrelyasiya və Əsas Komponent Analizi (PCA)
● Diferensial Gen İfadəsi (DEGs)
● DEG-lərin funksional annotasiyası və zənginləşdirilməsi
● sRNT Analizi: proqnoz, annotasiya, hədəf və ikinci dərəcəli struktur proqnozu
● Transkript Struktur Analizi: operonlar, başlanğıc və son mövqelər, Tərcümə olunmamış bölgə (UTS), promouter və SNP/InDel təhlili
Doyma ardıcıllığı
Kodlaşdıran genlərin funksional annotasiyası
Nümunələr arasında korrelyasiya
Diferensial ifadəli genlərin (DEGs) təhlili
Funksional zənginləşdirmə təhlili
sRNA annotasiyası
Bu xüsusi nəşrdə BMKGene-nin Nanopore tam uzunluqlu mRNA sıralama xidmətləri ilə təmin edilən irəliləyişləri araşdırın.
Guan, CP et al. (2018) 'Sophorea alopecuroides'in ümumi alkaloidlərinə cavab verən biofilm əmələ gətirən stafilokok epidermidinin qlobal transkriptom dəyişiklikləri',Polşa Mikrobiologiya Jurnalı, 67(2), səh. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
