-
BMKMANU S3000_Spatial Transkriptom
Məkan transkriptomikası elmi innovasiyaların önündə dayanır, tədqiqatçılara onların məkan kontekstini qoruyaraq toxumalardakı mürəkkəb gen ifadə nümunələrini araşdırmağa imkan verir. Müxtəlif platformalar arasında BMKGene 3,5µm təkmilləşdirilmiş ayırdetmə qabiliyyətinə malik, hüceyrəaltı diapazona çatan və çoxsəviyyəli ayırdetmə parametrlərinə imkan verən BMKManu S3000 Spatial Transkriptom Çipini inkişaf etdirmişdir. Təxminən 4 milyon ləkəyə malik S3000 çipi, məkan barkodlu tutma zondları ilə yüklənmiş muncuqlarla laylı mikro quyulardan istifadə edir. Məkan barkodları ilə zənginləşdirilmiş cDNT kitabxanası S3000 çipindən hazırlanır və daha sonra Illumina NovaSeq platformasında ardıcıllıqla tərtib edilir. Məkan barkodlu nümunələrin və UMI-lərin birləşməsi yaradılan məlumatların dəqiqliyini və spesifikliyini təmin edir. BMKManu S3000 çipi çox yönlüdür və müxtəlif toxumalara və istənilən detal səviyyələrinə incə şəkildə tənzimlənə bilən çoxsəviyyəli ayırdetmə parametrləri təklif edir. Bu uyğunlaşma çipi müxtəlif məkan transkriptomikası tədqiqatları üçün əla seçim kimi yerləşdirir və minimal səs-küylə dəqiq məkan qruplaşmasını təmin edir. BMKManu S3000 ilə hüceyrə seqmentasiyası texnologiyasının istifadəsi transkripsiya məlumatlarını hüceyrələrin sərhədlərinə ayırmağa imkan verir və nəticədə birbaşa bioloji məna daşıyan analiz əldə edilir. Bundan əlavə, S3000-in təkmilləşdirilmiş ayırdetmə qabiliyyəti hüceyrə başına daha çox sayda gen və UMI aşkarlanması ilə nəticələnir ki, bu da məkan transkripsiya nümunələrinin və hüceyrələrin klasterləşməsinin daha dəqiq təhlilinə imkan verir.
-
Tək nüvəli RNT ardıcıllığı
Tək hüceyrəli tutma və xüsusi kitabxana qurma texnikalarının inkişafı, yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı ilə birlikdə hüceyrə səviyyəsində gen ifadəsi tədqiqatlarında inqilab etdi. Bu sıçrayış kompleks hüceyrə populyasiyalarının daha dərin və hərtərəfli təhlilinə, bütün hüceyrələr üzərində gen ifadəsinin orta hesablanması ilə bağlı məhdudiyyətləri aradan qaldırmağa və bu populyasiyalar daxilində həqiqi heterojenliyi qorumağa imkan verir. Tək hüceyrəli RNT ardıcıllığının (scRNA-seq) danılmaz üstünlükləri olsa da, bir hüceyrəli asqının yaradılmasının çətin olduğu və təzə nümunələrin tələb olunduğu müəyyən toxumalarda çətinliklərlə qarşılaşır. BMKGene-də biz ən müasir 10X Genomics Chromium texnologiyasından istifadə edərək tək nüvəli RNT ardıcıllığını (snRNA-seq) təklif etməklə bu maneəni həll edirik. Bu yanaşma tək hüceyrə səviyyəsində transkriptom analizinə uyğun olan nümunələrin spektrini genişləndirir.
Nüvələrin təcrid edilməsi ikiqat keçidli səkkiz kanallı mikrofluidik sistemə malik yenilikçi 10X Genomics Chromium çipi vasitəsilə həyata keçirilir. Bu sistem daxilində barkodları, primerləri, fermentləri və tək nüvəni özündə birləşdirən gel muncuqları nanolitr ölçülü yağ damcılarına daxil edilir və Gel Bead-in-Emulsion (GEM) əmələ gətirir. GEM əmələ gəldikdən sonra hər bir GEM daxilində hüceyrə lizisi və barkod buraxılması baş verir. Sonradan, mRNT molekulları 10X barkodları və Unikal Molekulyar İdentifikatorları (UMI) özündə birləşdirən cDNA-lara əks transkripsiyadan keçir. Bu cDNA-lar daha sonra tək hüceyrə səviyyəsində gen ifadə profillərinin möhkəm və hərtərəfli tədqiqini asanlaşdırmaq üçün standart ardıcıllıq kitabxanasının qurulmasına məruz qalır.
Platforma: 10 × Genomics Chromium və Illumina NovaSeq Platforması
-
10x Genomics Visium Spatial Transkriptomu
Məkan transkriptomikası tədqiqatçılara onların məkan kontekstini qoruyaraq toxumalarda gen ifadə nümunələrini araşdırmaq imkanı verən qabaqcıl texnologiyadır. Bu domendəki güclü platformalardan biri Illumina ardıcıllığı ilə birlikdə 10x Genomics Visiumdur. 10X Visium prinsipi toxuma hissələrinin yerləşdirildiyi təyin olunmuş tutma sahəsi olan xüsusi çip üzərində yerləşir. Bu tutma sahəsində hər biri toxuma daxilində unikal məkan yerinə uyğun gələn barkodlu ləkələr var. Dokudan tutulan RNT molekulları daha sonra əks transkripsiya prosesi zamanı unikal molekulyar identifikatorlar (UMI) ilə etiketlənir. Bu barkodlu ləkələr və UMI-lər dəqiq məkan xəritəsini tərtib etməyə və tək hüceyrəli rezolyusiyada gen ifadəsinin kəmiyyətini təyin etməyə imkan verir. Məkan barkodlu nümunələrin və UMI-lərin birləşməsi yaradılan məlumatların dəqiqliyini və spesifikliyini təmin edir. Bu Məkan Transkriptomikası texnologiyasından istifadə etməklə tədqiqatçılar onkologiya, nevrologiya, inkişaf biologiyası, immunologiya da daxil olmaqla bir çox sahələrdə bioloji proseslərin əsasını təşkil edən mexanizmlər haqqında əvəzolunmaz fikirlər təqdim edərək hüceyrələrin məkan təşkili və toxumalarda baş verən mürəkkəb molekulyar qarşılıqlı əlaqəni daha dərindən başa düşə bilərlər. , və botanika tədqiqatları.
Platforma: 10X Genomics Visium və Illumina NovaSeq
