-
Metagenomik ardıcıllıq -NGS
Metagenom, ətraf mühit və insan metagenomları kimi qarışıq orqanizmlər cəmiyyətinin ümumi genetik materialının toplusudur. Tərkibində həm becərilə bilən, həm də becərilməyən mikroorqanizmlərin genomları var. NGS ilə ov tüfənginin metagenomik ardıcıllığı taksonomik profilləşdirmədən daha çoxunu təmin etməklə ekoloji nümunələrə daxil edilmiş bu mürəkkəb genomik landşaftların öyrənilməsinə imkan verir, həmçinin növlərin müxtəlifliyi, bolluq dinamikası və mürəkkəb populyasiya strukturları haqqında ətraflı məlumat verir. Taksonomik tədqiqatlardan əlavə, ov tüfəngi metagenomikası həm də kodlanmış genlərin və onların ekoloji proseslərdə ehtimal olunan rollarının araşdırılmasına imkan verən funksional genomik perspektiv təklif edir. Nəhayət, genetik elementlər və ətraf mühit faktorları arasında korrelyasiya şəbəkələrinin yaradılması mikrob icmaları və onların ekoloji fonları arasında mürəkkəb qarşılıqlı əlaqənin vahid başa düşülməsinə kömək edir. Yekun olaraq, metagenomik ardıcıllıq müxtəlif mikrob icmalarının genomik incəliklərini açmaq, bu mürəkkəb ekosistemlər daxilində genetika və ekologiya arasında çoxşaxəli əlaqələri işıqlandırmaq üçün əsas vasitə kimi dayanır.
Platformalar: Illumina NovaSeq və DNBSEQ-T7
-
Metagenomik ardıcıllıq-TGS
Metagenom, ətraf mühit və insan metagenomları kimi qarışıq orqanizmlər cəmiyyətinin genetik materialının toplusudur. Tərkibində həm becərilə bilən, həm də becərilməyən mikroorqanizmlərin genomları var. Metagenomik ardıcıllıq, taksonomik profilləşdirmədən daha çoxunu təmin etməklə ekoloji nümunələrə daxil edilmiş bu mürəkkəb genomik mənzərələrin öyrənilməsinə imkan verir. O, həmçinin kodlanmış genləri və onların ətraf mühit proseslərində ehtimal olunan rollarını araşdıraraq funksional genomik perspektiv təklif edir. Illumina ardıcıllığı ilə ənənəvi ov tüfəngi yanaşmaları metagenomik tədqiqatlarda geniş istifadə olunsa da, Nanopore və PacBio uzun müddət oxunan ardıcıllığın yaranması sahəni dəyişdi. Nanopore və PacBio texnologiyası aşağı axın bioinformatika analizlərini, xüsusən də metagenom birləşməsini təkmilləşdirir və daha davamlı birləşmələri təmin edir. Hesabatlar göstərir ki, Nanopore əsaslı və PacBio əsaslı metagenomika kompleks mikrobiomlardan tam və qapalı bakterial genomları uğurla yaradıb (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore oxunuşlarının Illumina oxunuşları ilə inteqrasiyası Nanopore-ə xas olan aşağı dəqiqliyi azaldaraq səhvlərin düzəldilməsi üçün strateji yanaşma təmin edir. Bu sinergetik birləşmə potensial məhdudiyyətləri aradan qaldırmaq və metagenomik analizlərin dəqiqliyini və etibarlılığını artırmaq üçün möhkəm həll təklif edərək, hər bir ardıcıllıq platformasının güclü tərəflərindən istifadə edir.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia və PacBio Revio
-
Bütün genom bisulfit ardıcıllığı (WGBS)
Bütün Genom Bisulfit Sıralaması (WGBS) DNT metilasiyasının dərin tədqiqi üçün qızıl standart metodologiya kimi dayanır, xüsusən gen ifadəsinin və hüceyrə fəaliyyətinin əsas tənzimləyicisi olan sitozin (5-mC) üzrə beşinci mövqedir. WGBS-nin əsas prinsipi bisulfit müalicəsini əhatə edir, metillənməmiş sitozinlərin urasilə (C-dən U) çevrilməsinə səbəb olur, eyni zamanda metilləşdirilmiş sitozinləri dəyişməz qalır. Bu texnika tədqiqatçılara metilomu hərtərəfli araşdırmaq və müxtəlif şərtlərlə, xüsusən də xərçənglə əlaqəli anormal metilasiya nümunələrini aşkar etməyə imkan verən tək əsaslı rezolyusiya təklif edir. WGBS-dən istifadə etməklə, elm adamları müxtəlif bioloji proseslərin və xəstəliklərin əsasını təşkil edən epigenetik mexanizmlər haqqında nüanslı bir anlayış təmin edərək, genom miqyasında metilasiya mənzərələri haqqında misilsiz anlayışlar əldə edə bilərlər.
-
Yüksək Ötürmə Ardıcıllığı ilə Transposaza Əlçatan Xromatinin Təhlili (ATAC-seq)
ATAC-seq, genom miqyasında xromatin əlçatanlığının təhlili üçün istifadə edilən yüksək məhsuldarlıqlı ardıcıllıq texnikasıdır. Onun istifadəsi gen ifadəsi üzərində qlobal epigenetik nəzarətin mürəkkəb mexanizmlərinin daha dərindən başa düşülməsini təmin edir. Metod, ardıcıllıq adaptorlarını daxil etməklə açıq xromatin bölgələrini eyni vaxtda parçalamaq və etiketləmək üçün hiperaktiv Tn5 transpozasından istifadə edir. Sonrakı PCR gücləndirilməsi, xüsusi məkan-zaman şəraitində açıq xromatin bölgələrinin hərtərəfli identifikasiyasına imkan verən ardıcıllıq kitabxanasının yaradılması ilə nəticələnir. ATAC-seq, yalnız transkripsiya faktorunu bağlayan yerlərə və ya xüsusi histonla dəyişdirilmiş bölgələrə diqqət yetirən metodlardan fərqli olaraq, əlçatan xromatin mənzərələrinin vahid görünüşünü təmin edir. Bu açıq xromatin bölgələrini ardıcıllıqla sıralayaraq, ATAC-seq aktiv tənzimləyici ardıcıllıqlara və potensial transkripsiya faktorunun bağlanma sahələrinə daha çox meylli olan bölgələri aşkar edərək, genomda gen ifadəsinin dinamik modulyasiyasına dair dəyərli fikirlər təqdim edir.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S və 18S rRNA genləri, Daxili Transkripsiya edilmiş Spacer (ITS) bölgəsi ilə birlikdə, yüksək dərəcədə qorunan və hiper-dəyişkən bölgələrin birləşməsinə görə əsas molekulyar barmaq izi markerləri kimi xidmət edir və onları prokaryotik və eukaryotik orqanizmləri xarakterizə etmək üçün əvəzolunmaz alətlər edir. Bu bölgələrin gücləndirilməsi və ardıcıllığı müxtəlif ekosistemlərdə mikrob tərkibini və müxtəlifliyini araşdırmaq üçün izolyasiyasız bir yanaşma təklif edir. Illumina ardıcıllığı adətən 16S və ITS1-in V3-V4 kimi qısa hiperdəyişən bölgələrini hədəfləsə də, 16S, 18S və ITS-in tam uzunluğunu ardıcıllaşdırmaqla üstün taksonomik annotasiyaya nail olmaq olar. Bu hərtərəfli yanaşma növlərin identifikasiyasına qədər uzanan həlledicilik səviyyəsinə nail olmaqla dəqiq təsnif edilmiş ardıcıllığın daha yüksək faizləri ilə nəticələnir. PacBio-nun Tək Molekullu Real-Time (SMRT) ardıcıllıq platforması, Illumina ardıcıllığının dəqiqliyi ilə rəqabət apararaq, tam uzunluqlu amplikonları əhatə edən yüksək dəqiqlikli uzun oxunuşlar (HiFi) təmin etməklə fərqlənir. Bu qabiliyyət tədqiqatçılara misilsiz bir üstünlük əldə etməyə imkan verir - genetik mənzərənin panoramik görünüşü. Geniş əhatə dairəsi, xüsusilə bakterial və ya göbələk icmaları daxilində növ annotasiyasındakı qətnaməni əhəmiyyətli dərəcədə artırır və mikrob populyasiyalarının incəliklərini daha dərindən başa düşməyə imkan verir.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Xüsusilə 16S, 18S və ITS genetik markerlərini hədəf alan Illumina texnologiyası ilə amplikon ardıcıllığı mikrob icmaları daxilində filogeniya, taksonomiya və növ bolluğunu açmaq üçün güclü üsuldur. Bu yanaşma ev təsərrüfatının genetik markerlərinin hiperdəyişən bölgələrinin ardıcıllığını nəzərdə tutur. Əvvəlcə molekulyar barmaq izi kimi təqdim edildiWoeses və başqaları1977-ci ildə bu texnika təcrid olunmayan analizlərə imkan verməklə mikrobiom profilinin yaradılmasında inqilab etdi. 16S (bakteriyalar), 18S (göbələklər) və Daxili Transkripsiya edilmiş Spacer (ITS, göbələklər) ardıcıllığı vasitəsilə tədqiqatçılar təkcə bol növləri deyil, həm də nadir və naməlum növlərini müəyyən edə bilirlər. Əsas alət kimi geniş şəkildə qəbul edilən amplikon ardıcıllığı müxtəlif mühitlərdə, o cümlədən insan ağzı, bağırsaqları, nəcis və başqa yerlərdə diferensial mikrob kompozisiyalarının müəyyən edilməsində mühüm rol oynamışdır.
-
Bakterial və göbələklərin bütün genomunun yenidən sıralanması
Bakterial və göbələk bütöv genomunun təkrar ardıcıllaşdırılması layihələri mikrob genomlarının tamamlanmasına və müqayisəsinə imkan verməklə mikrob genomikasının inkişafı üçün mühüm əhəmiyyət kəsb edir. Bu, fermentasiya mühəndisliyini, sənaye proseslərinin optimallaşdırılmasını və ikincil metabolizm yollarının araşdırılmasını asanlaşdırır. Bundan əlavə, göbələk və bakteriyanın təkrar ardıcıllığı ətraf mühitə uyğunlaşmanı başa düşmək, ştammları optimallaşdırmaq və tibb, kənd təsərrüfatı və ətraf mühit elmində geniş təsirləri olan genetik təkamül dinamikasını aşkar etmək üçün çox vacibdir.
-
PacBio-Tam uzunluqlu 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) platforması mikrob müxtəlifliyi layihəsinin təhlili sahəsində uzun illər təcrübəsi ilə işlənib hazırlanmışdır, burada standartlaşdırılmış əsas analiz və fərdiləşdirilmiş analizlər var: əsas analiz cari mikrob tədqiqatının əsas analiz məzmununu əhatə edir, analiz məzmunu zəngin və əhatəlidir, və təhlil nəticələri layihə hesabatları şəklində təqdim olunur; Fərdi təhlilin məzmunu müxtəlifdir. Fərdi tələbləri həyata keçirmək üçün nümunələr seçilə bilər və parametrlər əsas təhlil hesabatına və tədqiqat məqsədinə uyğun olaraq çevik şəkildə təyin edilə bilər. Windows əməliyyat sistemi, sadə və sürətli.
-
PacBio-Tam uzunluqlu Transkriptom (Qeyri-istinad)
Daxiletmə kimi Pacific Biosciences (PacBio) izoform ardıcıllığı məlumatlarını götürərək, bu proqram tam uzunluqlu transkript ardıcıllığını (montaj olmadan) müəyyən edə bilir. İstinad genomuna qarşı tam uzunluqlu ardıcıllıqların xəritələşdirilməsi ilə transkriptlər məlum genlər, transkriptlər, kodlaşdırma bölgələri və s. ilə optimallaşdırıla bilər. Bu halda mRNT strukturlarının, məsələn, alternativ splicing və s. daha dəqiq identifikasiyasına nail olmaq olar. NGS transkriptom ardıcıllığı məlumatları ilə birgə təhlil transkript səviyyəsində ifadədə daha əhatəli annotasiyaya və daha dəqiq kəmiyyətləşdirməyə imkan verir ki, bu da əsasən aşağı axın diferensial ifadə və funksional analizdən faydalanır.
-
Azaldılmış təmsil bisulfit ardıcıllığı (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) DNT metilasiyası tədqiqatında Bütöv Genom Bisulfit Sequencing (WGBS) üçün sərfəli və səmərəli alternativ kimi ortaya çıxdı. WGBS tək əsas rezolyusiyada bütün genomu tədqiq etməklə hərtərəfli məlumat təmin etsə də, onun yüksək qiyməti məhdudlaşdırıcı amil ola bilər. RRBS, genomun təmsilçi hissəsini seçici olaraq təhlil edərək bu problemi strateji olaraq azaldır. Bu metodologiya CpG adaları ilə zəngin rayonların MspI parçalanması ilə zənginləşdirilməsinə və ardınca 200-500/600 bps fraqmentlərin ölçüsünün seçilməsinə əsaslanır. Nəticə etibarilə, yalnız CpG adalarına proksimal olan bölgələr sıralanır, uzaq CpG adaları olanlar isə analizdən çıxarılır. Bu proses bisulfit ardıcıllığı ilə birlikdə DNT metilasiyasının yüksək rezolyusiyada aşkarlanmasına imkan verir və ardıcıllıq yanaşması, PE150, xüsusi olaraq ortada deyil, əlavələrin uclarına diqqət yetirir və metilasiya profilinin yaradılmasının səmərəliliyini artırır. RRBS sərfəli DNT metilasiyası tədqiqatına imkan verən və epigenetik mexanizmlər haqqında bilikləri təkmilləşdirən əvəzolunmaz vasitədir.
-
Prokaryotik RNT ardıcıllığı
RNT ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdəki bütün RNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir. Bu qabaqcıl texnologiya mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri üzə çıxaran güclü bir vasitə kimi xidmət edir. Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən RNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir. Bizim prokaryotik RNT nümunə emalımız prokaryotik transkriptomlar üçün uyğunlaşdırılmışdır, rRNT-nin tükənməsi və istiqamətli kitabxana hazırlığı daxildir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptomun ardıcıllığı
Illumina ardıcıllıq texnologiyasından istifadə edərək, BMKGENE-nin metatranskriptom ardıcıllığı xidməti torpaq, su, dəniz, nəcis və bağırsaq kimi təbii mühitlərdə eukariotlardan prokariotlara və viruslara qədər müxtəlif mikrobların dinamik gen ifadəsini açır. Bizim hərtərəfli xidmətimiz tədqiqatçılara kompleks mikrob icmalarının tam gen ifadə profillərini araşdırmaq imkanı verir. Taksonomik analizdən başqa, metatranskriptom sıralama xidmətimiz funksional zənginləşdirmənin tədqiqini asanlaşdırır, diferensial şəkildə ifadə olunan genlərə və onların rollarına işıq salır. Bu müxtəlif ekoloji nişlər daxilində gen ifadəsinin, taksonomik müxtəlifliyin və funksional dinamikanın mürəkkəb mənzərələrində naviqasiya edərkən zəngin bioloji anlayışları kəşf edin.
-
De novo Mantar Genom Assambleyası
BMKGENE, müxtəlif tədqiqat ehtiyaclarını və arzu olunan genom tamlığını təmin edən, göbələk genomları üçün çox yönlü həllər təklif edir. Təkcə qısa oxunan Illumina ardıcıllığından istifadə qaralama genomun yaradılmasına imkan verir. Nanopore və ya Pacbio istifadə edərək qısa oxunuş və uzun müddət oxunan ardıcıllıq daha uzun kontiglərə malik daha zərif göbələk genomu üçün birləşdirilir. Üstəlik, Hi-C ardıcıllığının inteqrasiyası imkanları daha da artırır, tam xromosom səviyyəli genom əldə etməyə imkan verir.
