-
Genom miqyaslı Assosiasiya Təhlili
Genom-Wide Association Studies (GWAS) məqsədi spesifik əlamətlərlə (fenotiplər) əlaqəli genetik variantları (genotiplər) müəyyən etməkdir. Çox sayda fərddə bütün genom üzrə genetik markerləri tədqiq etməklə, GWAS populyasiya səviyyəsində statistik təhlillər vasitəsilə genotip-fenotip birləşmələrini ekstrapolyasiya edir. Bu metodologiya insan xəstəliklərinin tədqiqində və heyvan və ya bitkilərdə mürəkkəb əlamətlərlə əlaqəli funksional genlərin tədqiqində geniş tətbiqlər tapır.
BMKGENE-də biz böyük populyasiyalarda GWAS aparmaq üçün iki yol təklif edirik: Bütöv Genom Sequencing (WGS) tətbiqi və ya azaldılmış təmsil genom ardıcıllığı metodu, daxili işlənmiş Xüsusi Lokus Gücləndirilmiş Fraqment (SLAF) üçün seçim. WGS daha kiçik genomlara uyğun gəlsə də, SLAF daha uzun genomlu daha böyük populyasiyaların öyrənilməsi üçün səmərəli alternativ kimi ortaya çıxır, ardıcıllıq xərclərini effektiv şəkildə minimuma endirir, eyni zamanda yüksək genetik marker kəşfinin səmərəliliyinə zəmanət verir.
-
Tək nüvəli RNT ardıcıllığı
Tək hüceyrəli tutma və xüsusi kitabxana qurma texnikalarının inkişafı, yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı ilə birlikdə hüceyrə səviyyəsində gen ifadəsi tədqiqatlarında inqilab etdi. Bu sıçrayış kompleks hüceyrə populyasiyalarının daha dərin və hərtərəfli təhlilinə, bütün hüceyrələr üzərində gen ifadəsinin orta hesablanması ilə bağlı məhdudiyyətləri aradan qaldırmağa və bu populyasiyalar daxilində həqiqi heterojenliyi qorumağa imkan verir. Tək hüceyrəli RNT ardıcıllığının (scRNA-seq) danılmaz üstünlükləri olsa da, bir hüceyrəli asqının yaradılmasının çətin olduğu və təzə nümunələrin tələb olunduğu müəyyən toxumalarda çətinliklərlə qarşılaşır. BMKGene-də biz ən müasir 10X Genomics Chromium texnologiyasından istifadə edərək tək nüvəli RNT ardıcıllığını (snRNA-seq) təklif etməklə bu maneəni həll edirik. Bu yanaşma tək hüceyrə səviyyəsində transkriptom analizinə uyğun olan nümunələrin spektrini genişləndirir.
Nüvələrin təcrid edilməsi ikiqat keçidli səkkiz kanallı mikrofluidik sistemə malik yenilikçi 10X Genomics Chromium çipi vasitəsilə həyata keçirilir. Bu sistem daxilində barkodları, primerləri, fermentləri və tək nüvəni özündə birləşdirən gel muncuqları nanolitr ölçülü yağ damcılarına daxil edilir və Gel Bead-in-Emulsion (GEM) əmələ gətirir. GEM əmələ gəldikdən sonra hər bir GEM daxilində hüceyrə lizisi və barkod buraxılması baş verir. Sonradan, mRNT molekulları 10X barkodları və Unikal Molekulyar İdentifikatorları (UMI) özündə birləşdirən cDNA-lara əks transkripsiyadan keçir. Bu cDNA-lar daha sonra tək hüceyrə səviyyəsində gen ifadə profillərinin möhkəm və hərtərəfli tədqiqini asanlaşdırmaq üçün standart ardıcıllıq kitabxanasının qurulmasına məruz qalır.
Platforma: 10 × Genomics Chromium və Illumina NovaSeq Platforması
-
Bitki/Heyvan bütöv genomunun ardıcıllığı
Yenidən sıralama kimi də tanınan Bütöv Genom Sequencing (WGS), məlum istinad genomları olan növlərin müxtəlif fərdlərinin bütün genom ardıcıllığına istinad edir. Bu əsasda fərdlərin və ya populyasiyaların genomik fərqləri daha da müəyyən edilə bilər. WGS Tək Nukleotid Polimorfizminin (SNP), Daxiletmə Silinməsinin (InDel), Struktur dəyişikliyinin (SV) və Kopya Nömrəsinin Dəyişməsinin (CNV) identifikasiyasına imkan verir. SV-lər SNP-lərə nisbətən variasiya bazasının daha böyük bir hissəsini təşkil edir və genom üzərində daha çox təsir göstərir, canlı orqanizmlərə əhəmiyyətli dərəcədə təsir göstərir. Qısa oxunan təkrar sıralama SNP və InDels-in müəyyən edilməsində təsirli olsa da, uzun müddət oxunan təkrar ardıcıllıq böyük fraqmentlərin və mürəkkəb variasiyaların daha dəqiq müəyyən edilməsinə imkan verir.
-
10x Genomics Visium Spatial Transkriptomu
Məkan transkriptomikası tədqiqatçılara onların məkan kontekstini qoruyaraq toxumalarda gen ifadə nümunələrini araşdırmaq imkanı verən qabaqcıl texnologiyadır. Bu domendəki güclü platformalardan biri Illumina ardıcıllığı ilə birlikdə 10x Genomics Visiumdur. 10X Visium prinsipi toxuma hissələrinin yerləşdirildiyi təyin olunmuş tutma sahəsi olan xüsusi çip üzərində yerləşir. Bu tutma sahəsində hər biri toxuma daxilində unikal məkan yerinə uyğun gələn barkodlu ləkələr var. Dokudan tutulan RNT molekulları daha sonra əks transkripsiya prosesi zamanı unikal molekulyar identifikatorlar (UMI) ilə etiketlənir. Bu barkodlu ləkələr və UMI-lər dəqiq məkan xəritəsini tərtib etməyə və tək hüceyrəli rezolyusiyada gen ifadəsinin kəmiyyətini təyin etməyə imkan verir. Məkan barkodlu nümunələrin və UMI-lərin birləşməsi yaradılan məlumatların dəqiqliyini və spesifikliyini təmin edir. Bu Məkan Transkriptomikası texnologiyasından istifadə etməklə tədqiqatçılar onkologiya, nevrologiya, inkişaf biologiyası, immunologiya da daxil olmaqla bir çox sahələrdə bioloji proseslərin əsasını təşkil edən mexanizmlər haqqında əvəzolunmaz fikirlər təqdim edərək hüceyrələrin məkan təşkili və toxumalarda baş verən mürəkkəb molekulyar qarşılıqlı əlaqəni daha dərindən başa düşə bilərlər. , və botanika tədqiqatları.
Platforma: 10X Genomics Visium və Illumina NovaSeq
-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı-nanopor
NGS-əsaslı mRNT ardıcıllığı gen ifadəsinin kəmiyyətini müəyyən etmək üçün çox yönlü bir vasitə olsa da, onun qısa oxunuşlara etibarı mürəkkəb transkriptomik analizlərdə onun effektivliyini məhdudlaşdırır. Digər tərəfdən, nanopore sequencing tam uzunluqlu mRNT transkriptlərinin ardıcıllığını təmin edən uzun müddət oxunan texnologiyadan istifadə edir. Bu yanaşma alternativ birləşmənin, gen birləşmələrinin, poliadenilasiyanın və mRNT izoformlarının kəmiyyətinin hərtərəfli tədqiqini asanlaşdırır.
Nanopore sequencing, nanopore tək molekullu real vaxt elektrik siqnallarına əsaslanan üsul, real vaxtda nəticələr verir. Mühərrik zülallarının rəhbərliyi altında ikiqat zəncirli DNT gərginlik fərqi altında nanopor kanalından keçərkən açılaraq biofilmdə yerləşdirilmiş nanopor zülallarına bağlanır. DNT zəncirində müxtəlif əsaslar tərəfindən yaradılan fərqli elektrik siqnalları dəqiq və davamlı nukleotid ardıcıllığını asanlaşdıraraq real vaxt rejimində aşkar edilir və təsnif edilir. Bu yenilikçi yanaşma qısa oxunuş məhdudiyyətlərini aradan qaldırır və dərhal nəticələrlə mürəkkəb transkriptomik tədqiqatlar da daxil olmaqla mürəkkəb genomik analiz üçün dinamik platforma təqdim edir.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı -PacBio
NGS-əsaslı mRNT ardıcıllığı gen ifadəsinin kəmiyyətini müəyyən etmək üçün çox yönlü bir vasitə olsa da, onun qısa oxunuşlara etibarı mürəkkəb transkriptomik analizlərdə istifadəsini məhdudlaşdırır. Digər tərəfdən, PacBio sequencing (Iso-Seq) tam uzunluqlu mRNT transkriptlərinin ardıcıllığını təmin edən uzun müddət oxunan texnologiyadan istifadə edir. Bu yanaşma alternativ birləşdirmə, gen birləşmələri və poliadenilləşmənin hərtərəfli tədqiqini asanlaşdırır. Bununla belə, tələb olunan yüksək miqdarda məlumat səbəbindən gen ifadəsinin kəmiyyətinin müəyyən edilməsi üçün başqa seçimlər var. PacBio ardıcıllıq texnologiyası tam uzunluqlu mRNT transkriptlərinin ələ keçirilməsində fərqli üstünlük təmin edən tək molekullu, real vaxt (SMRT) ardıcıllığına əsaslanır. Bu innovativ yanaşma ardıcıllıq zamanı DNT polimeraza aktivliyinin real vaxt rejimində müşahidəsini təmin edən sıfır rejimli dalğa ötürücülərindən (ZMW) və mikrofabrik quyulardan istifadəni nəzərdə tutur. Bu ZMW-lər daxilində PacBio-nun DNT polimerazı DNT-nin tamamlayıcı zəncirini sintez edərək, bütün mRNT transkriptlərini əhatə edən uzun oxunuşlar yaradır. Circular Consensus Sequencing (CCS) rejimində PacBio əməliyyatı eyni molekulu təkrar ardıcıllıqla ardıcıllıqla dəqiqliyi artırır. Yaradılmış HiFi oxunuşları NGS ilə müqayisə edilə bilən dəqiqliyə malikdir və mürəkkəb transkriptomik xüsusiyyətlərin hərtərəfli və etibarlı təhlilinə daha çox kömək edir.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotik mRNT Sequencing-NGS
mRNA ardıcıllığı, çox yönlü texnologiya, xüsusi şərtlər altında hüceyrələr daxilində bütün mRNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir. Geniş tətbiqləri ilə bu qabaqcıl alət mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri açır. Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən mRNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir və onun müxtəlif sahələrdə potensialı ilə bağlı maraq doğurur.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Qeyri-istinad əsaslı mRNA Sequencing-NGS
mRNT ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdəki bütün mRNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir. Bu qabaqcıl texnologiya mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri üzə çıxaran güclü bir vasitə kimi xidmət edir. Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən mRNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Uzun Qeyri-kodlaşdırma Sequencing-Illumina
Uzun kodlaşdırmayan RNT-lər (lncRNAs) minimum kodlaşdırma potensialına malik olan və kodlaşdırılmayan RNT-nin əsas elementləri olan 200-dən uzun nukleotidlərdir. Nüvədə və sitoplazmada olan bu RNT-lər epigenetik, transkripsiya və post-transkripsiya tənzimləməsində mühüm rol oynayır və onların hüceyrə və molekulyar proseslərin formalaşmasında əhəmiyyətini vurğulayır. LncRNA ardıcıllığı Hüceyrə diferensiasiyası, Ontogenez və İnsan xəstəliklərində güclü vasitədir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Kiçik RNT Sequencing-Illumina
Kiçik RNT (sRNA) molekullarına mikroRNA-lar (miRNA-lar), kiçik müdaxilə edən RNT-lər (siRNA-lar) və piwi-qarşılıqlı RNT-lər (piRNA-lar) daxildir. Bunların arasında, təxminən 18-25 nukleotid uzunluğunda olan miRNA-lar müxtəlif hüceyrə proseslərindəki əsas tənzimləyici rolları ilə xüsusilə diqqətəlayiqdir. Dokuya və mərhələyə xas ifadə nümunələri ilə miRNA-lar müxtəlif növlər arasında yüksək qorunma nümayiş etdirir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Dairəvi RNT ardıcıllığı (circRNA-seq) qeyri-kanonik birləşmə hadisələri nəticəsində qapalı dövrələr əmələ gətirən RNT molekulları sinfi olan dairəvi RNT-ləri profilləşdirmək və təhlil etməkdir və bu RNT-ni artan sabitlik ilə təmin edir. Bəzi sirkRNA-ların mikroRNT süngərləri kimi fəaliyyət göstərdiyi, mikroRNA-ları sekvestr etdiyi və onların hədəf mRNA-larını tənzimləməsinə mane olduğu göstərilsə də, digər sirkRNA-lar zülallarla qarşılıqlı əlaqədə ola, gen ifadəsini modullaşdıra və ya hüceyrə proseslərində rol oynaya bilər. circRNA ifadə analizi bu molekulların tənzimləyici rolları və onların müxtəlif hüceyrə prosesləri, inkişaf mərhələləri və xəstəlik şərtlərindəki əhəmiyyəti haqqında məlumat verir, gen ifadəsi kontekstində RNT tənzimlənməsinin mürəkkəbliyini daha dərindən başa düşməyə kömək edir.
-
Bütün Transkriptomun ardıcıllığı - Illumina
Tam transkriptom ardıcıllığı kodlaşdırmanı (mRNA) və kodlaşdırmayan RNT-ləri (lncRNA, circRNA və miRNA) əhatə edən müxtəlif RNT molekullarının profilini yaratmaq üçün hərtərəfli yanaşma təklif edir. Bu texnika müəyyən bir anda xüsusi hüceyrələrin bütün transkriptomunu çəkir və hüceyrə proseslərini vahid şəkildə başa düşməyə imkan verir. “Ümumi RNT ardıcıllığı” olaraq da bilinən o, transkriptom səviyyəsində mürəkkəb tənzimləyici şəbəkələri açmaq məqsədi daşıyır və rəqabətli endogen RNT (ceRNA) və birgə RNT analizi kimi dərin təhlilə imkan verir. Bu, xüsusən circRNA-miRNA-mRNA-əsaslı ceRNA qarşılıqlı təsirlərini əhatə edən tənzimləyici şəbəkələrin açılmasında funksional xarakteristikaya doğru ilkin addımdır.
-
Xromatin İmmunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Xromatin İmmunoprecipitation (CHIP) DNT bağlayıcı zülalları və onlara uyğun genomik hədəfləri seçici şəkildə zənginləşdirmək üçün antikorlardan istifadə edən bir texnikadır. Onun NGS ilə inteqrasiyası histon modifikasiyası, transkripsiya faktorları və digər DNT-ni bağlayan zülallarla əlaqəli DNT hədəflərinin genom miqyasında profilini yaratmağa imkan verir. Bu dinamik yanaşma müxtəlif hüceyrə tipləri, toxumaları və ya şərtləri üzrə bağlanma yerlərini müqayisə etməyə imkan verir. ChIP-Seq tətbiqləri transkripsiya tənzimlənməsi və inkişaf yollarının öyrənilməsindən xəstəlik mexanizmlərinin aydınlaşdırılmasına qədər, onu genomik tənzimləmə mənzərələrini başa düşmək və terapevtik anlayışları inkişaf etdirmək üçün əvəzolunmaz bir vasitə halına gətirir.
Platforma: Illumina NovaSeq