-
Hi-C əsaslı Xromatin Qarşılıqlılığı
Hi-C, yaxınlığa əsaslanan qarşılıqlı əlaqə və yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığını birləşdirərək genomik konfiqurasiyanı tutmaq üçün nəzərdə tutulmuş bir üsuldur. Metod xromatinin formaldehidlə çarpaz əlaqəsinə əsaslanır, sonra həzm və təkrar liqasiyaya əsaslanır ki, yalnız kovalent bağlı olan fraqmentlər ligasiya məhsulları əmələ gətirir. Bu bağlama məhsullarını ardıcıllıqla sıralamaqla, genomun 3D təşkilini öyrənmək mümkündür. Hi-C, genomun yüngül qablaşdırılan hissələrinin (A bölmələri, euxromatin) və daha çox transkripsiyaya görə aktiv olan hissələrinin və daha sıx yığılmış bölgələrin (B bölmələri, Heteroxromatin) paylanmasını öyrənməyə imkan verir. Hi-C həmçinin topoloji assosiasiya edilmiş domenləri (TAD), bükülmüş strukturlara malik olan və oxşar ifadə nümunələrinə malik olan genom bölgələrini və xromatin dövrələrini, zülallarla birləşən DNT bölgələrini müəyyən etmək üçün də istifadə edilə bilər. tez-tez tənzimləyici elementlərlə zənginləşdirilir. BMKGene-nin Hi-C sıralama xidməti tədqiqatçılara genomikanın məkan ölçülərini tədqiq etmək imkanı verir, genom tənzimlənməsi və onun sağlamlıq və xəstəlikdəki təsirlərini anlamaq üçün yeni imkanlar açır.
-
Xromatin İmmunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Xromatin İmmunoprecipitation (CHIP) DNT bağlayıcı zülalları və onlara uyğun genomik hədəfləri seçici şəkildə zənginləşdirmək üçün antikorlardan istifadə edən bir texnikadır. Onun NGS ilə inteqrasiyası histon modifikasiyası, transkripsiya faktorları və digər DNT-ni bağlayan zülallarla əlaqəli DNT hədəflərinin genom miqyasında profilini yaratmağa imkan verir. Bu dinamik yanaşma müxtəlif hüceyrə tipləri, toxumaları və ya şərtləri üzrə bağlanma yerlərini müqayisə etməyə imkan verir. ChIP-Seq tətbiqləri transkripsiya tənzimlənməsi və inkişaf yollarının öyrənilməsindən xəstəlik mexanizmlərinin aydınlaşdırılmasına qədər, onu genomik tənzimləmə mənzərələrini başa düşmək və terapevtik anlayışları inkişaf etdirmək üçün əvəzolunmaz bir vasitə halına gətirir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Bütün genom bisulfit ardıcıllığı (WGBS)
Bütün Genom Bisulfit Sıralaması (WGBS) DNT metilasiyasının dərin tədqiqi üçün qızıl standart metodologiya kimi dayanır, xüsusən gen ifadəsinin və hüceyrə fəaliyyətinin əsas tənzimləyicisi olan sitozin (5-mC) üzrə beşinci mövqedir. WGBS-nin əsas prinsipi bisulfit müalicəsini əhatə edir, metillənməmiş sitozinlərin urasilə (C-dən U) çevrilməsinə səbəb olur, eyni zamanda metilləşdirilmiş sitozinləri dəyişməz qalır. Bu texnika tədqiqatçılara metilomu hərtərəfli araşdırmaq və müxtəlif şərtlərlə, xüsusən də xərçənglə əlaqəli anormal metilasiya nümunələrini aşkar etməyə imkan verən tək əsaslı rezolyusiya təklif edir. WGBS-dən istifadə etməklə, elm adamları müxtəlif bioloji proseslərin və xəstəliklərin əsasını təşkil edən epigenetik mexanizmlər haqqında nüanslı bir anlayış təmin edərək, genom miqyasında metilasiya mənzərələri haqqında misilsiz anlayışlar əldə edə bilərlər.
-
Yüksək Ötürmə Ardıcıllığı ilə Transposaza Əlçatan Xromatinin Təhlili (ATAC-seq)
ATAC-seq, genom miqyasında xromatin əlçatanlığının təhlili üçün istifadə edilən yüksək məhsuldarlıqlı ardıcıllıq texnikasıdır. Onun istifadəsi gen ifadəsi üzərində qlobal epigenetik nəzarətin mürəkkəb mexanizmlərinin daha dərindən başa düşülməsini təmin edir. Metod, ardıcıllıq adaptorlarını daxil etməklə açıq xromatin bölgələrini eyni vaxtda parçalamaq və etiketləmək üçün hiperaktiv Tn5 transpozasından istifadə edir. Sonrakı PCR gücləndirilməsi, xüsusi məkan-zaman şəraitində açıq xromatin bölgələrinin hərtərəfli identifikasiyasına imkan verən ardıcıllıq kitabxanasının yaradılması ilə nəticələnir. ATAC-seq, yalnız transkripsiya faktorunu bağlayan yerlərə və ya xüsusi histonla dəyişdirilmiş bölgələrə diqqət yetirən metodlardan fərqli olaraq, əlçatan xromatin mənzərələrinin vahid görünüşünü təmin edir. Bu açıq xromatin bölgələrini ardıcıllıqla sıralayaraq, ATAC-seq aktiv tənzimləyici ardıcıllıqlara və potensial transkripsiya faktorunun bağlanma sahələrinə daha çox meylli olan bölgələri aşkar edərək, genomda gen ifadəsinin dinamik modulyasiyasına dair dəyərli fikirlər təqdim edir.
-
Azaldılmış təmsil bisulfit ardıcıllığı (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) DNT metilasiyası tədqiqatında Bütöv Genom Bisulfit Sequencing (WGBS) üçün sərfəli və səmərəli alternativ kimi ortaya çıxdı. WGBS tək əsas rezolyusiyada bütün genomu tədqiq etməklə hərtərəfli məlumat təmin etsə də, onun yüksək qiyməti məhdudlaşdırıcı amil ola bilər. RRBS, genomun təmsilçi hissəsini seçici olaraq təhlil edərək bu problemi strateji olaraq azaldır. Bu metodologiya CpG adaları ilə zəngin rayonların MspI parçalanması ilə zənginləşdirilməsinə və ardınca 200-500/600 bps fraqmentlərin ölçüsünün seçilməsinə əsaslanır. Nəticə etibarilə, yalnız CpG adalarına proksimal olan bölgələr sıralanır, uzaq CpG adaları olanlar isə analizdən çıxarılır. Bu proses bisulfit ardıcıllığı ilə birlikdə DNT metilasiyasının yüksək rezolyusiyada aşkarlanmasına imkan verir və ardıcıllıq yanaşması, PE150, xüsusi olaraq ortada deyil, əlavələrin uclarına diqqət yetirir və metilasiya profilinin yaradılmasının səmərəliliyini artırır. RRBS sərfəli DNT metilasiyası tədqiqatına imkan verən və epigenetik mexanizmlər haqqında bilikləri təkmilləşdirən əvəzolunmaz vasitədir.
