Bitki / Heyvan Bütün Genom Sequencing
Xidmət xüsusiyyətləri
● Kitabxana hazırlığı standart və ya pcrsiz ola bilər
● 4 ardıcıllıq platformasında mövcuddur: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Prometion P48 və ya Pacbio Revio.
● Variantların aşkarlanmasına yönəldilmiş bioinformatik analiz: SNP, Indel, SV və CNV
Xidmət üstünlükləri
●Geniş ekspertizası və nəşr qeydləri: 1000-dən çox növ üçün genom ardıcıllıqla yığılmış təcrübə, 5000-dən çox məcmu təsir faktoru ilə 1000-dən çox nəşr olunan hala gəldi.
●Hərtərəfli bioinformatika təhlili: Dəyişiklik çağırış və funksiya annotasiyası da daxil olmaqla.
● Satışdan sonrakı dəstək:Öhdəliklərimiz 3 aylıq satış müddəti ilə layihənin tamamlanması xaricində uzanır. Bu müddət ərzində, layihə təqibi, problemlərin aradan qaldırılması, nəticələrlə bağlı hər hansı bir sorğuya müraciət etmək üçün Layihə təqibi, problemlərin aradan qaldırılması və Sessiyalar təklif edirik.
●Hərtərəfli annotasiya: Müəyyən edilmiş dəyişikliyi olan genləri funksional olaraq qeyd etmək və müvafiq zənginləşdirmə təhlili ilə bir çox məlumat bazasından istifadə edirik.
Xidmət xüsusiyyətləri
| Müəyyən ediləcək variantlar | Ardıcıllıq strategiyası | Tövsiyə olunan dərinlik |
| Snp və indel | Ilmumina Novaseq PE150 və ya mgi t7 | 10x |
| SV və CNV (daha az dəqiq) | 30x | |
| SV və CNV (daha dəqiq) | Nanopore prom p48 | 20x |
| SNPS, Indels, SV və CNV | Pacbio revio | 10x |
Nümunə tələbləri
| Toxuma və ya çıxarılmış nukleik turşuları | Illumina / mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Heyvan viscera | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Heyvan əzələsi | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Mammaliya qan | 1.5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Quşçuluq / balıq qanı | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Bitki - təzə yarpaq | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Mullu hüceyrələr |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Həşərat yumşaq toxuma / fərdi | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNT çıxarıldı
| Konsentrasiya: ≥ 1 ng / μl Məbləğ: ≥ 30 ng Məhdud və ya heç bir deqradasiya və ya çirklənmə
| Konsentrasiyası Miqdar
OD260 / 280
OD260 / 230
Məhdud və ya heç bir deqradasiya və ya çirklənmə
| ≥ 40 ng / μl 4 μg / axın hüceyrəsi / nümunə
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasiyası Miqdar
OD260 / 280
OD260 / 230
Məhdud və ya heç bir deqradasiya və ya çirklənmə | ≥ 50 ng / μl 10 mkq / axın hüceyrəsi / nümunə
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR pulsuz kitabxana hazırlığı: Konsentrasiya ≥ 40 ng / μl Miqdarı 500 ng | |||||
Xidmət iş axını
Nümunə çatdırılma
DNT çıxarılması
Kitabxana inşası
Ardıcıllıq
Məlumat təhlili
Məlumatların çatdırılması
Aşağıdakı analiz daxildir:
- Xam məlumat keyfiyyətinə nəzarət
- Genome istinad üçün uyğunlaşma statistikası
- Variant identifikasiyası: SNP, Indel, SV və CNV
- Variantların funksional annotasiyası
İstinad üçün uyğunlaşma statistikası Genome - ardıcıllıqla dərinlik paylanması
SNP çox nümunə arasında zəng edir
Indel identifikasiyası - CDS bölgəsindəki Indel uzunluğunun statistikası və Genom-Wide bölgəsi
Genom boyunca variant paylama - circos süjeti
Müəyyən edilmiş variantları olan genlərin funksional annotasiyası - gen ontologiyası
Chai, Q. et al. (2023) 'Bir glutathione s-köçürmə GHTT19, pambıqda anthosyanin yığılmasını tənzimləyən çiçək ləçək piqmentasiyasını', bitki biotexnologiya jurnalı, 21 (2), s. 433. DOI: 10.1111 / PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Xromosom səviyyəli vəhşi Hevea Brasiliensis Genome, kauçuk məhsulu yüksəltmək üçün genome-lisey və qiymətli lokal üçün yeni vasitələr, bitki biotexnologiya jurnalı, 21 (5), pp, pp. 1058-1072. DOI: 10.1111 / PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Estuarine Oyster'in genomu iqlim təsiri və uyğunlaşma plastifiti, rabitə biologiyası 2021 4: 1, 4 (1), s. 1-12. 1-12. DOI: 10.1038 / S42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Zamanla Çin yerli toyuqlarında genom və metilasyon dəyişikliklərinin təhlili, növlərin konservasiyası, rabitə biologiyası, 5 (1), s. 1-12. 1-12. DOI: 10.1038 / S42003-0222-03907-7.
