Bitki / Animal de Novo Genome Sequencing
NovoArdıcıllıq, bir istinad genomu olmadıqda ardıcıl texnologiyalardan istifadə edərək bir növün bütün genomasının inşasına aiddir. Üçüncü nəsil ardıcıllığının tətbiqi və geniş yayılması, daha uzun oxunan, oxunuşlar arasındakı üst-üstə düşən genome məclisini əhəmiyyətli dərəcədə artırdı. Bu genişləndirmə, yüksək heterozigozity, təkrarlanan bölgələrin, poliploidlər və bölgələrin, anormal GC məzmunu olan, tipli GC məzmunu və ya bölgələrin qısa oxu ardıcıllığı olan yüksək mürəkkəbliyi olan yüksək dərəcədə yüksək səviyyədə toplanmışdır. tək.
Bir pəncərə həllimiz, yüksək keyfiyyətli bir Novo toplanmış genomu təqdim edən inteqrasiya edilmiş ardıcıllıq xidmətləri və bioinformatik təhlilini təmin edir. İllumina ilə ilkin genom anketi genom ölçüsü və mürəkkəbliyin qiymətləndirmələrini təmin edir və bu məlumatlar, ardınca Pacbio HiFi ilə uzun oxu ardıcıllığının növbəti addımını istiqamətləndirmək üçün istifadə olunurnovoKonsurasiya məclisi. HIC Assambleyasının sonrakı istifadəsi, chromosome səviyyəli bir toplantı əldə edərək, konturların ankerinqini genome-a endirməyə imkan verir. Nəhayət, Genom Genome, Gene proqnozu və qısa və uzun oxunuş ilə transkriptomalara müraciət edərək, dilə gətirən genlər tərəfindən ifadə edildi.
Xidmət xüsusiyyətləri
● Bir çox ardıcıllıqla və bioinformatik xidmətlərin bir-birində həllində inteqrasiyası:
Genomin ölçüsünü qiymətləndirmək və sonrakı addımları təxmin etmək üçün illumina ilə genom anketi;
Üçün ardıcıllıqla uzun oxuyunnovoKonsurasiya məclisi;
Xromosomu lövbərləmək üçün Hi-C ardıcıllığı;
mrna genlərin annotasiyası üçün ardıcıllıqla;
Məclisin təsdiqlənməsi.
● İnşaat edən roman genomları və maraq növləri üçün mövcud istinad genomlarının inşası üçün uyğun xidmət.
Xidmət üstünlükləri
Ardıcıllıq platformalarının və bioinformatics-in inkişafınovoGenom Məclisi
(Amarasinghe SL et al.,Genom Biologiya, 2020)
●Geniş ekspertizası və nəşr qeydləri: BMKGene, diploid genomları və populyasiya və allopolyploid növünün yüksək keyfiyyətli genome məclisində yüksək keyfiyyətli Genome Assambleyasında kütləvi təcrübə toplandı. 2018-ci ildən bəri töhfə verdik300 yüksək təsirli nəşrlər və onlardan 20+ təbiət genetikasında dərc edilmişdir.
● Bir pəncərə: İnteqrasiya olunmuş yanaşmamız çox sayda ardıcıllıq texnologiyaları və bioinformatik təhlillərini yüksək keyfiyyətli toplanmış bir genom təqdim edərək birləşdirici iş axınına birləşdirir.
●Ehtiyaclarınıza uyğunlaşdırıldı: Xidmət iş axınımız, müxtəlif xüsusiyyətlər və xüsusi tədqiqat ehtiyacları olan genomların uyğunlaşmasına imkan verən özelleştirilebilir. Buraya nəhəng genomlar, poliploid genomları, yüksək heterozigous genomlar və daha çox yer alır.
●Yüksək bacarıqlı bioinformatika və laboratoriya komandası: Həm eksperimental, həm də bioinformatics qarşısında böyük bir təcrübə ilə mürəkkəb genom məclisləri və bir sıra patent və proqram müəllif hüquqları.
●Satışdan sonrakı dəstək:Öhdəliklərimiz 3 aylıq satış müddəti ilə layihənin tamamlanması xaricində uzanır. Bu müddət ərzində, layihə təqibi, problemlərin aradan qaldırılması, nəticələrlə bağlı hər hansı bir sorğuya müraciət etmək üçün Layihə təqibi, problemlərin aradan qaldırılması və Sessiyalar təklif edirik.
Xidmət xüsusiyyətləri
| Genom sorğusu | Genom Məclisi | Xromosomu | Genom annotasiyası |
| 50x illumina novaseq pe150
| 30x pacbio ccs hifi oxuyur | 100x hi-c | Rna-seq illumina pe150 10 gb + (isteğe bağlı) Tam Uzunluğu RNT-SEQ PACBIO 40 GB və ya Nanopore 12 GB |
Xidmət tələbləri
Genom sorğu, Genom Məclisi və Hi-C Assambleyası üçün:
| Toxuma və ya çıxarılmış nukleik turşuları | Genom sorğusu | Pacbio ilə Genom Məclisi | Hi-C montajı |
| Heyvan viscera | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Heyvan əzələsi | ≥ 5 g | ||
| Mammaliya qan | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Quşçuluq / balıq qanı | ≥ 0,5 ml | ||
| Bitki - təzə yarpaq | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Mullu hüceyrələr |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Böcək | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNT çıxarıldı | Konsentrasiya: ≥1 ng / μl Məbləğ ≥ 30 ng Məhdud və ya heç bir deqradasiya və ya çirklənmə | Konsentrasiya: ≥ 50 ng / μl Məbləğ: 10 mkq / axın hüceyrəsi / nümunə OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Məhdud və ya heç bir deqradasiya və ya çirklənmə |
-
|
Transcriptomics ilə Genom Annotasiya üçün:
| Toxuma və ya çıxarılmış nukleik turşuları | Illumina transcripte | Pacbio transcriptome | Nanopore transcripte |
| Bitki - Kök / Kök / ləçək | 450 mq | 600 mq | |
| Bitki - yarpaq / toxum | 300 mq | 300 mq | |
| Bitki - meyvə | 1.2 g | 1.2 g | |
| Heyvan ürək / bağırsaq | 300 mq | 300 mq | |
| Heyvan Viscera / beyin | 240 mq | 240 mq | |
| Heyvan əzələsi | 450 mq | 450 mq | |
| Heyvan sümükləri / saç / dəri | 1 g | 1 g | |
| Artropod - böcək | 6 | 6 | |
| Artropod -crustacea | 300 mq | 300 mq | |
| Bütün qan | 1 boru | 1 boru | |
| Rna çıxardı | Konsentrasiya: ≥ 20 NG / μl Məbləğ ≥ 0.3 mkq OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28S / 18s≥1 | Konsentrasiya: ≥ 100 NG / μl Məbləğ ≥ 0.75 mkq OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28S / 18s≥1 | Konsentrasiya: ≥ 100 NG / μl Məbləğ ≥ 0.75 mkq OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28S / 18s≥1 |
Tövsiyə olunan nümunə çatdırılma
Konteyner: 2 ml sentrifuge borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
(Nümunələrin əksəriyyəti üçün etanolda qorumağı məsləhət görürük.)
Nümunə etiketlənməsi: nümunələr dəqiq etiketlənmiş və təqdim edilmiş nümunə məlumat forması ilə eyni olmalıdır.
Göndərmə: Quru buz: nümunələr əvvəlcə çantalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
İş axını
Xidmət iş axını
Təcrübə dizaynı
Nümunə çatdırılma
DNT çıxarılması
Kitabxana inşası
Ardıcıllıq
Məlumat təhlili
Satış sonrası xidmətlər
4 addımda ayrılmış tam bioinformatik analiz:
1) NGS ilə K-Mer analizinə əsaslanan genom sorğu:
Genom ölçüsünün qiymətləndirilməsi
Heterozigozity-in qiymətləndirilməsi
Təkrar bölgələrin qiymətləndirilməsi
2) Packio HiFi ilə Genom Məclisi:
Novotoplaşmaq
Məclisin qiymətləndirilməsi: NGS və Pacbio HiFi'nin Genome Tamlığı və Xəritəçəkmə üçün Busco analizi də daxil olmaqla
3) Hi-C montajı:
Hi-C Kitabxanası QC: Etibarlı Hi-C qarşılıqlı əlaqələrinin qiymətləndirilməsi
Hi-C montajı: Qruplarda olan konturların çoxluğu, hər qrup daxilində kontur sifariş və kontur yönümünü təyin etmək
Hi-C qiymətləndirməsi
4) Genom annotasiya:
Kodlaşdırılmayan rna proqnozu
Təkrarlanan ardıcıllıqlar identifikasiyası (transposonlar və tandem təkrarlanır)
Gene proqnozu
ƏqliNovo: AB TƏHLÜKƏSİZLİKLƏRİ
§ Homologiyaya əsaslanaraq
§ transcriptome əsasında, uzun və qısa oxunuşu ilə: oxunurnovoGenom layihəsinə yığılmış və ya dəyişdirilmişdir
§ Çox verilənlər bazası olan proqnozlaşdırılan genlərin annotasiyası
1) Genom sorğu- K-Mer analizi
2) Genom Məclisi
2) Genom Məclisi - Pacbio HiFi Məclisi layihəsinə xəritəsini oxuyur
2) Hi-C montajı - Hi-C etibarlı qarşılıqlı cütlərin qiymətləndirilməsi
3) Hi-C Assambleyanın qiymətləndirilməsi
4) Genom annotasiyası - proqnozlaşdırılan genlərin inteqrasiyası
4) Genom annotasiyası - proqnozlaşdırılan genlərin annotasiyası
BMKgene'nin De Novo Genome Məclis Xidmətləri tərəfindən asanlaşdırılan irəliləyişləri araşdırın.
Li, C. et al. (2021) 'Genome ardıcıllıqları qlobal dağılma yollarını ortaya qoyur və Seahorse təkamülündə bir genetik uyğunlaşmaları təklif edir, təbiət rabitələri, 12 (1). DOI: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Li, y. et al. (2023) 'Geniş səviyyəli xromosomal dəyişikliklər Genom səviyyəli ifadə dəyişiklikləri, ətraf mühitin uyğunlaşmasına və gayal (BOS fondalis), molekulyar biologiya və təkamüldə, 40 (1). DOI: 10.1093 / Molbev / MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Geniş bir quraqlığa davamlı qarğıdalı mavize germplazm', təbiət genetikası 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. DOI: 10.1038 / S415888-023-01297-Y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae ailənizdə iki genomu təhlil edərək Tropane Alkaloid Biosintezin ortaya çıxan təkamülü, təbiət rabitələri 2023 14: 1, 14 (1), s. 1-18. 1-18. DOI: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Çətin dava tədqiqatları:
Telomere-to-telomere montajı:Fu, A. et al. (2023) 'Acı qovun (Momordica Charantia L. var. Abbreviata Ser.)' Abbreviata Ser.) 'Abbreviata Ser.) Meyvə inkişafı, tərkibi və yetişən genetik xüsusiyyətlər', bağçılıq tədqiqatı, 10 (1). DOI: 10.1093 / HR / UHAC228.
Haplotip Məclisi:Hu, W. et al. (2021) 'ALLELE-müəyyən Genom, Cassava Təkamülü, Molekulyar Zavod, 14 (6), s. 851-854 zamanı biallelic fərqliliyini ortaya qoyur. DOI: 10.1016 / J.MOLP.2021.04.009.
Nəhəng Genom Məclisi:Yuan, J. et al. (2022) 'ağac-xromosomların və giga-genomin genomik əsası, ağac ponyonia ostii', təbiət rabitəsi 2022 13: 1, 13 (1), s. 1-16. 1-16. DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
POLPOLOID Genome Məclisi:Zhang, Q. et al. (2022) 'autopolyploid şəkərkanon saccharum spontaneumun son xromosome azaldılması', təbiət genetikası 2022 54: 6, 54 (6), PP. 885-896. DOI: 10.1038 / S415888-0222-01084-1.
