PacBio 2+3 Tam Uzunluqlu mRNT Həlli
Xüsusiyyətlər
● Tədris dizaynı:
Transkript izoformlarını müəyyən etmək üçün PacBio ilə ardıcıllıqla yığılmış nümunə
Ayrı-ayrı nümunələr (təkrarlar və sınaqdan keçiriləcək şərtlər) ilə ardıcıllıqlaTranskript ifadəsini ölçmək üçün NGS
● HiFi oxunuşlarını yaradan CCS rejimində PacBio ardıcıllığı
● Tammetrajlı transkriptlərin ardıcıllığı
● Təhlil üçün istinad genomu tələb olunmur; lakin istifadə oluna bilər
● Bioinformatik analiz yalnız gen və izoform səviyyəsində ifadəni deyil, həm də lncRNA, gen birləşmələri, poliadenilasiya və gen strukturunun təhlilini əhatə edir.
Üstünlüklər
● Yüksək Dəqiqlik: HiFi NGS ilə müqayisə edilə bilən >99,9% (Q30) dəqiqliklə oxuyur
● Alternativ Splicing Analizi: bütün transkriptlərin ardıcıllığı izoformun identifikasiyası və xarakterləşdirilməsinə imkan verir.
● PacBio və NGS Güclü tərəflərinin birləşməsi: izoform səviyyəsində ifadənin kəmiyyətini müəyyənləşdirməyə imkan verir, bütün gen ifadəsini təhlil edərkən maskalana bilən dəyişikliyi aşkar edir
● Geniş Təcrübə: 1100-dən çox PacBio tammetrajlı transkriptom layihəsini tamamlamaq və 2300-dən çox nümunəni emal etmək təcrübəsi ilə komandamız hər bir layihəyə zəngin təcrübə gətirir.
● Satışdan Sonra Dəstək: öhdəliyimiz 3 aylıq satış sonrası xidmət müddəti ilə layihənin tamamlanmasından kənara çıxır. Bu müddət ərzində biz nəticələrlə bağlı istənilən sualları həll etmək üçün layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması üçün yardım və sual-cavab sessiyaları təklif edirik.
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
| Kitabxana | Ardıcıllıq strategiyası | Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə Nəzarət |
| PolyA zənginləşdirilmiş mRNA CCS kitabxanası | PacBio davamı II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A zənginləşdirilmişdir | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidlər
|
| Kons.(ng/μl) | Məbləğ (μg) | Saflıq | Dürüstlük |
| Illumina Kitabxanası | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur. | Bitkilər üçün: RIN≥4.0; Heyvanlar üçün: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur |
| PacBio kitabxanası | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur. | Bitkilər: RIN≥7,5 Heyvanlar: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Göndərmə:
1. Quru buz:Nümunələr torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
2. RNT-stabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurudula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
Alternativ Poliadenilləşmə Analizi (APA)
Fusion transkript analizi
Alternativ Splicing Analizi
Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) təhlili müqayisəsi
Yeni transkript təhlili: kodlaşdırma ardıcıllığının (CDS) proqnozlaşdırılması və funksional annotasiya
lncRNA analizi: lncRNA və hədəflərin proqnozlaşdırılması
MicroSatelite Identification (SSR)
Diferensial ifadə edilmiş transkriptlərin (DETs) təhlili
Diferensial İfadə edilmiş Genlərin (DEGs) təhlili
DEG və DET-lərin funksional annotasiyası
BUSCO təhlili
Alternativ Splicing Analizi
Alternativ Poliadenilləşmə Analizi (APA)
Diferensial İfadə edilmiş Genlər (DEGs) və Transkriptlər (DETs9 təhlili
DET və DEG-lərin zülal-zülal qarşılıqlı şəbəkələri
BMKGene-nin PacBio 2+3 tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı ilə təmin edilən irəliləyişləri araşdırın.
Chao, Q. və başqaları. (2019) 'Populus kök transkriptomunun inkişaf dinamikası', Bitki Biotexnologiyası Jurnalı, 17(1), səh. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Aktinidiya latifolia (Askorbatla Zəngin Meyvə Məhsulu) və Əlaqədar Molekulyar Mexanizmlərin Meyvə İnkişafı və Yetişməsi zamanı Askorbin turşusunun tərkibindəki dinamik dəyişikliklər', Beynəlxalq Molekulyar Elmlər Jurnalı, 23(10), səh. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. və başqaları. (2022) 'Paris polifilində bioaktiv polifilinlərdə iştirak edən biosintetik yol genlərinin effektiv proqnozu', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), səh. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptomu və Sitokrom P450 Genlərinin Qarışıq PacBio Iso-Seq və Illumina RNT-Seq Analizi', Insects, 14(4), səh. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun və başqaları. (2019) 'Ricinus communis-də risinoleik turşu biosintezinin daha yaxşı başa düşülməsi üçün Illumina RNT ardıcıllığı ilə birləşdirilmiş PacBio tək molekullu real vaxt analizindən istifadə edərək transkriptomun mürəkkəbliyinin tədqiqi', BMC Genomics, 20(1), səh. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
