BMKCloud Giriş
1

MRNA-SEQ (NGS) istinad Genome ilə

百迈客云网站 -11

MRNA-SEQ (NGS) istinad Genome ilə

RNT-SEQ, həyat və məhsul elmləri boyunca standart bir vasitədir, genom və zülallar arasındakı boşluğu aradan qaldırır. Gücü yeni transkriptləri tapmaq və ifadələrini bir təhərdə ölçməkdədir. Müqayisəli transkriptlər tədqiqatları üçün geniş istifadə olunur, mutantları vəhşi tiplərə və ya müəyyən şərtlərdə olan mutantları ilə müqayisə etmək və ya gen ifadəsini aşkar etmək kimi müxtəlif əlamətlərə və ya fenotiplərlə əlaqəli genlər üzərində işığa atılır. BMKCloud MRNA (İstinad) Tətbiqi ifadə kəmiyyətini, differensial ifadə təhlili (DEG) və ardıcıllıq quruluşunu mrna-seq (NGS) təhlil edir və oxşar proqramın güclü tərəflərini, rahatlığı və istifadəçi dostluğunu təmin edir. İstifadəçilər, RNT-SEQ məlumatlarını buludda yükləyə bilər, burada tətbiq hərtərəfli, bir-bir bitkinforma analiz həllini təqdim edir. Bundan əlavə, istifadəçilərin xüsusi ehtiyaclarına uyğunlaşdırılmış fərdi əməliyyatlar təklif edən müştəri təcrübəsini prioritet edir. İstifadəçilər parametrləri təyin edə və boru kəməri missiyasını özləri tərəfindən təqdim edə, interaktiv hesabatı yoxlaya, məlumat / diaqramlara və məlumatların tam məlumatını, funksional çoxluq, diaqramlaşdırma və s.

Demo nəticələri
Məlumatların mədəni
İdxal tələbi
Əsas analiz
İstinad
Demo nəticələri

Məlumatların mədəni

İdxal tələbi

Platforma:Illumina, mgi
Strategiya:Rna-seq
Sxem: Hörülmüş, təmiz məlumatlar.
Kitabxana növü:Fr -stranded, Fr-Firststrand və ya Fr-Secondstrand
Uzunluğu oxuyun:150 bp
Fayl növü:* .fastq, * .fq, * .fastq.gz və ya * .fq.gz. Sistem olacaqAvtomatik olaraq .Fastq fayllarını Thier fayl adlarına görə cütləşdirin,məsələn * _1.fastq ilə cütləşdirilmiş * ._ 2.Fastq.
Nümunələrin sayı:Nömrədə heç bir məhdudiyyət yoxdurnümunələr, ancaq analiz müddəti sayından artacaqnümunələr böyüyür.
Tövsiyə olunan məlumat miqdarı:Nümunə üçün 6G

Əsas analiz
MRNA-SEQ-nin əsas təhlili və bioinformatik vasitələri (istinad)Boru kəməri aşağıdakı kimidir:
1. Rawdata keyfiyyətə nəzarət:
• Aşağı keyfiyyətli ardıcıllıqların, adapter ardıcıllığının çıxarılması,və s.
• Alətlər: evdə inkişaf etmiş boru kəməri;
2. Məlumatların bir istinad genomuna uyğunlaşdırılması:
• uyğunlaşdırma ilə əlaqəli bir şeyə uyğun bir alqoritm ilə oxunurİstinad Genomu.
• Alətlər:HISAT2, samtools
3. Kitabxananın keyfiyyət analizi:
• Uzunluğu təhlili, ardıcıllıqla doyma təhlili və s. Daxil edin;
• Alətlər:samtools;
4. Ardıcıllıq quruluşu təhlili:
• Alternativ yayan analiz, gen quruluşu optimallaşdırılması,roman gen proqnozu və s.;
• Alətlər:Simli, gffcompare, Gatk,Almaz, Təfsirçi, vəHmmer.
5. Diferensial İfadə Təhlili:
• DEG ekranı, əlaqələr analizi, funksionalzənginləşdirmə;
Müxtəlif vizuallaşdırma nəticələri;
RiləSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq
İstinad
1. Kim, Daehwan et al. "Qrafik əsaslı genom hizalanması vəHISAT2 və HISAT-Genotipi ilə genotiping. "TəbiətBiotexnologiya37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. "Genom analiz alət dəsti: aNövbəti nəsil DNT təhlil etmək üçün çərçivə çərçivəsiməlumatların aradan qaldırılması. "Genom tədqiqatı20 9 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. "Ardıcıllıq hizalanması / xəritə formatı vəSamtools. "Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perţea, Mihaela et al. "Stringtie yaxşılaşdırılmışdırRNT-SEQ-dən bir transkriptin yenidən qurulması oxunur. "TəbiətBiotexnologiya33 (2015): 290-295.
5. Sevgi, Maykl I. et al. "Qatanın dəyişdirilməsinin moderasiya edilmiş qiymətləndirilməsi vəDeseQ2 ilə RNT-SEQ məlumatları üçün dispersiya. "GenomBiologiya15 (2014): n. pag.
6. Eddy, Sean R .. "Sürətləndirilmiş profil HMM axtarışları."Plos Hesablama Biologiyası7 (2011): n. pag.

sitat gətirmək

Mesajınızı buraya yazın və bizə göndərin

Mesajınızı bizə göndərin: