Transcriptomiklər
təbiət
Rabitə
Xroniki limfosittik lösemidə SF3B1 mutasiyasının tammetri səciyyəsi səciyyələndirilmiş idarələrin azaldılmasını göstərir
Tammetrajlı transkriptlər | Nanopore Sequencing | Alternativ izoform analizi
Arxa plan
SSF3B1-də SF3B1-də OMATİK MUTASESS, müxtəlif xərçənglər, o cümlədən xroniki lenfosittik lösemi (CLL), uveal melanoma, döş xərçəngi və s. Bununla birlikdə, bu alternativ parçalanma nümunələri ilə bağlı işlər uzun müddətdir, qısa oxu yığılmış transkriptlərin məhdudlaşdırılması səbəbindən isoForm səviyyəsində isoform səviyyəsində biliklərin olmaması ilə məhdudlaşmışdır. Burada Nanopore ardıcıllıq platforması, ISOForms kimi inverstiqu gücləndirən tammetrajlı transkriptlər yaratmaq üçün təqdim edildi.
Eksperimental dizayn
Təcrübi
Qruplaşdırma:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E Mutasiya); 3. Normal B hüceyrələri
Ardıcıl strategiya:Minion 2D Kitabxana ardıcıllığı, Prometion 1D Kitabxana ardıcıllığı; eyni nümunələrdən qısa oxu məlumatları
Ardıcıl platforma:Ont minion; Ont prometion;
Bioinformatik analiz
Nəticə vermək
Bir6 CLL nümunəsindən və 3 b hüceyrədən 257 milyon oxunuşdan ibarətdir. Bu oxunuşların orta hesabla 30,5% -i tammetrajlı transkriptlər kimi müəyyən edilmişdir.
FUll-uzunluğu RNT-nin (flir) -ın (flair) -ın (flair), yüksək inamlı izoformlar dəsti yaratmaq üçün hazırlanmışdır. Flair kimi ümumiləşdirilə bilər:
NAnopore hizalanmada oxuyur: istinad genomuna əsaslanan ümumi transkript quruluşunu müəyyənləşdirin;
SPlice Junction Düzəltmə: Əlavə edilmiş INTRONS, Qısamüddətli məlumatlardan və ya hər ikisindən olanları olan boşluq sahəsi olan düzgün ardıcıllıq səhvləri (qırmızı);
COLLAPSE: Splice qovşağının zəncirləri əsasında nümayəndəliyin izoformlarını ümumiləşdirin (ilk ötürmə dəsti). Dəstəklənən oxunuşların sayı (həddi: 3) əsasında yüksək inamlı Isofrom seçin.
Şəkil 1. CLL-də SF3B1 mutasiyası ilə əlaqəli tam onlu izoformları müəyyənləşdirmək üçün flair təhlili
FLair 326,699 yüksək inamlı parçalanmış Isoforms, 90% -i isoformlardır. Bu görünməmiş izoformların əksəriyyətinin məlum split yumaqlarının (142,971) roman birləşməsi olduğu aşkar edildi, qalan roman isoformları isə saxlanılan intron (21,700) və ya roman exon (3594) ehtiva edir.
LOng oxu ardıcıllığı, izoform səviyyəsində mutant SF3B1-K700E-də görünən splice saytlarının eyniləşdirilməsini gücləndirir. 35 alternativ 3'sss və 10 alternativ 5'ss, SF3B1-K700E və SF3B1-WT arasında fərqi əhəmiyyətli dərəcədə fərqləndi. 35 dəyişikliyin 33-ü uzun oxunan ardıcıllıqla yeni aşkar edilmişdir. Nanopore məlumatlarında, SF3B1-K700E-də dəyişdirilmiş 3'ss arasındakı məsafənin, kanonik saytlar zirvələri ilə məsafədə, CLL qısa oxu ardıcıllığında olduğu bildirilən bir nəzarət paylanmasından əhəmiyyətli dərəcədə fərqlənən, Ergic3 geninin izoformları təhlil edildi, burada proksimal splice saytı olan bir rombi bir izoform SF3B1-K700E-də daha çox tapıldı. Həm proksimal, həm də distal 3'ss, çoxsaylı izoformlar yaradan nümunələr kimi fərqləndi.
Şəkil 2. Nanopore Sequencing məlumatları ilə müəyyən edilmiş alternativ 3 'spligning nümunələri
IR Tədbirinin istifadəsi təhlili, IR identifikasiyası və kəmiyyətinə inam səbəbiylə qısa oxunan əsaslandırma ilə məhdudlaşdı. SF3B1-K700E və SF3B1-WT-də ISSOFORMS-in ifadəsi, Nanopore ardıcıllığı əsasında, IR-in SF3B1-K700E-də IRSoForms-ın qlobal bir tənzimlənməsini ortaya qoyan Nanopore ardıcıllığı əsasında yerləşdirilmişdir.
Şəkil 4. Üç əkinçilik sistemi (A və B) arasında kənd təsərrüfatının intensivliyi və şəbəkə bağlantısı; Təsadüfi meşə təhlili (c) və kənd təsərrüfatı intensivliyi və amf müstəmləkə (d) arasındakı əlaqə
Şəkil 3. İntron icarə hadisələri CLL SF3B1-K700E-də daha güclü şəkildə azaldılır
Texnologiya
Nanopore uzun oxumaq ardıcıllıqla
NAnopore ardıcıllığı bir molekul real vaxt rejimində elektrik siqnalının ardıcıllığı texnologiyasıdır.
DDouble qapalı DNT və ya RNT, Biofilmdə yerləşdirilmiş və motor proteininin qurğuşun altında boşalmamış Nanopey protein üçün bağlanacaq.
DNA / RNA strands, gərginlik fərqi ilə müəyyən dərəcədə Nanopore Channel Protein-dən keçin.
MOlecules kimyəvi quruluşa görə fərqli elektrik siqnalları yaradır.
RSequestensions-in eAL vaxtının aşkarlanması baza çağırışı ilə əldə edilir.
Tammetrajlı transkript sekvensiyasının performansı
√ Məlumat doyması
Müqayisə olunan məlumatların doymasına çatmaq üçün 7 qat daha az oxuyur.
√ Transkript quruluşunun şəxsiyyəti
Hər bir transkriptin konsensus tam uzunluğunun oxunması ilə müxtəlif struktur variantlarının müəyyənləşdirilməsi
√ Transkript səviyyəli differensial təhlil - Qısa oxunanlar tərəfindən Hiden-in başlaması
İstinad
Tang elan, soulette sm, Baren mjv, et al. Xroniki limfosittik lösemidə SF3B1 mutasiyasının tam uzunluqlu transkript səciyyəsi saxlanılan introns [j]. Təbiət rabitəsi.
Texniki və məqamlar Müxtəlif reseach arenasında müxtəlif yüksək ötürücülü ardıcıllıq texnologiyalarının ən son uğurlu tətbiqi, eləcə də eksperimental dizayn və məlumat mədənlərində parlaq fikirlərin ən son uğurlu tətbiqi paylaşmağı hədəfləyir.
Time: Jan-08-2022