Hi-C Əsaslı Genom Assambleyası
Hi-C, yaxınlığa əsaslanan qarşılıqlı əlaqə və yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığını birləşdirərək xromosom konfiqurasiyasını tutmaq üçün nəzərdə tutulmuş bir üsuldur. Bu qarşılıqlı təsirlərin intensivliyinin xromosomlardakı fiziki məsafə ilə mənfi əlaqəli olduğuna inanılır. Buna görə də, Hi-C məlumatları qaralama genomda yığılmış ardıcıllıqların qruplaşdırılması, sıralanması və istiqamətləndirilməsi və onların müəyyən sayda xromosomlara bağlanması üçün istifadə olunur. Bu texnologiya populyasiyaya əsaslanan genetik xəritə olmadığı halda xromosom səviyyəli genom birləşməsini gücləndirir. Hər bir genom üçün Hi-C lazımdır.
Xidmət Xüsusiyyətləri
● PE150 ilə Illumina NovaSeq-də ardıcıllıq.
● Xidmət formaldehidlə çarpaz əlaqə yaratmaq və DNT-zülal qarşılıqlı təsirini qorumaq üçün ekstraksiya edilmiş nuklein turşuları əvəzinə toxuma nümunələrini tələb edir.
● Hi-C təcrübəsi biotinlə yapışqan ucların məhdudlaşdırılmasını və son təmirini, sonra isə qarşılıqlı təsirləri qoruyaraq yaranan küt ucların dairəviləşdirilməsini əhatə edir. Sonra DNT streptavidin muncuqları ilə aşağı çəkilir və sonrakı kitabxananın hazırlanması üçün təmizlənir.
Xidmət Üstünlükləri
Hi-C-yə ümumi baxış
(Liberman-Aiden E et al.,Elm, 2009)
●Genetik populyasiya məlumatlarına ehtiyacın aradan qaldırılması:Hi-C kontiqal ankraj üçün tələb olunan əsas məlumatları əvəz edir.
●Yüksək marker sıxlığı:90%-dən yuxarı yüksək kontiqal ankraj nisbətinə gətirib çıxarır.
●Geniş Ekspertiza və nəşr qeydləri:BMKGene 1000 müxtəlif növdən və müxtəlif patentlərdən 2000-dən çox Hi-C Genom Assambleyası ilə geniş təcrübəyə malikdir. 200-dən çox dərc edilmiş işin 2000-dən çox yığılan təsir faktoru var.
●Yüksək ixtisaslı bioinformatika komandası:Hi-C təcrübələri və məlumatların təhlili üçün daxili patentlər və proqram müəllif hüquqları ilə, özünü inkişaf etdirən vizuallaşdırma məlumat proqramı blokun əl ilə köçürülməsinə, geri qaytarılmasına, ləğv edilməsinə və yenidən işləməsinə imkan verir.
●Satışdan sonra dəstək:Bizim öhdəliyimiz 3 aylıq satış sonrası xidmət müddəti ilə layihənin tamamlanmasından kənara çıxır. Bu müddət ərzində biz nəticələrlə bağlı istənilən sualları həll etmək üçün layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması üçün yardım və sual-cavab sessiyaları təklif edirik.
●Hərtərəfli Annotasiya: biz müəyyən edilmiş variasiyaları olan genləri funksional olaraq qeyd etmək və çoxsaylı tədqiqat layihələri haqqında anlayışlar təqdim edərək müvafiq zənginləşdirmə analizini həyata keçirmək üçün çoxlu verilənlər bazasından istifadə edirik.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Kitabxana hazırlığı | Ardıcıllıq strategiyası | Tövsiyə olunan məlumat çıxışı | Keyfiyyətə nəzarət |
| Hi-C kitabxanası | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Nümunə tələbləri
| Doku | Tələb olunan məbləğ |
| Heyvan daxili orqanları | ≥ 2 q |
| Heyvan əzələsi | |
| Məməli qanı | ≥ 2 ml |
| Quş əti/balıq qanı | |
| Bitki - Təzə yarpaq | ≥ 3 q |
| Mədəni hüceyrələr | ≥ 1x107 |
| həşərat | ≥ 2 q |
Xidmət İş Akışı
Eksperiment dizaynı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
1) Xam məlumat QC
2) Hi-C kitabxanası QC: etibarlı Hi-C qarşılıqlı təsirlərinin qiymətləndirilməsi
3) Hi-C montajı: qruplarda kontiglərin qruplaşdırılması, ardınca hər qrup daxilində kontig sıralaması və kontig oriyentasiyasının təyin edilməsi
4) Hi-C qiymətləndirilməsi
Hi-C Library QC – Hi-C etibarlı qarşılıqlı əlaqə cütlərinin qiymətləndirilməsi
Hi-C Assambleyası – statistika
Montajdan sonrakı qiymətləndirmə – qutular arasında siqnal intensivliyinin istilik xəritəsi
Seçilmiş nəşrlər toplusu vasitəsilə BMKGene-nin Hi-C montaj xidmətləri ilə təmin edilən irəliləyişləri araşdırın.
Tian, T. et al. (2023) “Görkəmli quraqlığa davamlı qarğıdalı rüşeyminin genom yığılması və genetik parçalanması”, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), səh.496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL və başqaları. (2020) 'Asiya Bal Arısının Apis cerana Genomunun Xromosom Ölçüsü Assambleyası', Genetikada Sərhədlər, 11, səh. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae ailəsində iki genomun təhlili ilə tropan alkaloid biosintezinin təkamülünün aşkarlanması', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), səh. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. və başqaları. (2020) 'Banyan Ağacı və Tozlandırıcı Eşşək arısının genomları Əncir-Eşarısının birgə təkamülünə dair anlayışlar təmin edir', Hüceyrə, 183(4), səh. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
