De novo Mantar Genom Assambleyası
BMKGENE, müxtəlif tədqiqat ehtiyaclarını və arzu olunan genom tamlığını təmin edən, göbələk genomları üçün çox yönlü həllər təklif edir. Təkcə qısa oxunan Illumina ardıcıllığından istifadə qaralama genomun yaradılmasına imkan verir. Nanopore və ya Pacbio istifadə edərək qısa oxunuş və uzun müddət oxunan ardıcıllıq daha uzun kontiglərə malik daha zərif göbələk genomu üçün birləşdirilir. Bundan əlavə, Hi-C ardıcıllığının inteqrasiyası imkanları daha da artırır, tam xromosom səviyyəli genom əldə etməyə imkan verir.
Xidmət Xüsusiyyətləri
İstənilən genom tamlıq dərəcəsindən asılı olaraq seçmək üçün üç mümkün variantla:
● Qaralama Genom Seçimi: Illumina NovaSeq PE150 ilə qısa oxunan ardıcıllıq.
● Mantar İncə Genom Seçimi:
Genom Tədqiqatı: Illumina NovaSeq PE150.
Genom Assambleyası: PacBio Revio (HiFi oxuyur) və ya Nanopore PromethION 48.
● Xromosom səviyyəli Göbələk Genomu:
Genom Tədqiqatı: Illumina NovaSeq PE150.
Genom Assambleyası: PacBio Revio (HiFi oxuyur) və ya Nanopore PromethION 48.
Hi-C montajı ilə bərkidilmə.
Xidmət Üstünlükləri
●Birdən çox ardıcıllıq strategiyası mövcuddur: Müxtəlif tədqiqat məqsədləri və genom tamlığının tələbləri üçün
●Bioinformatika üzrə tam iş axını:Buraya genom yığımı və çoxsaylı genomik elementlərin proqnozlaşdırılması, funksional gen annotasiyası və kontig ankorasiyası daxildir.
●Geniş Ekspertiza: 12.000-dən çox mikrob genomunun yığılması ilə biz on ildən çox təcrübə, yüksək ixtisaslı analiz qrupu, hərtərəfli məzmun və əla satış sonrası dəstəyi təqdim edirik.
●Satışdan sonra dəstək:Bizim öhdəliyimiz 3 aylıq satış sonrası xidmət müddəti ilə layihənin tamamlanmasından kənara çıxır. Bu müddət ərzində biz nəticələrlə bağlı istənilən sualları həll etmək üçün layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması üçün yardım və sual-cavab sessiyaları təklif edirik.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Xidmət | Ardıcıllıq Strategiyası | Keyfiyyətə Nəzarət |
| Qaralama Genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Gözəl Genom | Genom sorğusu: Illumina PE150 50 x Montaj: PacBio HiFi 30x və ya Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT birhüceyrəli） contig N50 ≥500kb（Digərləri） |
| Xromosom səviyyəli genom | Genom sorğusu: Illumina PE150 50 x Montaj: PacBio HiFi 30x və ya Nanopore 100x Hi-C Assambleyası 100x | Contig ankraj nisbəti>90%
|
Xidmət Tələbləri
| Konsentrasiya (ng/µL) | Ümumi məbləğ (µg) | Həcm (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopor | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| İllumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Birhüceyrəli Göbələk: ≥3,5x1010 hüceyrələr
Makro göbələk: ≥10 q
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
Genom sorğusu:
- Məlumatların keyfiyyətinə nəzarətin ardıcıllığı
- Genomun qiymətləndirilməsi: ölçü, heterozigotluq, təkrarlanan elementlər
İncə Genom Assambleyası:
- Məlumatların Keyfiyyətinə Nəzarətin ardıcıllığı
- De novoMəclis
- Genom Komponent Analizi: CDS və çoxlu genomik elementlərin proqnozlaşdırılması
- Çoxsaylı ümumi verilənlər bazası (GO, KEGG və s.) və qabaqcıl verilənlər bazası (CARD, VFDB və s.) ilə funksional annotasiya.
Hi-C Assambleyası:
- Hi-C Kitabxanasının Qiymətləndirilməsi.
- Contigs lövbər klasterləşdirmə, sifariş və istiqamətləndirmə
- HI-C Assambleyasının qiymətləndirilməsi: İstinad genomu və istilik xəritəsi əsasında
Genom sorğusu: k-mer paylanması
Genom montajı: gen homoloji annotasiyası (NR verilənlər bazası)
Genom montajı: funksional gen annotasiyası (GO)
Seçilmiş nəşrlər toplusu vasitəsilə BMKGene-nin göbələk genomunun yığılması xidmətləri ilə təmin edilən irəliləyişləri araşdırın.
Hao, J. et al. (2023) "Su altında qalan şəraitdə dərman göbələyi Inonotus obliquusun inteqrasiya olunmuş omik profili",BMC Genomics, 24(1), səh. 1-12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genom ardıcıllığı buğdada kəskin göz ləkəsi patogen Rhizoctonia cerealisin təkamülünü və patogen mexanizmlərini ortaya qoyur',Bitki jurnalı, 11(2), səh. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Müxtəlif çəmən otlarında dollar ləkəsinə səbəb olan dörd Clarireedia növü üçün genom ehtiyatları',Bitki Xəstəliyi, 107(3), səh. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS və başqaları. (2023) 'Yeməli Göbələk Grifola frondosada Tetrapolar Çiftleşme Sisteminin Genetik və Molekulyar Sübutları',Göbələklər jurnalı, 9(10), səh. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
