DNA / RNA SEVENCING -PACBIO SEVENCER
Xüsusiyyət
Pacbio Sequencer-də iki ardıcıllıq rejimi: Davamlı uzun oxu (CLR) və dairəvi konsensus oxuyun (CCS)
| Ardıcıllıq rejimi | Kitabxana ölçüsü | Nəzəri məlumatlarMəhsul (hər hücrə üçün) | DürəngsizDəqiqlik | Proqramlar |
| Cl | 20kb, 30kb və s. | 80 GB-a 130 GB | Təxminən. 85% | Novo, Sv çağırış və s. |
| Ccs | 15-20 KB | 14 ilə 40 GB / hüceyrə (Sequel II) 70 - 110 GB / hüceyrə (Revio) Nümunələrdən asılıdır | Təxminən. 99% | Novo, SNP / Indel / sv zəng, Iso-Seq, |
Revio və Sequel II performans və xüsusiyyətlərinin müqayisəsi
| Şərt | Sequel II Sistemi | Üsyanın sistemi | Artırmaq |
| Daha yüksək sıxlıq | 8 milyon zmw | 25 milyon zmw | 3x |
| Müstəqil mərhələlər | 1 | 4 | 4x |
| Qısa iş vaxtları | 30 saat | 24 saat | 1.25x |
| 30x HiFi İnsan Genomları / İl | 88 | 1300 | 15x ümumilikdə |
Xidmət üstünlükləri
● Müxtəlif növləri olan minlərlə qapalı layihə olan Pacbio ardıcıllıq platformasında 8 ildən çox təcrübəsi.
● Kifayət qədər ardıcıllıqla davam edən ən son Pacbio ardıcıllıq platformaları, revio ilə tam təchiz olunmuşdur.
● Daha sürətli dönmə vaxtı, daha yüksək məlumatlar və daha dəqiq məlumatlar.
● Yüzlərlə yüksək təsirli pacbio əsaslı nəşrlərdə töhfə verdi.
Nümunə tələbləri
| Nümunə növü | Miqdar | Konsentrasiya (QUBİT ®) | Həcm | Saflıq | Digərləri |
| Genomik dna | Məlumat tələbindən asılıdır | ≥50 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.2; OD260 / 230 = 1.8-2.5; 260 nm-də zirvəsi təmizləyin,heç bir çirklənmə yoxdur | Konsentrasiyanı QUBİB və QUBİB / NANOPORE = 0.8-2.5 ilə ölçmək lazımdır |
| Cəmi rna | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5;heç bir çirklənmə yoxdur | Rin dəyəri ≥7.5 5≥28S / 18s≥1 |
Xidmət iş axını
Nümunə hazırlığı
Kitabxana inşası
Ardıcıllıq
Məlumat təhlili
Layihə tədarükü
1.IN-ev məlumatları gəlir
63 CCS hüceyrəsindən (26 növdən) yaradılan məlumatlar
| Məlumat-Pacbio-ccs-15 KB | Orta | Maksimum | Dəq | Median |
| Gəlir - Subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeraz n50 | 145,651 | 175.430 | 118,118 | 144,689 |
| SUBREADS N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| Ccs n50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Orta uzunlu polemeraza | 67,995 | 89,379 | 49,6644 | 66,433 |
| Orta uzunluğa yarpaqlar | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Orta uzunluğu cc | 14,489 | 19,074 | 8.575 | 14,655 |
16 CLR hüceyrələrindən (76 növdən) yaradılan məlumatlar
| Məlumat-pacbio-CLR-30kb | Orta | Maksimum | Dəq | Median |
| Gəlir - Subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimeraz n50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| SUBREADS N50 | 28.490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Orta uzunlu polemeraza | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21.555 |
| Orta uzunluğa yarpaqlar | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - DemoMəlumat gəlirləri haqqında statistika
| Nümunə | ccs num oxuyur | CƏMİ CCS bazaları (BP) | CCS N50 (BP) oxuyur | CCS orta uzunluğu (BP) | CCS ən uzun oxu (BP) | SUBREADS BALES (BP) | CCS dərəcəsi (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,1222,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
