Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı -PacBio
Xüsusiyyətlər
● Poli-A mRNT-dən cDNT sintezi, sonra kitabxananın hazırlanması
● CCS rejimində ardıcıllıq, HiFi oxunuşlarının yaradılması
● Tammetrajlı transkriptlərin ardıcıllığı
● Təhlil üçün istinad genomu tələb olunmur; lakin istifadə oluna bilər
● Bioinformatik analiz transkriptlərin izoform lncRNA, gen birləşmələri, poliadenilasiya və gen strukturunun təhlilinə imkan verir
Xidmət Üstünlükləri
●Yüksək Dəqiqlik: HiFi NGS ilə müqayisə edilə bilən >99,9% (Q30) dəqiqliklə oxuyur
● Alternativ Splicing Analizi: bütün transkriptlərin ardıcıllığı izoformun identifikasiyası və xarakterləşdirilməsinə imkan verir
●Geniş Ekspertiza: 1100-dən çox PacBio tammetrajlı transkriptom layihəsini tamamlamaq və 2300-dən çox nümunəni emal etmək təcrübəsi ilə komandamız hər bir layihəyə zəngin təcrübə gətirir.
●Satışdan sonra dəstək: öhdəliyimiz 3 aylıq satış sonrası xidmət müddəti ilə layihənin tamamlanmasından kənara çıxır. Bu müddət ərzində biz nəticələrlə bağlı istənilən sualları həll etmək üçün layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması üçün yardım və sual-cavab sessiyaları təklif edirik.
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
| Kitabxana | Ardıcıllıq strategiyası | Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə Nəzarət |
| PolyA zənginləşdirilmiş mRNA CCS kitabxanası | PacBio davamı II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Nümunə tələbləri:
Nukleotidlər:
● Bitkilər:
Kök, gövdə və ya ləçək: 450 mq
Yarpaq və ya toxum: 300 mq
Meyvə: 1,2 q
● Heyvan:
Ürək və ya bağırsaq: 300 mq
Daxili orqanlar və ya beyin: 240 mq
Əzələ: 450 mq
Sümük, Saç və ya Dəri: 1 q
● Buğumayaqlılar:
həşəratlar: 6 q
xərçəngkimilər: 300 mq
● Tam qan: 1 boru
● Hüceyrələr: 106 hüceyrələr
| Kons.(ng/μl) | Məbləğ (μg) | Saflıq | Dürüstlük |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur. | Bitkilər üçün: RIN≥7,5; Heyvanlar üçün: RIN≥8.0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Göndərmə:
1. Quru buz: Nümunələr torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
2. RNT-stabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.
Xidmət İş Akışı
Eksperiment dizaynı
Nümunə çatdırılması
RNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● Alternativ Poliadenilasiya Analizi (APA)
● Fusion transkript analizi
● Alternativ Splicing Analizi
● Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) təhlili müqayisəsi
● Yeni transkript təhlili: kodlaşdırma ardıcıllığının proqnozlaşdırılması (CDS) və funksional annotasiya
● lncRNA analizi: lncRNA və hədəflərin proqnozlaşdırılması
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO təhlili
Alternativ Splicing Analizi
Alternativ Poliadenilasiya Analizi (APA)
Yeni transkriptlərin funksional annotasiyası
Bu xüsusi nəşrdə BMKGene-nin Nanopore tam uzunluqlu mRNA sıralama xidmətləri ilə təmin edilən irəliləyişləri araşdırın.
Ma, Y. et al. (2023) 'Nemopilema Nomurai venom identifikasiyası üçün PacBio və ONT RNT sıralama üsullarının müqayisəli təhlili', Genomics, 115(6), səh. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. və başqaları. (2019) 'Populus kök transkriptomunun inkişaf dinamikası', Bitki Biotexnologiyası Jurnalı, 17(1), səh. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Aktinidiya latifolia (Askorbatla Zəngin Meyvə Məhsulu) və Əlaqədar Molekulyar Mexanizmlərin Meyvə İnkişafı və Yetişməsi zamanı Askorbin turşusunun tərkibindəki dinamik dəyişikliklər', Beynəlxalq Molekulyar Elmlər Jurnalı, 23(10), səh. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. və başqaları. (2022) 'Paris polifilində bioaktiv polifilinlərdə iştirak edən biosintetik yol genlərinin effektiv proqnozu', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), səh. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptomu və Sitokrom P450 Genlərinin Qarışıq PacBio Iso-Seq və Illumina RNT-Seq Analizi', Insects, 14(4), səh. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun və başqaları. (2019) 'Ricinus communis-də risinoleik turşu biosintezinin daha yaxşı başa düşülməsi üçün Illumina RNT ardıcıllığı ilə birləşdirilmiş PacBio tək molekullu real vaxt analizindən istifadə edərək transkriptomun mürəkkəbliyinin tədqiqi', BMC Genomics, 20(1), səh. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
