Müqayisəli genomika
Xidmət Üstünlükləri
●Geniş Ekspertiza və nəşr qeydləri: yığılmış, BMKGene 90-dan çox müqayisəli genomika layihəsini tamamladı, məcmu təsir faktoru 900-ə çatdı.
●Hərtərəfli bioinformatika təhlili: təhlillər paketi yaxşı tərtib edilmiş dərc olunmağa hazır rəqəmləri təmin edən və nəticələrin asan şərhinə imkan verən ən çox tələb olunan səkkiz təhlili ehtiva edir.
●Yüksək ixtisaslı bioinformatika komandası və qısa analiz dövrü: Müqayisəli genomik analizdə böyük təcrübəyə malik olan BMKGene komandası qısa müddət ərzində müxtəlif fərdiləşdirilmiş analiz tələblərini yerinə yetirir.
●Satışdan sonra dəstək:Bizim öhdəliyimiz 3 aylıq satış sonrası xidmət müddəti ilə layihənin tamamlanmasından kənara çıxır. Bu müddət ərzində biz nəticələrlə bağlı istənilən sualları həll etmək üçün layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması üçün yardım və sual-cavab sessiyaları təklif edirik.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Təxmini dönüş vaxtı | Növlərin sayı | Təhlil edir |
| 30 iş günü | 6 - 12 | Gen ailəsinin qruplaşması Gen ailəsinin genişlənməsi və büzülməsi Filogenetik ağac quruluşu Divergensiya vaxtının hesablanması (Fossil kalibrlənməsi tələb olunur) LTR daxiletmə vaxtı (bitkilər üçün) Bütün genomun təkrarlanması (bitkilər üçün) Seçici təzyiq Sinteniya təhlili |
Bioinformatika analizləri
● Gen ailəsi
● Filogenetika
● Divergensiya vaxtı
● Seçici təzyiq
● Sinteniya təhlili
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
Genom ardıcıllığı və yığılması üçün toxuma və ya DNT
Doku üçün
| Növlər | Doku | Sorğu | PacBio CCS |
| Heyvan | Viseral toxuma | 0,5 ~ 1 q | ≥ 3,5 q |
| Əzələ toxuması | |||
| ≥ 5,0 q | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Məməli qanı | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Quş əti/balıq qanı | |||
| bitki | Təzə yarpaq | 1 ~ 2 q | ≥ 5,0 q |
| Ləçək/gövdə | 1 ~ 2 q | ≥ 10,0 q | |
| Kök/Toxum | 1 ~ 2 q | ≥ 20,0 q | |
| Hüceyrələr | Mədəni hüceyrə | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Yaxından əlaqəli növlərin genom ardıcıllığı faylları (.fasta) və annotasiya faylları (.gff3)
Xidmət İş Akışı
Eksperiment dizaynı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
*Burada göstərilən demo nəticələrinin hamısı Biomarker Technologies ilə nəşr olunan genomlardandır
1.LTR daxil etmə vaxtının təxmini: Şəkil digər növlərlə müqayisədə Weining çovdar genomunda LTR-RT-lərin daxil olma müddətlərində unikal bimodal paylanmanı göstərir. Ən son zirvə təxminən 0,5 milyon il əvvəl ortaya çıxdı.
Li Guang və başqaları,Təbiət Genetikası, 2021
2. Çayote (Sechium edule) üzərində filogeniya və gen ailəsi təhlili : Çayote və gen ailəsindəki digər 13 əlaqəli növün təhlili ilə Chayote'nin ilan balqabağı (Trichosanthes anguina) ilə ən yaxın əlaqəli olduğu aşkar edildi. Təxminən 27-45 Mya-da ilan balqabağından əldə edilən çayot və bütün genom duplikasiyası (WGD) 25±4 Mya-da çayotda müşahidə edildi ki, bu da cucuibitaceae-də üçüncü WGD hadisəsidir.
Fu A və başqaları,Bağçılıq Tədqiqatı, 2021
3.Sinteniya analizi: Meyvənin inkişafında fitohormonlarla əlaqəli bəzi genlər çayot, ilan balqabaq və balqabaqda aşkar edilmişdir. Çayote və squash arasındakı əlaqə çayote və ilan balqabağı arasındakı əlaqədən bir qədər yüksəkdir.
Fu A və başqaları,Bağçılıq Tədqiqatı, 2021
4.Gen ailəsi təhlili: G.thurberi və G.davidsonii genomlarında gen ailəsinin genişlənməsi və büzülməsi üzrə KEGG zənginləşdirilməsi steroid biosintezi və brassinosteroid biosintezi ilə əlaqəli genlərin genişləndiyini göstərdi.
Yang Z və başqaları,BMC Biologiyası, 2021
5.Bütün genom duplikasiyasının təhlili: 4DTV və Ks paylama analizi bütün genom təkrarlanması hadisəsini göstərdi. Növ daxili zirvələri təkrarlanma hadisələrini göstərdi. Növlərarası zirvələr növləşmə hadisələrini göstərir. Təhlil göstərdi ki, digər üç yaxın növlə müqayisədə O. europaea daha yaxınlarda geniş miqyaslı gen duplikasiyasından keçib.
Rao G və başqaları,Bağçılıq Tədqiqatı, 2021
BMK işi
Qıvrımsız gül: nəm uyğunlaşması ilə əlaqəli genomik anlayışlar
Nəşr olundu: Milli Elm İcmalı, 2021
Ardıcıllıq strategiyası:
'Basye'stikansız' (R.Wichurainan) genom:
təqribən. 93 X PacBio + təqribən. 90 X Nanopor + 267 X Illumina
Əsas nəticələr
1.Yüksək keyfiyyətli R.wichuraiana genomu 530.07 Mb (Təxmini genom ölçüsü axın sitometriyası ilə təxminən 525.9 Mb və genom sorğusu ilə 525.5 Mb) əldə edən uzun müddət oxunan ardıcıllaşdırma üsullarından istifadə edilməklə qurulmuşdur； Heterozislik %3.0. BUSCO-nun təxmin etdiyi balı 93,9% təşkil edib. “Old blush” (haploOB) ilə müqayisədə bu genomun keyfiyyəti və tamlığı əsas tək əsaslı dəqiqlik və LTR montaj indeksi (LAI=20.03) ilə təsdiq edilmişdir. R.wichuraiana genomunda 32.674 protein kodlayan gen var.
2.Müqayisəli genomika, transkriptomika, genetik populyasiyanın QTL analizindən ibarət multi-omik birgə analiz R.wichuraiana və Rosa chinensis arasında həlledici spesifikasiyanı aşkar etdi. Həmçinin, QTL-də əlaqəli genlərin ifadə variasiyası, çox güman ki, gövdə tıxanması nümunəsi ilə əlaqəli idi.
Basye;s Thornless və Rosa chinensis arasında sinten analizi, gen ailəsi klasteri, genişlənmə və büzülmə analizi daxil olmaqla müqayisəli genomik analiz qızılgüllərdə mühüm əlamətlərlə əlaqəli çoxlu sayda variasiya aşkar etdi. NAC və FAR1/FRS gen ailəsindəki unikal genişlənmə, çox güman ki, qara nöqtəyə qarşı müqavimətlə əlaqəli idi.
BT və haploOB genomları arasında müqayisəli genomik analiz.
Zhong, M. , et al. "Dişsiz qızılgül: nəm uyğunlaşması ilə əlaqəli genomik anlayışlar"Milli Elm İcmalı, 2021;, nwab092.
