BMKMANU S3000_Spatial Transkriptom
BMKMANU S3000 Spatial Transkriptom Texniki Sxemi
Xüsusiyyətlər
- Qətnamə: 3.5 µM
- Ləkənin diametri: 2,5 µM
- Ləkələrin sayı: təxminən 4 milyon
- 3 mümkün çəkmə sahəsi formatı: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm və ya 15 mm * 20 mm
- Hər barkodlu muncuq 4 hissədən ibarət primerlərlə yüklənir:
• mRNA-nın hazırlanması və cDNA sintezi üçün poli(dT) quyruğu,
• Amplifikasiya meylini düzəltmək üçün Unikal Molekulyar İdentifikator (UMI).
• Məkan barkod
• Qismən oxunan 1 ardıcıllıq primerinin bağlama ardıcıllığı
- Bölmələrin H&E və floresan boyanması
- Hüceyrə seqmentasiyası texnologiyasından istifadə etmək imkanı: hər bir hüceyrənin sərhədlərini müəyyən etmək və hər hüceyrəyə gen ifadəsini düzgün təyin etmək üçün H&E boyanması, flüoresan boyama və RNT ardıcıllığının inteqrasiyası. Hüceyrə qutusuna əsaslanan aşağı axın məkan profilinin təhlili işlənir.
- Çoxsəviyyəli ayırdetmə analizinə nail olmaq mümkündür: Müxtəlif toxuma xüsusiyyətlərini optimal qətnamə ilə həll etmək üçün 100um ilə 3,5 um arasında dəyişən çevik çoxsəviyyəli analiz.
BMKMANU S3000-in üstünlükləri
-Tutma nöqtələrinin ikiqat artması 4 milyona çatır: 3,5 uM təkmilləşdirilmiş ayırdetmə qabiliyyəti ilə, hüceyrə başına daha yüksək gen və UMI aşkarlanmasına səbəb olur. Bu, toxumaların strukturuna uyğun gələn daha incə detallarla transkripsiya profillərinə əsaslanan hüceyrələrin təkmilləşdirilmiş qruplaşması ilə nəticələnir.
- Hüceyrəaltı ayırdetmə:Hər bir tutma sahəsi 2,5 µm diametrli və ləkə mərkəzləri arasında 5 µm məsafəyə malik >2 milyon məkan Barkodlu Ləkələrdən ibarət idi ki, bu da hüceyrəaltı rezolyusiyaya (5 µm) malik məkan transkriptom analizinə imkan verir.
-Çox səviyyəli qətnamə təhlili:Müxtəlif toxuma xüsusiyyətlərini optimal qətnamə ilə həll etmək üçün 100 μm ilə 5 μm arasında dəyişən çevik çoxsəviyyəli analiz.
-“Bir slaydda üç” hüceyrə seqmentasiya texnologiyasından istifadə etmək imkanı:fluoressensiya ilə boyanma, H&E boyanması və RNT ardıcıllığını bir slaydda birləşdirən "üç-birdə" analiz alqoritmimiz sonrakı hüceyrə əsaslı transkriptomikalar üçün hüceyrə sərhədlərinin müəyyən edilməsinə imkan verir.
-Çoxlu ardıcıllıq platformaları ilə uyğun gəlir: həm NGS, həm də uzun müddət oxunan ardıcıllıq mövcuddur.
-1-8 aktiv tutma sahəsinin çevik dizaynı: çəkiliş sahəsinin ölçüsü çevikdir, 3 formatdan istifadə etmək mümkündür (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm və 15 mm * 20 mm)
-Bir pəncərə xidməti: bütün təcrübə və bacarıqlara əsaslanan addımları, o cümlədən krio-bölmə, rəngləmə, toxuma optimallaşdırması, məkan barkodlaşdırma, kitabxana hazırlığı, ardıcıllıq və bioinformatika daxildir.
-Hərtərəfli bioinformatika və nəticələrin istifadəçi dostu vizuallaşdırılması:paketə 29 analiz və 100-dən çox yüksək keyfiyyətli rəqəmlər daxildir və hüceyrə parçalanması və ləkə klasterini vizuallaşdırmaq və fərdiləşdirmək üçün daxili işlənmiş proqram təminatının istifadəsi ilə birlikdə.
-Fərdi məlumatların təhlili və vizuallaşdırılması: müxtəlif tədqiqat sorğuları üçün mövcuddur
-Yüksək ixtisaslı texniki komanda: insan, siçan, məməli, balıq və bitkilər daxil olmaqla 250-dən çox toxuma növü və 100-dən çox növdə təcrübə ilə.
-Bütün layihə üzrə real vaxt yeniləmələri: eksperimental tərəqqiyə tam nəzarət ilə.
-Tək hüceyrəli mRNA ardıcıllığı ilə isteğe bağlı birgə analiz
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Nümunə tələbləri | Kitabxana | Ardıcıllıq Strategiyası | Data Tövsiyə olunur | Keyfiyyətə Nəzarət |
| OCT-də quraşdırılmış krio nümunələri (Optimal diametr: təqribən. 6×6×6 mm³) Hər nümunə üçün 2 blok 1 sınaq üçün, 1 ehtiyat üçün | S3000 cDNA Kitabxanası | Illumina PE150 | 100υM (250 Gb) üçün 160K PE oxunuşu | RIN > 7 |
Nümunə hazırlama təlimatı və xidmətin iş prosesi haqqında ətraflı məlumat üçün lütfən, a ilə danışınBMKGENE mütəxəssisi
Xidmət İş Akışı
Nümunə hazırlamaq mərhələsində yüksək keyfiyyətli RNT-nin əldə edilməsini təmin etmək üçün ilkin toplu RNT ekstraksiya sınağı aparılır. Doku optimallaşdırma mərhələsində bölmələr rənglənir və vizuallaşdırılır və toxumadan mRNT-nin buraxılması üçün keçiricilik şərtləri optimallaşdırılır. Optimallaşdırılmış protokol daha sonra kitabxananın qurulması zamanı tətbiq edilir, ardınca ardıcıllıq və məlumatların təhlili aparılır.
Tam xidmət iş axını layihənin hamar icrasını təmin edərək, cavab reaksiyası dövrəsini saxlamaq üçün real vaxt yeniləmələri və müştəri təsdiqlərini əhatə edir.
BMKMANU S3000 tərəfindən yaradılan məlumatlar, BMKGENE tərəfindən müstəqil olaraq hazırlanmış, hüceyrə səviyyəsi və çoxsəviyyəli ayırdetmə Gen İfadə Matrisi yaradan "BSTMatrix" proqram təminatından istifadə etməklə təhlil edilir. Oradan verilənlərin keyfiyyətinə nəzarət, daxili nümunə təhlili və qruplararası təhlili ehtiva edən standart hesabat yaradılır.
- Məlumatların Keyfiyyətinə Nəzarət:
- Məlumat çıxışı və keyfiyyət xalının paylanması
- Hər nöqtədə gen aşkarlanması
- Doku örtüyü
- Daxili nümunə analizi:
- Gen zənginliyi
- Spot klasterləşdirmə, o cümlədən azaldılmış ölçü təhlili
- Klasterlər arasında diferensial ifadə təhlili: marker genlərinin identifikasiyası
- Funksional annotasiya və marker genlərinin zənginləşdirilməsi
- Qruplararası təhlil
- Hər iki nümunədən ləkələrin yenidən birləşməsi (məsələn, xəstə və nəzarət) və yenidən çoxluq
- Hər klaster üçün marker genlərinin müəyyən edilməsi
- Funksional annotasiya və marker genlərinin zənginləşdirilməsi
- Qruplar arasında eyni klasterin diferensial ifadəsi
Bundan əlavə, BMKGene tərəfindən hazırlanmış "BSTViewer" istifadəçiyə müxtəlif qətnamələrdə gen ifadəsini və ləkə klasterini vizuallaşdırmağa imkan verən istifadəçi dostu bir vasitədir.
BMKGene dəqiq bir hücrəli rezolyusiyada (100um-dan 3.5um-a qədər hüceyrə qutusu və ya çoxsəviyyəli kvadrat qutuya əsaslanaraq) məkan profilinin yaradılması xidmətləri təklif edir.
S3000 slaydındakı toxuma bölmələrindən məkan profili məlumatları aşağıdakı kimi yaxşı yerinə yetirildi.
Case study 1: Siçan beyni
S3000 ilə siçan beyni bölməsinin təhlili hüceyrə başına ~ 2000 genin orta ardıcıllığı ilə ~ 94 000 hüceyrənin müəyyən edilməsi ilə nəticələndi. Təkmilləşdirilmiş 3,5 uM ayırdetmə qabiliyyəti, beynin fərqli strukturlarını təqlid edən hüceyrə qrupları ilə transkripsiya nümunələri əsasında hüceyrələrin çox ətraflı qruplaşdırılması ilə nəticələndi. Bu, demək olar ki, yalnız boz və ağ maddədə yerləşən oliqodendrositlər və mikroglia hüceyrələri kimi qruplaşdırılmış hüceyrələrin paylanmasını vizuallaşdırmaqla asanlıqla müşahidə olunur.
Case study 2: Siçan embrionu
S3000 ilə siçan embrion bölməsinin təhlili hüceyrə başına ~1600 gendən ibarət median ardıcıllıqla ~2200 000 hüceyrənin müəyyən edilməsi ilə nəticələndi. Təkmilləşdirilmiş 3,5 uM ayırdetmə, transkripsiya nümunələri əsasında hüceyrələrin çox təfərrüatlı qruplaşması ilə nəticələndi, göz bölgəsində 12 klaster və beyin bölgəsində 28 çoxluq.
Daxili Nümunə Analizi Hüceyrə qruplaşması:
Marker genlərinin identifikasiyası və məkan paylanması:
- daha yüksək hüceyrəaltı rezolyusiya: S1000 slaydı ilə müqayisədə, S3000-in hər bir tutma sahəsi 2,5 µm diametrli və ləkə mərkəzləri arasında 3,5 µm məsafədə > 4 milyon məkan Barkodlu Ləkələrdən ibarət idi, bu da daha yüksək hüceyrəaltı rezolyusiya ilə məkan transkriptom analizinə imkan verir. (kvadrat qutu: 3,5 µm).
- Daha yüksək tutma səmərəliliyi: S1000 slayd ilə müqayisədə, Median_UMI 30%-dən 70%-ə, Median_Gene 30%-dən 60%-ə yüksəlir
S1000 çipinin sxemi:
S3000 çipinin sxemi:
