BMKMANU S1000 Məkan Transkriptomu
BMKMANU S1000 Məkan Transkriptomu Texniki Sxemi
Xüsusiyyətlər
● Qətnamə: 5 µM
● Ləkənin diametri: 2,5 µM
● Ləkələrin sayı: təxminən 2 milyon
● 3 mümkün çəkmə sahəsi formatı: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm və ya 15 mm * 20 mm
● Hər barkodlu muncuq 4 bölmədən ibarət primerlərlə yüklənir:
mRNA-nın hazırlanması və cDNA sintezi üçün poli(dT) quyruğu
Gücləndirmə meylini düzəltmək üçün Unikal Molekulyar İdentifikator (UMI).
Məkan barkod
Qismən oxunan 1 ardıcıllıq primerinin bağlama ardıcıllığı
● H&E və bölmələrin flüoresan rənglənməsi
● istifadə etmək imkanıhüceyrə seqmentasiyası texnologiyası: hər bir hüceyrənin sərhədlərini müəyyən etmək və hər hüceyrəyə gen ifadəsini düzgün təyin etmək üçün H&E boyanması, flüoresan boyama və RNT ardıcıllığının inteqrasiyası.
BMKMANU S1000-in üstünlükləri
●Hüceyrəaltı qətnamə: Hər bir tutma sahəsi 2,5 µm diametrli və ləkə mərkəzləri arasında 5 µm məsafəyə malik >2 milyon məkan Barkodlu Ləkələrdən ibarət idi ki, bu da hüceyrəaltı rezolyusiya ilə (5 µm) məkan transkriptom analizini həyata keçirməyə imkan verir.
●Çoxsəviyyəli Qətnamə Təhlili:Müxtəlif toxuma xüsusiyyətlərini optimal qətnamə ilə həll etmək üçün 100 μm ilə 5 μm arasında dəyişən çevik çoxsəviyyəli analiz.
●“Bir slaydda üç” Hüceyrə Seqmentasiyası Texnologiyasından istifadə etmək imkanı:Bir slaydda flüoresan boyama, H&E boyanma və RNT ardıcıllığını birləşdirərək, "üç birində" analiz alqoritmimiz sonrakı hüceyrə əsaslı transkriptomikalar üçün hüceyrə sərhədlərinin müəyyən edilməsinə imkan verir.
●Birdən çox ardıcıllıq platforması ilə uyğun gəlir: Həm NGS, həm də uzun müddət oxunan ardıcıllıq mövcuddur.
●1-8 Aktiv Tutma Sahəsinin Çevik Dizaynı: Çəkmə sahəsinin ölçüsü çevikdir, 3 formatdan istifadə etmək mümkündür (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm və 15 mm * 20 mm)
●Bir pəncərə xidməti: O, bütün təcrübə və bacarıqlara əsaslanan addımları, o cümlədən krio-bölmə, rəngləmə, toxuma optimallaşdırması, məkan barkodlaşdırma, kitabxana hazırlığı, ardıcıllıq və bioinformatikanı birləşdirir.
●Hərtərəfli Bioinformatika və Nəticələrin İstifadəçi üçün Rahat Görünüşü:paketə 29 analiz və 100-dən çox yüksək keyfiyyətli rəqəmlər daxildir və hüceyrə parçalanması və ləkə klasterini vizuallaşdırmaq və fərdiləşdirmək üçün daxili işlənmiş proqram təminatının istifadəsi ilə birlikdə.
●Fərdi məlumatların təhlili və vizuallaşdırılması: müxtəlif tədqiqat sorğuları üçün mövcuddur
●Yüksək ixtisaslı Texniki Komanda: insan, siçan, məməli, balıq və bitkilər daxil olmaqla 250-dən çox toxuma növü və 100-dən çox növdə təcrübə ilə.
●Bütün Layihə üzrə real vaxt yeniləmələri: eksperimental tərəqqiyə tam nəzarət ilə.
●Təkhüceyrəli mRNT Sıralaması ilə Könüllü Birgə Təhlil
Xidmət Xüsusiyyətləri
|
Nümunə Tələblər
| Kitabxana |
Ardıcıllıq strategiyası
| Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə Nəzarət |
| OCT-də quraşdırılmış krio nümunələri, hər nümunə üçün 3 blok | S1000 cDNA kitabxanası | Illumina PE150 (digər platformalar mövcuddur) | 100 uM başına 100K PE oxuyur (60-150 Gb) | RIN>7 |
Nümunə hazırlama təlimatı və xidmətin iş prosesi haqqında ətraflı məlumat üçün lütfən, a ilə danışınBMKGENE mütəxəssisi
Xidmət İş Akışı
Nümunə hazırlamaq mərhələsində yüksək keyfiyyətli RNT-nin əldə edilməsini təmin etmək üçün ilkin toplu RNT ekstraksiya sınağı aparılır. Doku optimallaşdırma mərhələsində bölmələr rənglənir və vizuallaşdırılır və toxumadan mRNT-nin buraxılması üçün keçiricilik şərtləri optimallaşdırılır. Optimallaşdırılmış protokol daha sonra kitabxananın qurulması zamanı tətbiq edilir, ardınca ardıcıllıq və məlumatların təhlili aparılır.
Tam xidmət iş axını layihənin hamar icrasını təmin edərək, cavab reaksiyası dövrəsini saxlamaq üçün real vaxt yeniləmələri və müştəri təsdiqlərini əhatə edir.
BMKMANU S1000 tərəfindən yaradılan məlumatlar BMKGENE tərəfindən müstəqil olaraq hazırlanmış və Gen İfadə Matrisi yaradan "BSTMatrix" proqram təminatından istifadə etməklə təhlil edilir. Oradan verilənlərin keyfiyyətinə nəzarət, daxili nümunə təhlili və qruplararası təhlili ehtiva edən standart hesabat yaradılır.
● Məlumatın Keyfiyyətinə Nəzarət:
Məlumat çıxışı və keyfiyyət xalının paylanması
Nöqtə başına gen aşkarlanması
Doku örtüyü
● Daxili nümunə analizi:
Gen zənginliyi
Spot klasterləşdirmə, o cümlədən azaldılmış ölçü təhlili
Klasterlər arasında diferensial ifadə təhlili: marker genlərinin identifikasiyası
Funksional annotasiya və marker genlərinin zənginləşdirilməsi
● Qruplararası təhlil:
Hər iki nümunədən ləkələrin yenidən birləşməsi (məsələn, xəstə və nəzarət) və yenidən çoxluq
Hər klaster üçün marker genlərinin identifikasiyası
Funksional annotasiya və marker genlərinin zənginləşdirilməsi
Qruplar arasında eyni klasterin diferensial ifadəsi
Bundan əlavə, BMKGENE tərəfindən hazırlanmış "BSTViewer" istifadəçiyə müxtəlif qətnamələrdə gen ifadəsini və ləkə klasterini vizuallaşdırmağa imkan verən istifadəçi dostu bir vasitədir.
BMKGene istifadəçi dostu vizuallaşdırma üçün proqram hazırlayıb
BSTViewer çoxsəviyyəli rezolyusiyada ləkə qruplaşması
BSTCellViewer: hüceyrənin avtomatik və əllə bölünməsi
Daxili nümunə təhlili
Spot qruplaşması:
Marker genlərinin identifikasiyası və məkan paylanması:
Qruplararası təhlil
Hər iki qrupdan və yenidən çoxluqdan verilənlərin birləşməsi:
Yeni klasterlərin marker genləri:
Bu xüsusi nəşrdə BMKManu S1000 texnologiyası ilə BMKGene-nin məkan transkriptomikası xidmətlərinin təmin etdiyi irəliləyişləri araşdırın:
Song, X. et al. (2023) 'Məkan transkriptomikası pomidor kallusunda tumurcuqların regenerasiyasını təşviq etməkdə iştirak edən işığın səbəb olduğu xlorenxima hüceyrələrini aşkar edir',Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının Materialları, 120(38), səh. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Siz, Y. və b. (2023) 'Ardıcıllığa əsaslanan məkan transkriptomik üsulların sistemli müqayisəsi',bioRxiv, səh. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
