تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) أحادي النواة
المخطط الفني
يتم تحقيق عزل النوى بواسطة 10× Genomics Chromium™، والذي يتكون من نظام ميكروفلويديك ثماني قنوات مع معابر مزدوجة. في هذا النظام، يتم تغليف حبات هلامية تحتوي على رموز شريطية وتمهيدية وإنزيمات ونواة واحدة في قطرة زيت بحجم النانوليتر، مما يؤدي إلى توليد مستحلب هلامي (GEM). بمجرد تشكيل GEM، يتم تنفيذ تحلل الخلايا وإطلاق الباركود في كل GEM. يتم نسخ mRNA بشكل عكسي إلى جزيئات cDNA مع 10 × باركود وUMI، والتي تخضع أيضًا لبناء مكتبة التسلسل القياسي.
سمات
● تحضير تعليق أحادي النواة من الأنسجة المجمدة
● تشكيل هلام حبة في مستحلب (GEM) تليها تخليق [كدنا].
● يتم تحميل كل حبة في GEM ببادئات مكونة من 4 أقسام:
ذيل بولي (dT) لتحضير mRNA وتوليف [كدنا]،
المعرف الجزيئي الفريد (UMI) لتصحيح تحيز التضخيم
10x الباركود
تسلسل ملزم للقراءة الجزئية 1 التمهيدي التسلسل
المزايا
يتغلب تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) أحادي النواة على قيود تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) أحادي الخلية، مما يتيح ما يلي:
● استخدام العينات المجمدة وعدم الاقتصار على العينات الطازجة فقط
● انخفاض ضغط الخلايا المجمدة بالمقارنة مع العلاج الأنزيمي للخلايا الطازجة، وهو ما ينعكس في بيانات النسخ في شكل جينات أقل إجهادًا
● لا حاجة لإزالة خلايا الدم الحمراء مسبقًا
● قطر الخلية غير محدود
● مجموعة كبيرة من العينات المؤهلة للتحليل، بما في ذلك أنواع الأنسجة المعقدة والهشة المعرضة لتكتل الخلايا أو تدميرها أثناء تفكك الأنسجة
العينات التي لا يمكن تحليلها بواسطة تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) للخلية الواحدة وتكون مؤهلة لتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) للنواة الفردية:
| الخلية / الأنسجة | سبب |
| الأنسجة المجمدة غير الطازجة | غير قادر على الحصول على المنظمات الجديدة أو المحفوظة منذ فترة طويلة |
| الخلايا العضلية، الخلايا الكبيرة، الدهون… | قطر الخلية كبير جدًا بحيث لا يمكن دخوله إلى الجهاز |
| الكبد… | هشة للغاية بحيث لا يمكن كسرها، وغير قادرة على التمييز بين الخلايا المفردة |
| الخلية العصبية، الدماغ… | أكثر حساسية، وسهلة للتأكيد، سوف تغير نتائج التسلسل |
| البنكرياس والغدة الدرقية… | غني بالإنزيمات الداخلية، مما يؤثر على إنتاج معلق الخلية الواحدة |
نواة واحدة مقابل خلية واحدة
| نواة واحدة | خلية واحدة |
| قطر الخلية غير محدود | قطر الخلية: 10-40 ميكرومتر |
| يمكن تجميد المواد الأنسجة | يجب أن تكون المادة أنسجة طازجة |
| انخفاض ضغط الخلايا المجمدة | قد يسبب العلاج الإنزيمي تفاعل إجهاد الخلية |
| لا يلزم إزالة خلايا الدم الحمراء | من الضروري إزالة خلايا الدم الحمراء |
| النووية تعبر عن المعلومات الحيوية | الخلية بأكملها تعبر عن المعلومات الحيوية |
تحديد
| متطلبات العينة | مكتبة | استراتيجية التسلسل | البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| الأنسجة الحيوانية ≥ 200 ملغ الأنسجة النباتية ≥ 400 ملغ | 10X مكتبة الجينوم sn [كدنا]. | الومينا PE150 | 100K PE يقرأ لكل خلية (100-200 جيجابايت) | تمت ملاحظة 700-1200 نواة/ميكروليتر وسلامة النوى تحت المجهر |
لمزيد من التفاصيل حول إرشادات إعداد العينات وسير عمل الخدمة، فلا تتردد في التحدث إلى أخبير بمكجين
تدفق عمل الخدمة
يتضمن التحليل التالي:
● مراقبة الجودة: عدد الخلايا، والكشف عن الجينات، والتحديد الدقيق للخلايا، وجزيئات الحمض النووي الريبي (RNA)، وتحديد كمية التعبير
● تحليل العينة الداخلية:
تجميع الخلايا والشرح العنقودي
تحليل التعبير التفاضلي: تحديد DEGs في المجموعات
الشرح الوظيفي وإثراء مجموعة DEGs
● التحليل المشترك بين المجموعات:
مزيج من البيانات
تحليل التعبير التفاضلي: تحديد DEGs في المجموعات
الشرح الوظيفي وإثراء مجموعة DEGs
● التحليل المتقدم:
تحليل دورة الخلية
تحليل الزمن الزائف
تحليل الاتصالات الخلوية (CellPhoneDB)
تحليل إثراء مجموعة الجينات (GSEA)
تحليل العينة الداخلية
تجميع الخلايا:
تحليل التعبير التفاضلي: مجموعة DEGs
التحليل بين المجموعات
تحليل التعبير التفاضلي: مجموعة DEGs
التحليل المتقدم:
تحليل الزمن الزائف:
تحليل دورة الخلية:
استكشف التطورات التي سهلتها خدمات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادية النواة من BMKGene بواسطة 10X Chromium في هذه المنشورات المميزة:
وانغ، L. وآخرون. (2021) "يكشف التحليل النسخي للخلية الواحدة عن المشهد المناعي للرئة في تفاقم الربو المقاوم للستيرويد"،وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية، 118(2)، ص. e2005590118. دوى: 10.1073/pnas.2005590118
تشنغ، H. وآخرون. (2022) "شبكة تنظيمية عالمية للتعبير الجيني غير المنظم والإشارات الأيضية غير الطبيعية في الخلايا المناعية في البيئة الدقيقة لمرض جريفز والتهاب الغدة الدرقية هاشيموتو"،الحدود في علم المناعة، 13، ص. 879824. دوى: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
تيان، H. وآخرون. (2023) "نسخة الخلية الواحدة تكشف عدم التجانس والاستجابات المناعية للكريات البيض بعد التطعيم بـ Edwardsiella tarda المعطل في السمك المفلطح (Paralichthys olivaceus)"،تربية الأحياء المائية، 566، ص. 739238. دوى: 10.1016 / J.AQUACULTURE.2023.739238.
يو، Y. وآخرون. (2023) "العلاج الديناميكي الضوئي يحسن نتائج مثبطات نقطة التفتيش المناعية عن طريق إعادة تشكيل المناعة المضادة للورم لدى المرضى المصابين بسرطان المعدة"،سرطان المعدة، 26(5)، الصفحات من 798 إلى 813. دوى: 10.1007/S10120-023-01409-X/متريكس.
