-
BMKMANU S3000_النسخ المكاني
يقف علم النسخ المكاني في طليعة الابتكار العلمي، حيث يمكّن الباحثين من التعمق في أنماط التعبير الجيني المعقدة داخل الأنسجة مع الحفاظ على سياقها المكاني. ومن بين المنصات المختلفة، قامت BMKGene بتطوير شريحة BMKManu S3000 Spatial Transcriptome، التي تتميز بدقة محسنة تبلغ 3.5 ميكرومتر، وتصل إلى النطاق دون الخلوي، وتتيح إعدادات الدقة متعددة المستويات. تستخدم شريحة S3000، التي تحتوي على ما يقرب من 4 ملايين نقطة، آبارًا صغيرة ذات طبقات من الخرز محملة بمسبارات التقاط مشفرة مكانيًا. يتم إعداد مكتبة cDNA، المخصبة بالرموز الشريطية المكانية، من شريحة S3000 ويتم تسلسلها لاحقًا على منصة Illumina NovaSeq. يضمن الجمع بين العينات المشفرة مكانيًا وUMIs دقة وخصوصية البيانات التي تم إنشاؤها. تتميز شريحة BMKManu S3000 بأنها متعددة الاستخدامات للغاية، حيث توفر إعدادات دقة متعددة المستويات يمكن ضبطها بدقة لتناسب الأنسجة المختلفة ومستويات التفاصيل المطلوبة. تعمل هذه القدرة على التكيف على وضع الشريحة كخيار رائع لدراسات النسخ المكاني المتنوعة، مما يضمن التجميع المكاني الدقيق بأقل قدر من الضوضاء. يتيح استخدام تقنية تجزئة الخلايا مع BMKManu S3000 تحديد حدود البيانات النصية إلى حدود الخلايا، مما يؤدي إلى تحليل له معنى بيولوجي مباشر. علاوة على ذلك، يؤدي تحسين دقة S3000 إلى زيادة عدد الجينات وUMIs المكتشفة لكل خلية، مما يتيح إجراء تحليل أكثر دقة لأنماط النسخ المكاني وتجميع الخلايا.
-
تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) أحادي النواة
إن تطوير تقنيات التقاط الخلايا المفردة وبناء المكتبات المخصصة، إلى جانب التسلسل عالي الإنتاجية، قد أحدث ثورة في دراسات التعبير الجيني على مستوى الخلية. يسمح هذا الاختراق بإجراء تحليل أعمق وأكثر شمولاً لمجموعات الخلايا المعقدة، والتغلب على القيود المرتبطة بمتوسط التعبير الجيني على جميع الخلايا والحفاظ على عدم التجانس الحقيقي داخل هذه المجموعات. في حين أن تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) لخلية واحدة (scRNA-seq) يتمتع بمزايا لا يمكن إنكارها، فإنه يواجه تحديات في بعض الأنسجة حيث يكون إنشاء تعليق خلية واحدة أمرًا صعبًا ويتطلب عينات جديدة. في BMKGene، نتعامل مع هذه العقبة من خلال تقديم تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) أحادي النواة (snRNA-seq) باستخدام تقنية 10X Genomics Chromium المتطورة. يعمل هذا النهج على توسيع نطاق العينات القابلة لتحليل النسخ على مستوى الخلية الواحدة.
يتم عزل النوى من خلال شريحة 10X Genomics Chromium المبتكرة، والتي تتميز بنظام ميكروفلويديك ثماني قنوات مع معابر مزدوجة. ضمن هذا النظام، يتم تغليف حبات الهلام التي تحتوي على الرموز الشريطية والبادئات والإنزيمات ونواة واحدة في قطرات زيت بحجم النانوليتر، لتشكل مستحلب هلامي (GEM). بعد تكوين GEM، يحدث تحلل الخلايا وإطلاق الباركود داخل كل GEM. بعد ذلك، تخضع جزيئات mRNA للنسخ العكسي إلى cDNAs، وتتضمن باركود 10X والمعرفات الجزيئية الفريدة (UMIs). يتم بعد ذلك إخضاع هذه cDNAs لبناء مكتبة التسلسل القياسي، مما يسهل استكشاف قوي وشامل لملفات تعريف التعبير الجيني على مستوى الخلية الواحدة.
المنصة: 10× منصة Genomics Chromium وIllumina NovaSeq
-
10x الجينوم فيزيوم النسخ المكاني
تعد النسخ المكانية تقنية متطورة تسمح للباحثين بالتحقيق في أنماط التعبير الجيني داخل الأنسجة مع الحفاظ على سياقها المكاني. إحدى المنصات القوية في هذا المجال هي 10x Genomics Visium مقترنة بتسلسل Illumina. يعتمد مبدأ 10X Visium على شريحة متخصصة ذات منطقة التقاط مخصصة حيث يتم وضع أقسام الأنسجة. تحتوي منطقة الالتقاط هذه على نقاط مشفرة، كل منها يتوافق مع موقع مكاني فريد داخل الأنسجة. يتم بعد ذلك تصنيف جزيئات الحمض النووي الريبي (RNA) التي تم التقاطها من الأنسجة بمعرفات جزيئية فريدة (UMIs) أثناء عملية النسخ العكسي. تتيح هذه البقع المرمزة وUMIs رسم الخرائط المكانية الدقيقة والتقدير الكمي للتعبير الجيني بدقة خلية واحدة. يضمن الجمع بين العينات المشفرة مكانيًا وUMIs دقة وخصوصية البيانات التي تم إنشاؤها. باستخدام تقنية النسخ المكاني هذه، يمكن للباحثين اكتساب فهم أعمق للتنظيم المكاني للخلايا والتفاعلات الجزيئية المعقدة التي تحدث داخل الأنسجة، مما يوفر رؤى لا تقدر بثمن حول الآليات الكامنة وراء العمليات البيولوجية في مجالات متعددة، بما في ذلك علم الأورام وعلم الأعصاب وعلم الأحياء التطوري وعلم المناعة. ، والدراسات النباتية.
المنصة: 10X Genomics Visium وIllumina NovaSeq
