-
التسلسل الميتاجينومي -NGS
الميتاجينوم عبارة عن مجموعة من إجمالي المادة الوراثية لمجتمع مختلط من الكائنات الحية، مثل الميتاجينوم البيئي والبشري. أنه يحتوي على جينومات الكائنات الحية الدقيقة القابلة للزراعة وغير القابلة للزراعة. يتيح تسلسل الميتاجينوم باستخدام بندقية NGS دراسة هذه المناظر الطبيعية الجينومية المعقدة المضمنة في العينات البيئية من خلال توفير أكثر من مجرد التنميط التصنيفي، مما يوفر أيضًا رؤى محببة حول تنوع الأنواع وديناميكيات الوفرة والهياكل السكانية المعقدة. إلى جانب الدراسات التصنيفية، تقدم الميتاجينوميات أيضًا منظورًا وظيفيًا للجينوم، مما يتيح استكشاف الجينات المشفرة وأدوارها المفترضة في العمليات البيئية. وأخيرا، فإن إنشاء شبكات الارتباط بين العناصر الوراثية والعوامل البيئية يساهم في فهم شامل للتفاعل المعقد بين المجتمعات الميكروبية وخلفيتها البيئية. في الختام، فإن التسلسل الميتاجينومي يمثل أداة محورية لكشف التعقيدات الجينومية للمجتمعات الميكروبية المتنوعة، وإلقاء الضوء على العلاقات متعددة الأوجه بين علم الوراثة والبيئة داخل هذه النظم البيئية المعقدة.
المنصات: Illumina NovaSeq وDNBSEQ-T7
-
التسلسل الميتاجينومي-TGS
الميتاجينوم عبارة عن مجموعة من المواد الوراثية لمجتمع مختلط من الكائنات الحية، مثل الميتاجينوم البيئي والبشري. أنه يحتوي على جينومات الكائنات الحية الدقيقة القابلة للزراعة وغير القابلة للزراعة. يتيح التسلسل الميتاجينومي دراسة هذه المناظر الجينومية المعقدة المضمنة في العينات البيئية من خلال توفير أكثر من مجرد ملفات تعريف تصنيفية. كما أنه يقدم منظور الجينوم الوظيفي من خلال استكشاف الجينات المشفرة وأدوارها المفترضة في العمليات البيئية. في حين أن أساليب البندقية التقليدية مع تسلسل Illumina قد تم استخدامها على نطاق واسع في الدراسات الميتاجينومية، فإن ظهور تسلسل Nanopore وPacBio طويل القراءة قد غيّر هذا المجال. تعمل تقنية Nanopore وPacBio على تحسين تحليلات المعلومات الحيوية النهائية، ولا سيما تجميع الميتاجينوم، مما يضمن المزيد من التجميعات المستمرة. تشير التقارير إلى أن الميتاجينوميات المستندة إلى Nanopore و PacBio قد نجحت في توليد جينومات بكتيرية كاملة ومغلقة من الميكروبات الحيوية المعقدة (Moss، EL، et al.، Nature Biotech، 2020). يوفر دمج قراءات Nanopore مع قراءات Illumina نهجًا استراتيجيًا لتصحيح الأخطاء، مما يخفف من الدقة المنخفضة المتأصلة في Nanopore. يعمل هذا المزيج التآزري على تعزيز نقاط القوة في كل منصة تسلسل، مما يوفر حلاً قويًا للتغلب على القيود المحتملة وتعزيز دقة وموثوقية التحليلات الميتاجينومية.
المنصة: Nanopore PromethION 48، وIllumia، وPacBio Revio
-
تسلسل ثنائي كبريتات الجينوم الكامل (WGBS)
يُعد تسلسل ثنائي كبريتيت الجينوم الكامل (WGBS) المنهجية المعيارية الذهبية للاستكشاف المتعمق لمثيلة الحمض النووي، وتحديدًا المركز الخامس في السيتوزين (5-mC)، وهو منظم محوري للتعبير الجيني والنشاط الخلوي. يتضمن المبدأ الأساسي لـ WGBS معالجة ثنائي الكبريتيت، مما يؤدي إلى تحويل السيتوزينات غير الميثيلية إلى اليوراسيل (C إلى U)، مع ترك السيتوزينات الميثلية دون تغيير. توفر هذه التقنية دقة أحادية القاعدة، مما يسمح للباحثين بإجراء تحقيق شامل في الميثيلوم والكشف عن أنماط المثيلة غير الطبيعية المرتبطة بحالات مختلفة، ولا سيما السرطان. من خلال استخدام WGBS، يمكن للعلماء الحصول على رؤى لا مثيل لها في المناظر الطبيعية للمثيلة على نطاق الجينوم، مما يوفر فهمًا دقيقًا للآليات اللاجينية التي تكمن وراء العمليات والأمراض البيولوجية المتنوعة.
-
فحص الكروماتين الذي يمكن الوصول إليه مع تسلسل الإنتاجية العالية (ATAC-seq)
ATAC-seq هي تقنية تسلسل عالية الإنتاجية تستخدم لتحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم. يوفر استخدامه فهمًا أعمق للآليات المعقدة للتحكم اللاجيني العالمي في التعبير الجيني. تستخدم الطريقة ترانسبوزاز Tn5 مفرط النشاط لتجزئة مناطق الكروماتين المفتوحة ووضع علامات عليها في الوقت نفسه عن طريق إدخال محولات التسلسل. يؤدي تضخيم PCR اللاحق إلى إنشاء مكتبة تسلسل، مما يسمح بالتحديد الشامل لمناطق الكروماتين المفتوحة في ظل ظروف زمنية محددة. يوفر ATAC-seq رؤية شاملة للمناظر الطبيعية للكروماتين التي يمكن الوصول إليها، على عكس الأساليب التي تركز فقط على مواقع ربط عامل النسخ أو مناطق محددة معدلة بالهيستون. ومن خلال تسلسل مناطق الكروماتين المفتوحة هذه، يكشف ATAC-seq عن مناطق أكثر عرضة للتسلسلات التنظيمية النشطة ومواقع ربط عوامل النسخ المحتملة، مما يوفر رؤى قيمة حول التعديل الديناميكي للتعبير الجيني عبر الجينوم.
-
16S/18S/ITS تسلسل Amplicon-PacBio
تعمل جينات الرنا الريباسي 16S و18S، جنبًا إلى جنب مع منطقة الفاصل الداخلي المكتوب (ITS)، كعلامات بصمات جزيئية محورية نظرًا لمزيجها من المناطق شديدة الحفظ والمتغيرة للغاية، مما يجعلها أدوات لا تقدر بثمن لتوصيف الكائنات بدائية النواة وحقيقية النواة. يوفر تضخيم هذه المناطق وتسلسلها نهجًا خاليًا من العزلة لدراسة التركيب الميكروبي والتنوع عبر النظم البيئية المختلفة. في حين أن تسلسل Illumina يستهدف عادةً مناطق قصيرة شديدة التغير مثل V3-V4 لـ 16S وITS1، فقد ثبت أن الشرح التصنيفي الفائق يمكن تحقيقه من خلال تسلسل الطول الكامل لـ 16S و18S وITS. يؤدي هذا النهج الشامل إلى نسب أعلى من التسلسلات المصنفة بدقة، مما يحقق مستوى من الدقة يمتد إلى تحديد الأنواع. تتميز منصة التسلسل في الوقت الحقيقي لجزيء واحد (SMRT) من PacBio بتوفير قراءات طويلة دقيقة للغاية (HiFi) تغطي الأمبليكونات كاملة الطول، مما ينافس دقة تسلسل Illumina. تتيح هذه القدرة للباحثين تحقيق ميزة لا مثيل لها، وهي رؤية بانورامية للمشهد الجيني. تعمل التغطية الموسعة على رفع مستوى الدقة بشكل كبير في شرح الأنواع، خاصة داخل المجتمعات البكتيرية أو الفطرية، مما يتيح فهمًا أعمق لتعقيدات المجموعات الميكروبية.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
يعد تسلسل Amplicon باستخدام تقنية Illumina، والذي يستهدف على وجه التحديد العلامات الجينية 16S و18S وITS، طريقة قوية لكشف السلالة والتصنيف ووفرة الأنواع داخل المجتمعات الميكروبية. يتضمن هذا النهج تسلسل المناطق شديدة التغير للعلامات الجينية للتدبير المنزلي. تم تقديمه في الأصل كبصمة جزيئية بواسطةويوز وآخرونفي عام 1977، أحدثت هذه التقنية ثورة في تحديد ملامح الميكروبيوم من خلال تمكين التحليلات الخالية من العزلة. من خلال تسلسل 16S (البكتيريا)، و18S (الفطريات)، والفاصل المكتوب الداخلي (ITS، الفطريات)، يمكن للباحثين تحديد ليس فقط الأنواع الوفيرة ولكن أيضًا الأنواع النادرة وغير المحددة. تم اعتماد تسلسل الأمبليكون على نطاق واسع كأداة محورية، وأصبح فعالاً في تمييز التركيبات الميكروبية التفاضلية عبر بيئات متنوعة، بما في ذلك الفم البشري والأمعاء والبراز وما بعده.
-
إعادة تسلسل الجينوم البكتيري والفطري الكامل
تعد مشاريع إعادة تسلسل الجينوم البكتيري والفطري أمرًا محوريًا لتعزيز علم الجينوم الميكروبي من خلال تمكين إكمال الجينومات الميكروبية ومقارنتها. وهذا يسهل هندسة التخمير، وتحسين العمليات الصناعية، واستكشاف مسارات التمثيل الغذائي الثانوية. علاوة على ذلك، فإن إعادة التسلسل الفطري والبكتيري أمر بالغ الأهمية لفهم التكيف البيئي، وتحسين السلالات، والكشف عن ديناميكيات التطور الجيني، مع آثار واسعة في الطب والزراعة والعلوم البيئية.
-
PacBio-كامل الطول 16S/18S/ITS تسلسل Amplicon
تم تطوير منصة Amplicon (16S/18S/ITS) بسنوات من الخبرة في تحليل مشاريع التنوع الميكروبي، والتي تحتوي على تحليل أساسي موحد وتحليل شخصي: يغطي التحليل الأساسي محتوى التحليل السائد للأبحاث الميكروبية الحالية، ومحتوى التحليل غني وشامل، ويتم عرض نتائج التحليل في شكل تقارير المشروع؛ محتوى التحليل الشخصي متنوع. يمكن اختيار العينات ويمكن ضبط المعلمات بمرونة وفقًا لتقرير التحليل الأساسي والغرض البحثي، لتحقيق المتطلبات الشخصية. نظام التشغيل ويندوز، بسيط وسريع.
-
نسخة كاملة الطول من PacBio (غير مرجعية)
باستخدام بيانات التسلسل Isoform الخاصة بشركة Pacific Biosciences (PacBio) كمدخلات، فإن هذا التطبيق قادر على تحديد تسلسلات النص كاملة الطول (بدون تجميع). من خلال تعيين تسلسلات كاملة الطول مقابل الجينوم المرجعي، يمكن تحسين النصوص بواسطة الجينات المعروفة، والنصوص، ومناطق الترميز، وما إلى ذلك. وفي هذه الحالة، يمكن تحقيق تحديد أكثر دقة لهياكل الرنا المرسال، مثل الربط البديل، وما إلى ذلك. يتيح التحليل المشترك مع بيانات تسلسل نسخة NGS شرحًا أكثر شمولاً وتقديرًا أكثر دقة في التعبير على مستوى النص، مما يفيد إلى حد كبير التعبير التفاضلي النهائي والتحليل الوظيفي.
-
انخفاض التمثيل تسلسل ثنائي الكبريتيت (RRBS)
برز تسلسل ثنائي كبريتيت التمثيل المنخفض (RRBS) كبديل فعال من حيث التكلفة وفعال لتسلسل ثنائي كبريتيت الجينوم الكامل (WGBS) في أبحاث مثيلة الحمض النووي. بينما يوفر WGBS رؤى شاملة من خلال فحص الجينوم بأكمله بدقة أساسية واحدة، فإن تكلفته العالية يمكن أن تكون عاملاً مقيدًا. يعمل RRBS على تخفيف هذا التحدي بشكل استراتيجي من خلال التحليل الانتقائي لجزء تمثيلي من الجينوم. تعتمد هذه المنهجية على إثراء المناطق الغنية بجزر CpG عن طريق انقسام MspI متبوعًا باختيار حجم أجزاء تتراوح بين 200-500/600 نقطة أساس. وبالتالي، يتم تسلسل المناطق القريبة من جزر CpG فقط، في حين يتم استبعاد المناطق التي تحتوي على جزر CpG البعيدة من التحليل. تسمح هذه العملية، جنبًا إلى جنب مع تسلسل ثنائي الكبريتيت، بالكشف عالي الدقة عن مثيلة الحمض النووي، ويركز نهج التسلسل، PE150، بشكل خاص على نهايات الإدخالات بدلاً من الوسط، مما يزيد من كفاءة تحديد ملامح المثيلة. يعد RRBS أداة لا تقدر بثمن تتيح إجراء أبحاث ميثيل الحمض النووي فعالة من حيث التكلفة وتطور المعرفة بالآليات اللاجينية.
-
تسلسل الحمض النووي الريبي بدائية النواة
يُمكّن تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) من التنميط الشامل لجميع نسخ الحمض النووي الريبي (RNA) داخل الخلايا في ظل ظروف محددة. تعمل هذه التكنولوجيا المتطورة كأداة فعالة، حيث تكشف عن ملفات التعبير الجيني المعقدة، والهياكل الجينية، والآليات الجزيئية المرتبطة بالعمليات البيولوجية المتنوعة. تم اعتماد تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) على نطاق واسع في الأبحاث الأساسية والتشخيص السريري وتطوير الأدوية، ويقدم نظرة ثاقبة لتعقيدات الديناميكيات الخلوية والتنظيم الجيني. تم تصميم معالجة عينات الحمض النووي الريبي (RNA) بدائية النواة الخاصة بنا خصيصًا للنسخ بدائية النواة، بما في ذلك استنفاد الرنا الريباسي (rRNA) وإعداد المكتبة الاتجاهية.
المنصة: إلومينا نوفا سيك
-
تسلسل ميتاتترانسكريبتوم
من خلال الاستفادة من تقنية تسلسل Illumina، تكشف خدمة تسلسل metatranscriptome من BMKGENE عن التعبير الجيني الديناميكي لمجموعة متنوعة من الميكروبات، بدءًا من حقيقيات النوى إلى بدائيات النوى والفيروسات، داخل البيئات الطبيعية مثل التربة والمياه والبحر والبراز والأمعاء. تعمل خدمتنا الشاملة على تمكين الباحثين من التعمق في ملفات التعبير الجيني الكاملة للمجتمعات الميكروبية المعقدة. بالإضافة إلى التحليل التصنيفي، تسهل خدمة تسلسل الميتاترانسكريبتوم لدينا الاستكشاف في الإثراء الوظيفي، وتسليط الضوء على الجينات المعبر عنها تفاضليًا وأدوارها. اكتشف ثروة من الرؤى البيولوجية أثناء تنقلك عبر المناظر الطبيعية المعقدة للتعبير الجيني، والتنوع التصنيفي، والديناميكيات الوظيفية ضمن هذه المجالات البيئية المتنوعة.
-
دي نوفو جمعية الجينوم الفطرية
تقدم BMKGENE حلولاً متعددة الاستخدامات للجينومات الفطرية، وتلبي الاحتياجات البحثية المتنوعة واكتمال الجينوم المطلوب. إن استخدام تسلسل Illumina قصير القراءة وحده يسمح بتوليد مسودة الجينوم. يتم الجمع بين القراءات القصيرة وتسلسل القراءة الطويلة باستخدام Nanopore أو Pacbio للحصول على جينوم فطري أكثر دقة مع contigs أطول. علاوة على ذلك، فإن دمج تسلسل Hi-C يعزز القدرات بشكل أكبر، مما يتيح الوصول إلى جينوم كامل على مستوى الكروموسوم.
