-
تفاعل الكروماتين القائم على Hi-C
Hi-C هي طريقة مصممة لالتقاط التكوين الجيني من خلال الجمع بين فحص التفاعلات القائمة على القرب والتسلسل عالي الإنتاجية. تعتمد الطريقة على تشابك الكروماتين مع الفورمالديهايد، يليه الهضم وإعادة الربط بطريقة لا تشكل سوى الأجزاء المرتبطة تساهميًا منتجات الربط. ومن خلال تسلسل منتجات الربط هذه، من الممكن دراسة التنظيم ثلاثي الأبعاد للجينوم. يتيح Hi-C دراسة توزيع أجزاء الجينوم المعبأة بشكل خفيف (المقصورات A، الكروماتين الحقيقي) والتي من المرجح أن تكون نشطة نسخيًا، والمناطق المعبأة بشكل أكثر إحكامًا (المقصورات B، الكروماتين المتغاير). يمكن أيضًا استخدام Hi-C لتحديد المجالات المرتبطة طوبولوجيًا (TADs)، ومناطق الجينوم التي تحتوي على هياكل مطوية ومن المحتمل أن يكون لها أنماط تعبير مماثلة، وللتعرف على حلقات الكروماتين، ومناطق الحمض النووي التي ترتبط ببعضها بواسطة البروتينات والتي تكون غالبًا ما تكون غنية بالعناصر التنظيمية. تعمل خدمة التسلسل Hi-C من BMKGene على تمكين الباحثين من استكشاف الأبعاد المكانية لعلم الجينوم، وفتح آفاق جديدة لفهم تنظيم الجينوم وآثاره على الصحة والمرض.
-
التسلسل المناعي للكروماتين (ChIP-seq)
الترسيب المناعي للكروماتين (CHIP) هو أسلوب يستخدم الأجسام المضادة لإثراء البروتينات المرتبطة بالحمض النووي بشكل انتقائي وأهداف الجينوم المقابلة لها. يمكّن تكامله مع NGS من تحديد أهداف الحمض النووي على نطاق الجينوم المرتبطة بتعديل الهيستون، وعوامل النسخ، وغيرها من البروتينات المرتبطة بالحمض النووي. يتيح هذا النهج الديناميكي إجراء مقارنات بين مواقع الربط عبر أنواع الخلايا أو الأنسجة أو الحالات المتنوعة. تمتد تطبيقات ChIP-Seq من دراسة التنظيم النسخي والمسارات التنموية إلى توضيح آليات المرض، مما يجعلها أداة لا غنى عنها لفهم مناظر التنظيم الجينومي وتطوير الأفكار العلاجية.
المنصة: إلومينا نوفا سيك
-
تسلسل ثنائي كبريتات الجينوم الكامل (WGBS)
يُعد تسلسل ثنائي كبريتيت الجينوم الكامل (WGBS) المنهجية المعيارية الذهبية للاستكشاف المتعمق لمثيلة الحمض النووي، وتحديدًا المركز الخامس في السيتوزين (5-mC)، وهو منظم محوري للتعبير الجيني والنشاط الخلوي. يتضمن المبدأ الأساسي لـ WGBS معالجة ثنائي الكبريتيت، مما يؤدي إلى تحويل السيتوزينات غير الميثيلية إلى اليوراسيل (C إلى U)، مع ترك السيتوزينات الميثلية دون تغيير. توفر هذه التقنية دقة أحادية القاعدة، مما يسمح للباحثين بإجراء تحقيق شامل في الميثيلوم والكشف عن أنماط المثيلة غير الطبيعية المرتبطة بحالات مختلفة، ولا سيما السرطان. من خلال استخدام WGBS، يمكن للعلماء الحصول على رؤى لا مثيل لها في المناظر الطبيعية للمثيلة على نطاق الجينوم، مما يوفر فهمًا دقيقًا للآليات اللاجينية التي تكمن وراء العمليات والأمراض البيولوجية المتنوعة.
-
فحص الكروماتين الذي يمكن الوصول إليه مع تسلسل الإنتاجية العالية (ATAC-seq)
ATAC-seq هي تقنية تسلسل عالية الإنتاجية تستخدم لتحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم. يوفر استخدامه فهمًا أعمق للآليات المعقدة للتحكم اللاجيني العالمي في التعبير الجيني. تستخدم الطريقة ترانسبوزاز Tn5 مفرط النشاط لتجزئة مناطق الكروماتين المفتوحة ووضع علامات عليها في الوقت نفسه عن طريق إدخال محولات التسلسل. يؤدي تضخيم PCR اللاحق إلى إنشاء مكتبة تسلسل، مما يسمح بالتحديد الشامل لمناطق الكروماتين المفتوحة في ظل ظروف زمنية محددة. يوفر ATAC-seq رؤية شاملة للمناظر الطبيعية للكروماتين التي يمكن الوصول إليها، على عكس الأساليب التي تركز فقط على مواقع ربط عامل النسخ أو مناطق محددة معدلة بالهيستون. ومن خلال تسلسل مناطق الكروماتين المفتوحة هذه، يكشف ATAC-seq عن مناطق أكثر عرضة للتسلسلات التنظيمية النشطة ومواقع ربط عوامل النسخ المحتملة، مما يوفر رؤى قيمة حول التعديل الديناميكي للتعبير الجيني عبر الجينوم.
-
انخفاض التمثيل تسلسل ثنائي الكبريتيت (RRBS)
برز تسلسل ثنائي كبريتيت التمثيل المنخفض (RRBS) كبديل فعال من حيث التكلفة وفعال لتسلسل ثنائي كبريتيت الجينوم الكامل (WGBS) في أبحاث مثيلة الحمض النووي. بينما يوفر WGBS رؤى شاملة من خلال فحص الجينوم بأكمله بدقة أساسية واحدة، فإن تكلفته العالية يمكن أن تكون عاملاً مقيدًا. يعمل RRBS على تخفيف هذا التحدي بشكل استراتيجي من خلال التحليل الانتقائي لجزء تمثيلي من الجينوم. تعتمد هذه المنهجية على إثراء المناطق الغنية بجزر CpG عن طريق انقسام MspI متبوعًا باختيار حجم أجزاء تتراوح بين 200-500/600 نقطة أساس. وبالتالي، يتم تسلسل المناطق القريبة من جزر CpG فقط، في حين يتم استبعاد المناطق التي تحتوي على جزر CpG البعيدة من التحليل. تسمح هذه العملية، جنبًا إلى جنب مع تسلسل ثنائي الكبريتيت، بالكشف عالي الدقة عن مثيلة الحمض النووي، ويركز نهج التسلسل، PE150، بشكل خاص على نهايات الإدخالات بدلاً من الوسط، مما يزيد من كفاءة تحديد ملامح المثيلة. يعد RRBS أداة لا تقدر بثمن تتيح إجراء أبحاث ميثيل الحمض النووي فعالة من حيث التكلفة وتطور المعرفة بالآليات اللاجينية.
